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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kdm | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Anti-steroid Fab 5F2 in Complex with Testosterone | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin Fab fragment / Anti-steroid | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TESTOSTERONE![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Niemi, M.H. / Rouvinen, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The testosterone binding mechanism of an antibody derived from a naive human scFv library 著者: Niemi, M.H. / Takkinen, K. / Amundsen, L.K. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. / Hoyhtya, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 987.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1013.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mhpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23373.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23726.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0091 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-l,-k / Fraction: 0.501 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 163180 / Num. obs: 151891 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MHP 解像度: 1.5→48.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.832 / σ(F): 1.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.896 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.06 Å2 / Biso mean: 20.116 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %
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