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万見
- PDB-1gtm: STRUCTURE OF GLUTAMATE DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gtm
タイトルSTRUCTURE OF GLUTAMATE DEHYDROGENASE
要素GLUTAMATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / L-glutamate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...: / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yip, K.S.P. / Stillman, T.J. / Britton, K.L. / Pasquo, A. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: The structure of Pyrococcus furiosus glutamate dehydrogenase reveals a key role for ion-pair networks in maintaining enzyme stability at extreme temperatures.
著者: Yip, K.S. / Stillman, T.J. / Britton, K.L. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Engel, P.C. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Scandurra, R. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Insights Into Thermal Stability from a Comparison of the Glutamate Dehydrogenases from Pyrococcus Furiosus and Thermococcus Litoralis
著者: Britton, K.L. / Baker, P.J. / Borges, K.M. / Engel, P.C. / Pasquo, A. / Rice, D.W. / Robb, F.T. / Scandurra, R. / Stillman, T.J. / Yip, K.S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Crystallisation of the Nad(P)-Dependent Glutamate Dehydrogenase from the Hyperthermophile Pyrococcus Furiosus
著者: Yip, K.S.P. / Stillman, T.J. / Baker, P.J. / Britton, K.L. / Engel, P.C. / Sedelnikova, S.E. / Rice, D.W. / Pasquo, A. / Chiaraluce, R. / Consalvi, V. / Scandurra, R.
履歴
登録1996年8月22日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Database references
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
B: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
C: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,5249
ポリマ－140,9483
非ポリマー5766
水5,729318
1
A: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
B: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
C: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
B: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
C: GLUTAMATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,04818
ポリマ－281,8966
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area22640 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area82720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)167.200, 167.200, 172.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50089, 0.86548, 0.00686), (-0.8655, -0.50091, 0.00069), (0.00403, -0.0056, 0.99998)27.67678, 105.15264, 0.03563
2given(-0.50089, 0.86548, 0.00686), (-0.8655, -0.50091, 0.00069), (0.00403, -0.0056, 0.99998)27.67678, 105.15264, 0.03563
3given(-0.51384, 0.85788, 0.0039), (-0.85789, -0.51383, -0.00223), (0.0001, -0.00449, 0.99999)29.01377, 105.30554, 0.24958
4given(-0.50003, -0.86601, 0.00212), (0.86597, -0.50003, -0.00784), (0.00785, -0.00208, 0.99997)105.03652, 28.87321, -0.28783
5given(-0.50003, -0.86601, 0.00212), (0.86597, -0.50003, -0.00784), (0.00785, -0.00208, 0.99997)105.03652, 28.87321, -0.28783
6given(-0.49593, -0.86833, 0.00823), (0.86836, -0.49594, 0.0001), (0.004, 0.00719, 0.99997)104.48633, 28.17576, -0.45124

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE DEHYDROGENASE


分子量: 46982.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 参照: UniProt: P80319, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Yip, K.S.P., (1995) Acta Crystallogr.,Sect.D, 51, 240.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.5-2.7 Mlithium sulfate1drop
30.1 MHEPES1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 115181 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 2.58 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.2→10 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.174 --
obs-113882 93.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9876 0 30 318 10224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.843
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 115153 / Rfactor obs: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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