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Yorodumi- PDB-6yeh: Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yeh | ||||||
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Title | Arabidopsis thaliana glutamate dehydrogenase isoform 1 in apo form | ||||||
Components | Glutamate dehydrogenase 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / glutamate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / NAD / amino acid metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / : / cobalt ion binding / plastid / copper ion binding ...response to absence of light / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / : / cobalt ion binding / plastid / copper ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.59 Å | ||||||
Authors | Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Front Plant Sci / Year: 2020 Title: Structural Studies of Glutamate Dehydrogenase (Isoform 1) FromArabidopsis thaliana, an Important Enzyme at the Branch-Point Between Carbon and Nitrogen Metabolism. Authors: Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Ruszkowski, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yeh.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yeh.ent.gz | 805.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yeh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6yeiC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18150/repod.8407298 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44854.219 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: GDH1, At5g18170, MRG7.13 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold(DE3) References: UniProt: Q43314, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% w/v PEG 4000, 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 33% (v/v) MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.8266 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8266 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→90 Å / Num. obs: 69315 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 44.03 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AtGDH1-NAD Resolution: 2.59→89.77 Å / SU ML: 0.3092 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 25.0225 Details: Hydrogen atoms at riding positions were added during refinement
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→89.77 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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