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- PDB-4hbp: Crystal Structure of FAAH in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hbp
タイトルCrystal Structure of FAAH in complex with inhibitor
要素Fatty-acid amide hydrolase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Fatty Acid Amide Hydrolase / Amidase activity / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / presynapse / postsynapse / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature (AS) enzymes / Amidase signature (AS) domain / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-17J / Fatty-acid amide hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Behnke, C. / Skene, R.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis, SAR study, and biological evaluation of a series of piperazine ureas as fatty acid amide hydrolase (FAAH) inhibitors.
著者: Kono, M. / Matsumoto, T. / Kawamura, T. / Nishimura, A. / Kiyota, Y. / Oki, H. / Miyazaki, J. / Igaki, S. / Behnke, C.A. / Shimojo, M. / Kori, M.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty-acid amide hydrolase 1
B: Fatty-acid amide hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7854
ポリマ－121,0522
非ポリマー7332
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area35850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.920, 103.920, 251.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 37 - 573 / Label seq-ID: 8 - 544

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Fatty-acid amide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1


分子量: 60525.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, Faah1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97612, fatty acid amide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-17J / 4-(3-phenyl-1,2,4-thiadiazol-5-yl)-N-(pyridin-3-yl)piperazine-1-carboxamide


分子量: 366.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 40% PEG400, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 35463 / % possible obs: 99.3 %
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MT5

1mt5


解像度: 2.91→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 33.153 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.996 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27338 1762 5 %RANDOM
Rwork0.22332 ---
obs0.2258 33366 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å21.7 Å20 Å2
2--3.39 Å20 Å2
3----5.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8044 0 38 28 8110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.99611265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00651062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83623.856306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.268151341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.731545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.23932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.25750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1711.55466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.29728521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45133208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7924.52744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2112tight positional0.020.05
1851medium positional0.340.5
2112tight thermal0.020.5
1851medium thermal0.142
LS精密化 シェル解像度: 2.909→2.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 112 -
Rwork0.314 2194 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0901-0.29270.11012.29390.16543.19410.0062-0.2617-0.03210.36670.0657-0.34950.1280.5019-0.0719-0.01490.1373-0.0562-0.01050.0060.0402-8.477-47.12-28.077
21.6136-0.10450.0370.56570.45161.3625-0.0254-0.071-0.03590.17940.0238-0.03070.00670.17260.0016-0.10070.07340.0081-0.19360.01140.0148-18.193-43.249-38.826
31.145-0.5342-0.38981.55190.32271.58860.0095-0.0321-0.02730.0564-0.03590.1424-0.1372-0.22060.0264-0.13070.09590.0095-0.1720.00810.0287-30.81-36.684-47.221
42.1352-0.2470.10152.11680.57873.08310.060.68180.4886-0.4192-0.0429-0.1425-0.67280.2141-0.01710.25090.13330.03270.11670.17020.1181-11.059-33.631-89.573
50.7880.61450.53452.47880.67431.61220.04680.25270.1324-0.1597-0.0566-0.0611-0.13550.04140.0099-0.06240.0950.0336-0.06940.04540.0039-10.328-45.236-79.957
61.9005-0.3392-0.18531.39250.02341.25880.00030.3112-0.2232-0.2403-0.0973-0.06130.21260.13480.0969-0.06290.08850.0626-0.08720.00540.0025-6.997-59.793-72.762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2A178 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3A308 - 573
4X-RAY DIFFRACTION4B37 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5B178 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6B308 - 573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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