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- PDB-3k84: Crystal Structure Analysis of a Oleyl/Oxadiazole/pyridine Inhibit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3k84 | ||||||
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Title | Crystal Structure Analysis of a Oleyl/Oxadiazole/pyridine Inhibitor Bound to a Humanized Variant of Fatty Acid Amide Hydrolase | ||||||
![]() | Fatty-acid amide hydrolase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / faah / oxazole / conjugate / covalent modification / Membrane / Transmembrane / oxadiazole / alpha-ketoheterocycle / monotopic / fatty acid / serine hydrolase / endocannabinoid / reversible inhibitor. | ||||||
Function / homology | ![]() Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds ...Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / presynapse / postsynapse / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mileni, M. / Stevens, R.C. / Boger, D.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray crystallographic analysis of alpha-ketoheterocycle inhibitors bound to a humanized variant of fatty acid amide hydrolase. Authors: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Ezzili, C. / Kimball, F.S. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. / Boger, D.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 357.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 841.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3k7fC ![]() 3k83C ![]() 2wj1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 63111.664 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: deltaTM-FAAH / Mutation: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P97612, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
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#2: Chemical | |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 30% PEG400, 100mM Hepes, 100mM NaCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. all: 7 / Num. obs: 76742 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.32 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2wj1 Resolution: 2.25→28.334 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: isotropic + 16-group TLS / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.372 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→28.334 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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