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万見
- PDB-3kmz: Crystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kmz
タイトルCrystal structure of RARalpha ligand binding domain in complex with the inverse agonist BMS493 and a corepressor fragment
要素
  • Nuclear receptor corepressor 1
  • Retinoic acid receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor transcription factor ligand binding domain / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger / Chromatin regulator / Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic camera-type eye development / chondroblast differentiation / glandular epithelial cell development / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of granulocyte differentiation ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic camera-type eye development / chondroblast differentiation / glandular epithelial cell development / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of granulocyte differentiation / protein kinase B binding / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / growth plate cartilage development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / negative regulation of cartilage development / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / retinoic acid-responsive element binding / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / nuclear glucocorticoid receptor binding / negative regulation of JNK cascade / retinoic acid binding / response to vitamin A / negative regulation of glycolytic process / apoptotic cell clearance / limb development / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of myelination / protein kinase A binding / ureteric bud development / Signaling by Retinoic Acid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of fatty acid metabolic process / heterocyclic compound binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of interleukin-4 production / face development / alpha-actinin binding / germ cell development / locomotor rhythm / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / retinoic acid receptor signaling pathway / spindle assembly / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to retinoic acid / Nuclear signaling by ERBB4 / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / negative regulation of miRNA transcription / liver development / response to cytokine / neural tube closure / HDACs deacetylate histones / female pregnancy / hippocampus development / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of synaptic plasticity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / multicellular organism growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / mitotic spindle / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / actin cytoskeleton / response to estradiol / chromatin organization / cellular response to lipopolysaccharide
類似検索 - 分子機能
: / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Retinoic acid receptor / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...: / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Retinoic acid receptor / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQO / Nuclear receptor corepressor 1 / Retinoic acid receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bourguet, W. / le Maire, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A unique secondary-structure switch controls constitutive gene repression by retinoic acid receptor.
著者: le Maire, A. / Teyssier, C. / Erb, C. / Grimaldi, M. / Alvarez, S. / de Lera, A.R. / Balaguer, P. / Gronemeyer, H. / Royer, C.A. / Germain, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Retinoic acid receptor alpha
C: Nuclear receptor corepressor 1
A: Retinoic acid receptor alpha
D: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,06615
ポリマ－64,4284
非ポリマー1,63811
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
2
B: Retinoic acid receptor alpha
C: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子

B: Retinoic acid receptor alpha
C: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,97414
ポリマ－64,4284
非ポリマー1,54610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area7820 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
3
A: Retinoic acid receptor alpha
D: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor alpha
D: Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,15816
ポリマ－64,4284
非ポリマー1,73012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.831, 105.625, 53.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22D
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 29967.590 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1B1, RARA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10276
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1 / N-CoR


分子量: 2246.609 Da / 分子数: 2 / 断片: NR1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 参照: UniProt: O75376
#3: 化合物 ChemComp-EQO / 4-{(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(phenylethynyl)-5,6-dihydronaphthalen-2-yl]ethenyl}benzoic acid / BMS-493


分子量: 404.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG 3350 (w/v), 0.15M NH4Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.4 Å / Num. all: 32768 / Num. obs: 32768 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.422

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0062精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DKF

1dkf


解像度: 2.1→43.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.837 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22973 1666 5.1 %RANDOM
Rwork0.17205 ---
obs0.17497 31093 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 0 116 298 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2162.0175441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.865.08498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31424.419172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.81515752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6451530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5261.52425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03723956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56931601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5734.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B1740medium positional0.180.5
2C156medium positional0.170.5
1B1740medium thermal0.272
2C156medium thermal0.282
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 124 -
Rwork0.211 2319 -
obs--98.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7596-0.02870.22790.87380.30831.06440.062-0.02-0.12-0.01330.00590.01790.03810.0232-0.0679-0.05940.0329-0.0194-0.04530.0003-0.0003-39.9021.219-20.005
20.7990.0056-0.24820.89960.26931.03170.06610.01670.12350.0194-0.0030.0157-0.03280.0165-0.0631-0.0632-0.03320.0277-0.04370.00120.0009-39.88249.597-6.686
34.8826-5.5187-3.59696.34063.99482.69840.19950.11880.3001-0.53510.0748-0.1814-0.33310.2414-0.27430.0142-0.01370.0290.0076-0.0389-0.0341-33.05114.684-29.904
43.71214.77363.90986.84875.094.21670.09280.0193-0.31680.46160.2138-0.2630.26710.2924-0.3066-0.0030.0006-0.0275-0.0027-0.0327-0.0417-33.08636.0833.156
510.18796.24141.00724.13242.34789.8029-0.09420.90110.65430.0662-0.1708-0.0025-0.2176-0.06840.2651-0.0240.0514-0.01550.00370.0184-0.0169-38.51510.375-17.965
611.0316-5.4396-0.59063.13312.15217.7113-0.5406-0.6981-1.0704-0.7486-0.0206-0.13040.384-0.05670.5611-0.0194-0.05380.00920.02070.03460.0119-38.49240.414-8.741
70.06820.01690.02890.58510.07610.14620.0302-0.00270.0177-0.0109-0.03060.03160.00630.06560.0005-0.0534-0.00220.00710.00680.0037-0.0311-38.10526.347-12.702
80.9754-0.45040.03272.08830.50210.14340.0765-0.03640.0945-0.01110.2731-0.45290.0115-0.1293-0.3496-0.0567-0.0191-0.04190.0674-0.0115-0.1372-42.54729.148-10.849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B182 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2A182 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3C2047 - 2065
4X-RAY DIFFRACTION4D2047 - 2065
5X-RAY DIFFRACTION5X1
6X-RAY DIFFRACTION6X2
7X-RAY DIFFRACTION7F1 - 298
8X-RAY DIFFRACTION8G1 - 9

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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