PDB-2wj2: 3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wj2

タイトル

3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase (FAAH) conjugated with 7-phenyl-1-(5-(pyridin-2-yl)oxazol-2-yl)heptan- 1-one, an alpha-ketooxazole

要素

FATTY ACID AMIDE HYDROLASE 1

キーワード

HYDROLASE / ENDOPLASMIC RETICULUM / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / PHOSPHOPROTEIN / COVALENT REVERSIBLE INHIBITORS / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / GOLGI APPARATUS / ALPHA-KETOOXAZOLE

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Mileni, M. / Garfunkle, J. / DeMartino, J.K. / Cravatt, B.F. / Boger, D.L. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Binding and Inactivation Mechanism of a Humanized Fatty Acid Amide Hydrolase by Alpha-Ketoheterocycle Inhibitors Revealed from Cocrystal Structures.
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Demartino, J.K. / Cravatt, B.F. / Boger, D.L. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2009年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wj2.cif.gz	422.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wj2.ent.gz	347.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wj1C 2vyaS 1mt5 2wap S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lj6-d 3k7f-d 3k83-d 3lj7-d 3qj8-d 3ppm-d 3k84-d 4do3-d 1mt5-5 3qj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FATTY ACID AMIDE HYDROLASE 1

B: FATTY ACID AMIDE HYDROLASE 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.440, 103.440, 254.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5
1	6
2	6

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 33:72 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 33:72 )
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 73:139 )
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 73:139 )
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 140:242 )
2	1	3	CHAIN B AND (RESSEQ 140:242 )
1	1	4	CHAIN A AND (RESSEQ 243:315 )
2	1	4	CHAIN B AND (RESSEQ 243:315 )
1	1	5	CHAIN A AND (RESSEQ 316:415 )
2	1	5	CHAIN B AND (RESSEQ 316:415 )
1	1	6	CHAIN A AND (RESSEQ 416:577 )
2	1	6	CHAIN B AND (RESSEQ 416:577 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9308, -0.3635, -0.0387), (-0.3638, 0.911, 0.1943), (-0.0354, 0.1949, -0.9802)
ベクター: 49.5352, 3.7663, 57.4344)

#1: タンパク質	FATTY ACID AMIDE HYDROLASE 1 / FATTY ACID AMIDE HYDROLASE / OLEAMIDE HYDROLASE 1 / ANANDAMIDE AMIDOHYDROLASE 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 30-579 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 A.I. / 参照: UniProt: P97612, amidase
#2: 化合物	ChemComp-OL1 / 7-phenyl-1-(5-pyridin-2-yl-1,3-oxazol-2-yl)heptane-1,1-diol 分子量: 352.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 495 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 192 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 194 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 377 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 435 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 491 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 495 TO MET
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	7-PHENYL-1-(5-(PYRIDIN-2-YL)OXAZOL-2-YL)HEPTAN-1-ONE (OL1): THE CARBONYL CARBON OF THE ABOVE ...7-PHENYL-1-(5-(PYRIDIN-2-YL)OXAZOL-2-YL)HEPTAN-1-ONE (OL1): THE CARBONYL CARBON OF THE ABOVE INHIBITOR COVALENTLY ATTACHES TO SER241 FORMING A TETRAHEDRAL CARBON AND AN OLATE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 52071 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VYA

2vya

解像度: 2.55→29.88 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-32 AND 579 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	2622	5 %
R_work	0.1838	-	-
obs	0.1864	52071	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 26.911 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0316 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.0316 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.0632 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8421	0	51	186	8658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8678
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.45	11774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.138	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1520

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	320	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.756
2	1	A	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	516	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.523
3	1	A	735	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	735	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.429
4	1	A	544	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	544	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.586
5	1	A	801	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	801	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.507
6	1	A	1296	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	1296	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.5964	0.2678	156	0.2139	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5964-2.6463	0.3106	141	0.2132	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6463-2.7002	0.2761	142	0.2151	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7002-2.7589	0.3337	130	0.2186	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7589-2.8231	0.2921	127	0.22	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8231-2.8936	0.2807	138	0.2192	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8936-2.9718	0.2852	124	0.2191	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9718-3.0591	0.2956	151	0.2198	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0591-3.1578	0.2663	141	0.2095	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1578-3.2705	0.2465	129	0.1983	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2705-3.4013	0.2531	134	0.1948	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4013-3.5558	0.245	135	0.1741	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5558-3.743	0.1854	141	0.1553	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.743-3.977	0.204	127	0.1537	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.977-4.2832	0.2386	143	0.1529	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2832-4.7128	0.169	136	0.1448	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7128-5.3912	0.1665	153	0.1455	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3912-6.7793	0.2008	144	0.1735	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7793-29.8823	0.1768	130	0.1576	2732	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2744	0.0591	-0.0966	0.3603	0.1765	0.5273	-0.0323	0.3991	0.2257	-0.2316	0.0018	0.1511	-0.5022	-0.1894	0.0452	0.176	-0.0165	-0.0783	0.2305	0.0046	0.0885	23.3365	-32.3212	-14.3786
2	0.0846	0.0393	0.0519	0.0929	0.0046	0.0652	-0.1027	0.1413	0.1805	-0.224	-0.0041	0.3232	-0.148	-0.1256	-0.0027	0.1628	0.0298	-0.0095	0.2051	0.0458	0.2197	24.3864	-19.3925	-4.5657
3	0.0462	0.017	0.0377	0.0678	0.1292	0.1041	-0.0108	0.1585	-0.0431	-0.1436	0.0139	0.079	-0.0631	-0.1778	-0.0002	0.0716	-0.0067	-0.0133	0.1666	0.0177	0.1026	30.4812	-34.9802	-0.4123
4	0.0565	0.0023	-0.0059	0.0013	0.0419	0.2135	-0.0141	0.1259	0.0257	0.0441	0.0322	0.0432	-0.0905	-0.2045	-0.0718	0.0672	0.0266	0.0155	0.0851	0.04	0.0415	31.9024	-28.8709	12.3862
5	0.0983	-0.0533	-0.1426	0.1603	-0.1161	0.3288	0.0215	-0.0157	-0.039	0.0109	-0.0746	-0.0934	-0.0062	0.0967	-0.0313	0.0251	0.0063	0.0056	0.0607	0.0053	0.0595	48.1099	-36.8351	10.9715
6	0.1578	-0.0511	0.1237	0.1254	0.0623	0.1859	-0.0141	0.0656	-0.0144	-0.0248	-0.0008	-0.0566	-0.0162	0.0995	-0.0582	0.0431	0.0068	0.0249	0.0859	-0.0034	0.0392	49.8662	-35.5521	10.487
7	0.1767	0.0014	-0.1433	0.1709	-0.0737	0.399	-0.1581	-0.0801	-0.3946	-0.169	-0.2304	-0.0547	0.3085	0.0922	-0.2332	-0.1077	-0.0135	-0.2006	0.1166	-0.0184	-0.1479	39.8635	-37.3357	64.4593
8	0.1438	0.0434	0.0378	0.0776	-0.04	0.1364	-0.1641	-0.1338	-0.0169	-0.064	0.0494	-0.1361	-0.0321	-0.033	-0.0878	-0.0145	-0.086	-0.0574	-0.0218	-0.0705	-0.0015	33.9494	-24.0544	57.1756
9	0.0392	-0.023	0.0357	0.0114	-0.0414	-0.0168	-0.0073	-0.0214	0.0021	0.0192	0.0326	0.0234	0.0025	0.0183	0	0.0393	-0.0073	0.004	0.0633	0.0115	0.0702	33.842	-39.7067	49.9158
10	0.0292	0.0098	-0.0163	0.0243	-0.0476	0.0685	-0.0551	-0.0281	-0.0419	-0.071	0.0591	0.0462	0.0382	0.015	0	0.1385	-0.0132	0.0102	0.1093	0.0141	0.12	29.8181	-31.9848	38.5089
11	0.1857	0.1801	-0.1225	0.0792	-0.0479	0.3589	0.0131	0.0886	-0.0222	-0.0503	-0.0182	-0.0296	0.3152	-0.1709	0.026	-0.2037	0.0054	0.023	0.0443	-0.0275	0.0856	17.7908	-45.5584	37.7623
12	0.3248	0.1759	-0.0128	0.2155	-0.0407	0.1248	0.0033	0.0286	0.007	-0.1035	0.0134	0.0261	-0.0042	-0.0982	-0.0486	0.0142	-0.0111	0.0191	0.0619	0.0069	0.0375	15.7252	-45.2323	38.2275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 33:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 73:139)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 140:242)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 243:315)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 316:415)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 416:578)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 33:72)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 73:139)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 140:242)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 243:315)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 316:415)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 416:577)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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