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- PDB-6yeh: Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yeh | ||||||
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Title | Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form | ||||||
![]() | Glutamate dehydrogenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / NAD / amino acid metabolism | ||||||
Function / homology | ![]() response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / plastid / cobalt ion binding / copper ion binding ...response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / plastid / cobalt ion binding / copper ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Studies of Glutamate Dehydrogenase (Isoform 1) FromArabidopsis thaliana, an Important Enzyme at the Branch-Point Between Carbon and Nitrogen Metabolism. Authors: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 788.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 83.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 112.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6yeiC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 4 - 411 / Label seq-ID: 7 - 414
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 44854.219 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q43314, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% w/v PEG 4000, 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 33% (v/v) MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8266 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→90 Å / Num. obs: 69315 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 44.03 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: AtGDH1-NAD Resolution: 2.59→89.77 Å / SU ML: 0.3092 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 25.0225 Details: Hydrogen atoms at riding positions were added during refinement
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→89.77 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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