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- PDB-6mrg: FAAH bound to non covalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mrg
タイトルFAAH bound to non covalent inhibitor
要素Fatty-acid amide hydrolase 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / presynapse / postsynapse / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JXV / Fatty-acid amide hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Saha, A. / Shih, A. / Mirzadegan, T. / Seierstad, M.
引用ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2018
タイトル: Predicting the Binding of Fatty Acid Amide Hydrolase Inhibitors by Free Energy Perturbation.
著者: Saha, A. / Shih, A.Y. / Mirzadegan, T. / Seierstad, M.
履歴
登録2018年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty-acid amide hydrolase 1
B: Fatty-acid amide hydrolase 1
C: Fatty-acid amide hydrolase 1
D: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,5158
ポリマ－255,1174
非ポリマー1,3984
水25214
1
A: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1292
ポリマ－63,7791
非ポリマー3491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1292
ポリマ－63,7791
非ポリマー3491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1292
ポリマ－63,7791
非ポリマー3491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1292
ポリマ－63,7791
非ポリマー3491
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.208, 152.014, 299.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Fatty-acid amide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1


分子量: 63779.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, Faah1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97612, fatty acid amide hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-JXV / (1R)-2-{[6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)pyrimidin-4-yl]amino}-1-phenylethan-1-ol


分子量: 349.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG8000, PHOSPHATE, PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0094 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0094 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→49.392 Å / Num. obs: 78055 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.35
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique obs: 10777 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→49.392 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 684 0.9 %
Rwork0.195 --
obs0.192 77327 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→49.392 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16727 0 104 14 16845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31923392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.36412461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.98380.32651590.278214994X-RAY DIFFRACTION91
2.9838-3.28410.31161220.2415586X-RAY DIFFRACTION94
3.2841-3.75910.23751150.204615410X-RAY DIFFRACTION93
3.7591-4.73550.24231500.168815320X-RAY DIFFRACTION92
4.7355-49.39950.20671380.170315333X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12750.0133-0.22521.60370.88960.3380.1737-0.4249-0.54260.15790.92621.25130.0562-0.91090.2433-0.11370.2415-0.4058-0.8743-0.7284-25.46167.880842.9683
20.7513-0.0086-0.14560.87220.11630.7947-0.1158-0.0263-0.9171-0.0806-0.0906-0.03650.27350.64430.1875-0.2546-0.0813-0.6456-1.0748-0.2053-8.5993-25.902423.8413
31.6278-0.0339-0.42671.0507-0.12020.6101-0.02990.0902-0.3123-0.0357-0.0152-0.0840.00710.01730.308-0.11150.10930.3482-0.15130.36268.835947.397131.7691
40.99130.0226-0.13150.74870.18471.03260.1022-0.24620.18390.2218-0.06140.3287-0.2745-0.15880.3928-0.02710.17360.3762-0.17360.4188-26.000862.75750.1674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 32:574 )A32 - 574
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 33:574 )B33 - 574
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 33:574 )C33 - 574
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 33:574 )D33 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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