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- PDB-3k8z: Crystal Structure of Gudb1 a decryptified secondary glutamate deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8z
タイトルCrystal Structure of Gudb1 a decryptified secondary glutamate dehydrogenase from B. subtilis
要素NAD-specific glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GudB / Glutamate dehydrogenase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1210 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1210 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cryptic catabolic NAD-specific glutamate dehydrogenase GudB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gunka, K. / Newman, J.A. / Commichau, F.M. / Herzberg, C. / Rodrigues, C. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Stulke, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Functional dissection of a trigger enzyme: mutations of the bacillus subtilis glutamate dehydrogenase RocG that affect differentially its catalytic activity and regulatory properties
著者: Gunka, K. / Newman, J.A. / Commichau, F.M. / Herzberg, C. / Rodrigues, C. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Stulke, J.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-specific glutamate dehydrogenase
B: NAD-specific glutamate dehydrogenase
C: NAD-specific glutamate dehydrogenase
D: NAD-specific glutamate dehydrogenase
E: NAD-specific glutamate dehydrogenase
F: NAD-specific glutamate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,8366
ポリマ－281,8366
非ポリマー00
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.220, 192.491, 89.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12A
22B
32E
42F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALILEILEchain C and (resseq 17:423 )CC17 - 42317 - 423
211VALVALILEILEchain D and (resseq 17:423 )DD17 - 42317 - 423
112VALVALASPASPchain A and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )AA17 - 26517 - 265
122CYSCYSILEILEchain A and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )AA295 - 423295 - 423
212VALVALASPASPchain B and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )BB17 - 26517 - 265
222CYSCYSILEILEchain B and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )BB295 - 423295 - 423
312VALVALASPASPchain E and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )EE17 - 26517 - 265
322CYSCYSILEILEchain E and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )EE295 - 423295 - 423
412VALVALASPASPchain F and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )FF17 - 26517 - 265
422CYSCYSILEILEchain F and (resseq 17:265 or resseq 295:423 )FF295 - 423295 - 423

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999999, -0.001716, 0.000176), (-0.001716, -0.999998, -0.001098), (0.000178, 0.001098, -0.999999)-0.010715, 14.3507, 77.403198
2given(-0.503549, -0.070518, 0.861084), (-0.049787, -0.992639, -0.110406), (0.862531, -0.098466, 0.496331)-42.504799, 18.439899, 25.8346
3given(1, 0.000438, 0.000213), (0.000436, -0.999958, 0.0092), (0.000217, -0.0092, -0.999958)0.01041, 13.7799, 77.4086
4given(-0.506968, 0.076813, -0.858535), (-0.047162, 0.992058, 0.116608), (0.860673, 0.099607, -0.499319)22.907101, -4.50956, 62.927799

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要素

#1: タンパク質
NAD-specific glutamate dehydrogenase / NAD-GDH


分子量: 46972.590 Da / 分子数: 6 / 変異: UNP residues V94 K95 A96 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50735, glutamate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. UNP RESIDUES 71 GLN IS MISSING ACCORDING TO REF.1 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P50735 (GUDB_ ...1. UNP RESIDUES 71 GLN IS MISSING ACCORDING TO REF.1 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P50735 (GUDB_BACSU). 2. UNP RESIDUES 94-96 (UNP RESIDUES 97-99 ARE REPEAT OF 94-96) ARE MISSING IN SPONTANEOUS MUTANT GUDB1 ACCORDING TO THE DATABASE GUDB_BACSU.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% Peg 3350, 0.15M sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.943 Å / Num. all: 98133 / Num. obs: 96102 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.769 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.778 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 4788 4.98 %thin resolution shells
Rwork0.247 ---
all0.249 96058 --
obs0.249 96058 97.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.366 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.48 Å2 / Biso mean: 45.359 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.906 Å2-0 Å2-2.651 Å2
2---9.613 Å20 Å2
3---7.707 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18294 0 0 497 18791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8225154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.66914
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C3169X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
12D3169X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21A2928X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
22B2928X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
23E2929X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
24F2928X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.4270.3291460.2873080322699
2.427-2.4560.3171450.293096324199
2.456-2.4860.3671460.2953100324699
2.486-2.5170.3391640.2933063322799
2.517-2.550.3181760.2993070324699
2.55-2.5850.3491460.2973074322099
2.585-2.6220.3681420.2993110325299
2.622-2.6610.3451760.2983034321099
2.661-2.7020.3491640.2963092325699
2.702-2.7470.3271740.2843016319099
2.747-2.7940.331620.2873116327899
2.794-2.8440.3071710.283036320799
2.844-2.8990.3071760.2933038321499
2.899-2.9580.3081530.2893083323699
2.958-3.0220.2941590.2883037319699
3.022-3.0920.3281530.2763061321498
3.092-3.1690.2891580.2723095325398
3.169-3.2540.3191580.2643018317698
3.254-3.350.2581590.2673005316497
3.35-3.4570.2711660.2513010317697
3.457-3.580.2761650.2483012317796
3.58-3.7230.2721600.2293014317497
3.723-3.8910.2531590.2292970312997
3.891-4.0940.2671540.2262999315396
4.094-4.3480.251520.2082967311996
4.348-4.680.2281580.1992999315796
4.68-5.1430.2451590.2142970312996
5.143-5.870.2531710.2172990316197
5.87-7.3330.2291550.2113061321697
7.333-19.7690.1891610.1873054321597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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