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- PDB-3lj6: 3D-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMANIZED-RAT FATTY ACID AMIDE HYDROLASE ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lj6 | ||||||
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Title | 3D-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMANIZED-RAT FATTY ACID AMIDE HYDROLASE (FAAH) CONJUGATED WITH THE DRUG-LIKE UREA INHIBITOR PF-3845 at 2.42A RESOLUTION | ||||||
![]() | Fatty-acid amide hydrolase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / protein-inhibitor complex / FAAH / fatty acid amide hydrolase / urea / inhibitor / covalent / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Transmembrane | ||||||
Function / homology | ![]() Arachidonic acid metabolism / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane ...Arachidonic acid metabolism / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / presynapse / postsynapse / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mileni, M. / Stevens, R.C. / Kamtekar, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of fatty acid amide hydrolase bound to the carbamate inhibitor URB597: discovery of a deacylating water molecule and insight into enzyme inactivation Authors: Mileni, M. / Kamtekar, S. / Wood, D.C. / Benson, T.E. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 439.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 358.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lj7C ![]() 2wj1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 63111.664 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: deltaTM-FAAHM (UNP residues 30 to 579) Mutation: Trans-membrane deletion (1-30); L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P97612, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 62.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 30% PEG400 100 mM MES, 400 mM LiCl 100 mM NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2008 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.42→40 Å / Num. all: 64062 / Num. obs: 64062 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.42→2.5 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 88.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WJ1 Resolution: 2.42→39.615 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.476 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.42→39.615 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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