PDB-3k84: Crystal Structure Analysis of a Oleyl/Oxadiazole/pyridine Inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k84

タイトル

Crystal Structure Analysis of a Oleyl/Oxadiazole/pyridine Inhibitor Bound to a Humanized Variant of Fatty Acid Amide Hydrolase

要素

Fatty-acid amide hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / faah / oxazole / conjugate / covalent modification / Membrane / Transmembrane / oxadiazole / alpha-ketoheterocycle / monotopic / fatty acid / serine hydrolase / endocannabinoid / reversible inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Mileni, M. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystallographic analysis of alpha-ketoheterocycle inhibitors bound to a humanized variant of fatty acid amide hydrolase.
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Ezzili, C. / Kimball, F.S. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

履歴

登録	2009年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k84.cif.gz	437.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k84.ent.gz	357.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k84_validation.pdf.gz	837.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k84_full_validation.pdf.gz	841.5 KB	表示
XML形式データ	3k84_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	3k84_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k7fC 3k83C 2wj1S 2wj2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k83-d 3lj6-d 3qkv-d 2wj1-d 3qj9-d 3k7f-d 3ppm-d 2vya-d 3lj7-d 4hbp-d 2wap-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.050, 104.050, 255.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAH / 変異: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, faah-1, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P97612, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-K84 / (9Z)-1-(5-pyridin-2-yl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)octadec-9-en-1-one 分子量: 411.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₇N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 100mM Hepes, 100mM NaCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 7 / Num. obs: 76742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wj1

2wj1

解像度: 2.25→28.334 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: isotropic + 16-group TLS / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	3871	5.04 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1684	76735	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.372 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.334 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8429	0	61	684	9174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8686
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	11783
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.105	3251
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.2774	0.3335	146	0.2508	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.3063	0.2914	158	0.226	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3063-2.3366	0.252	127	0.2066	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3366-2.3686	0.2832	126	0.2011	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3686-2.4024	0.2788	132	0.1993	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4024-2.4382	0.2465	132	0.1879	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4382-2.4763	0.2265	131	0.185	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4763-2.5169	0.2549	139	0.185	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.5603	0.2295	126	0.1896	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5603-2.6068	0.2349	135	0.1758	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6068-2.6569	0.2451	140	0.1796	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6569-2.7111	0.2359	120	0.1747	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7111-2.77	0.2442	141	0.1705	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.8344	0.2309	146	0.1723	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8344-2.9052	0.2249	139	0.1702	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9052-2.9836	0.2308	144	0.1722	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9836-3.0713	0.2158	122	0.1686	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0713-3.1704	0.2	141	0.1603	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1704-3.2835	0.2029	129	0.1582	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2835-3.4148	0.1858	159	0.1576	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4148-3.5699	0.184	150	0.1456	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5699-3.7577	0.1853	159	0.1442	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7577-3.9925	0.1854	131	0.1419	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9925-4.2998	0.1842	145	0.1409	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2998-4.7307	0.1443	134	0.1321	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7307-5.4111	0.1773	145	0.1434	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4111-6.8019	0.1883	140	0.1708	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8019-28.3365	0.1919	134	0.1729	2818	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1382	-0.1229	0.5621	0.479	0.1088	0.4549	-0.1582	-0.0726	-0.054	0.3199	-0.0621	-0.0096	-0.0074	-0.0987	0.1571	0.2616	-0.0723	-0.0269	0.1564	-0.0241	0.1239	-50.1795	16.3691	21.8702
2	1.7199	-0.8059	0.1156	0.6683	0.1042	0.5983	0.0273	-0.1402	0.2322	0.1372	-0.0328	-0.0638	-0.138	-0.0686	-0.014	0.2109	-0.0247	0.0498	0.1176	-0.0212	0.1555	-65.681	17.308	15.5003
3	0.6759	-0.3445	0.0126	0.1795	-0.0016	0.2512	-0.0887	0.0618	0.2081	0.0666	0.042	-0.0991	-0.2011	0.0224	0.0446	0.2158	-0.047	-0.0047	0.1299	-0.0038	0.186	-49.3321	16.7562	6.4581
4	0.2858	-0.2074	0.0849	0.1712	-0.0132	0.1478	0.0321	-0.0012	0.0423	0.0111	-0.0371	-0.0863	0.0003	-0.0269	0.0005	0.1821	-0.0401	-0.0045	0.1005	0.0029	0.1387	-54.746	6.7609	4.6387
5	0.2174	0.1004	0.1447	0.426	-0.4153	0.6858	-0.0476	0.0732	0.0476	0.0473	0.0402	0.0784	-0.1417	-0.0745	0.0161	0.2121	-0.0145	0.0092	0.1589	0.0153	0.1428	-65.4422	13.4584	-4.5227
6	0.6206	-0.0377	0.0769	0.403	-0.0555	0.688	-0.0092	0.012	-0.1208	-0.0549	-0.0018	0.0039	0.1689	-0.0089	0.0252	0.1529	-0.048	0.0168	0.0384	0.0076	0.1228	-56.8848	-7.0949	-4.3136
7	1.5865	-0.911	0.0427	1.1788	-0.6	0.7254	-0.0124	0.223	-0.1939	-0.4906	-0.0648	-0.0723	0.4225	0.221	0.1063	0.2635	0.0276	0.094	0.1438	-0.0041	0.2043	-38.7263	-9.7158	-13.6595
8	0.4076	0.2481	-0.0659	0.8289	0.0494	0.3102	-0.0155	0.0104	-0.051	-0.0282	0.0045	0.01	0.1057	-0.0504	0.0178	0.1512	-0.0665	0.0029	0.0827	0.0087	0.1086	-61.4914	-8.538	-1.1569
9	1.2	0.0811	-0.3099	0.6197	0.3957	0.4728	-0.1711	0.5117	-0.3223	-0.4785	0.0698	0.0864	-0.0312	-0.145	0.106	0.3905	-0.0298	-0.073	0.3531	-0.0529	0.1932	-63.1306	3.3189	-56.7902
10	1.1458	-0.422	0.6902	1.3004	0.4456	1.0193	0.0866	0.2286	-0.1704	-0.278	-0.1464	0.2631	-0.0296	-0.3468	0.0644	0.207	-0.0258	-0.0734	0.2871	-0.0099	0.1999	-74.9143	12.1813	-47.5514
11	2.7589	-0.0554	-0.9226	0.3487	0.4794	0.9154	-0.2599	0.2753	-0.2723	0.1932	0.1168	-0.0222	0.3904	-0.1432	0.1551	0.2875	-0.0612	0.014	0.204	-0.0248	0.1896	-60.4168	1.782	-41.9371
12	0.5535	-0.0681	-0.3017	0.4541	0.2426	0.2606	0.0241	0.1129	-0.0372	-0.1714	0.0235	-0.0057	0.0187	-0.042	-0.0419	0.1864	-0.0306	-0.0111	0.138	-0.0087	0.1018	-57.9654	12.8745	-39.8206
13	0.2033	0.2408	-0.2173	0.3759	-0.0462	1.8083	-0.1353	0.0384	-0.0423	-0.0848	0.0616	0.0378	0.154	-0.3884	0.0221	0.1643	-0.0117	-0.0338	0.2252	0.0407	0.1436	-68.2617	13.5238	-28.207
14	0.6936	-0.1543	-0.0478	0.4072	-0.1533	0.9087	0.0006	0.0733	0.1514	-0.0175	0.0009	-0.06	-0.1471	0.04	0.0026	0.1609	-0.0544	-0.009	0.0951	0.0216	0.1182	-49.2453	24.4465	-31.5228
15	0.1644	0.2336	-0.3677	1.0116	-0.4317	1.1907	-0.0176	-0.2074	-0.0083	0.1076	-0.0338	-0.1388	-0.0599	0.4231	0.058	0.1298	-0.0496	0.0056	0.2237	0.0192	0.1801	-32.2425	14.5266	-26.0414
16	0.6926	0.0952	-0.0598	0.5368	0.0881	0.5367	0.0133	0.0364	0.0974	0.0022	-0.0026	-0.0511	-0.1206	-0.0192	-0.0167	0.1265	-0.0292	0.0061	0.0783	0.0265	0.0685	-51.8977	28.56	-33.8202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:70)	A	32 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 71:134)	A	71 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 135:165)	A	135 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:276)	A	166 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 277:315)	A	277 - 315
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 316:410)	A	316 - 410
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 411:451)	A	411 - 451
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 452:577)	A	452 - 577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 32:70)	B	32 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 71:134)	B	71 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 135:165)	B	135 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 166:276)	B	166 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 277:315)	B	277 - 315
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 316:410)	B	316 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 411:451)	B	411 - 451
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 452:577)	B	452 - 577

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)