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- PDB-6vmc: T4H2 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100T2L peptide ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vmc | ||||||
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Title | T4H2 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100T2L peptide (ILDQVPFSV) | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR / MHC class I / HLA A2 / melanoma | ||||||
Function / homology | ![]() cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / melanosome organization / multivesicular body membrane / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding ...cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / melanosome organization / multivesicular body membrane / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / melanosome / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, A.R. / Baker, B.M. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structurally silent peptide anchor modifications allosterically modulate T cell recognition in a receptor-dependent manner Authors: Smith, A.R. / Alonso, J.A. / Ayres, C.M. / Singh, N.K. / Hellman, L.M. / Baker, B.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 289.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vm7C ![]() 6vm9C ![]() 6vmaC ![]() 1tvhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-T4H2 T cell receptor ... , 2 types, 2 molecules DE
#1: Protein | Mass: 22768.986 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: 0 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 27427.480 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: 0 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#3: Protein | Mass: 31854.203 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#4: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules C
#5: Protein/peptide | Mass: 1017.175 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: epitope (UNP residues 209-217) / Mutation: T210L / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 14 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 18% v/v PEG10000, 16% v/v glycerol, 250 mM Tris pH 8.5, 60 mM sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2019 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→50 Å / Num. obs: 25782 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 50.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 26 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.9 Å / Redundancy: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 1.182 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1266 / CC1/2: 0.611 / CC star: 0.871 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 1.224 / Χ2: 0.979 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1TVH Resolution: 2.85→25.74 Å / SU ML: 0.4132 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.9733
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→25.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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