PDB-3k83: Crystal Structure Analysis of a Biphenyl/Oxazole/Carboxypyridine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k83

タイトル

Crystal Structure Analysis of a Biphenyl/Oxazole/Carboxypyridine alpha-ketoheterocycle Inhibitor Bound to a Humanized Variant of Fatty Acid Amide Hydrolase

要素

Fatty-acid amide hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / faah / oxazole / conjugate / covalent modification / Membrane / Transmembrane / monotopic / fatty acid / serine hydrolase / endocannabinoid / reversible inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Mileni, M. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystallographic analysis of alpha-ketoheterocycle inhibitors bound to a humanized variant of fatty acid amide hydrolase.
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Ezzili, C. / Kimball, F.S. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

履歴

登録	2009年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k83	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	3k84-d 3lj6-d 3ppm-d 4do3-d 1mt5-5 2vya-d 2wap-d 2wj2-d 3lj7-d 3pr0-d 3k7f-d 3qj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.404, 103.404, 254.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAH / 変異: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, faah-1, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P97612, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-F27 / 6-[2-(3-biphenyl-4-ylpropanoyl)-1,3-oxazol-5-yl]pyridine-2-carboxylic acid / 6-(2-(3-(biphenyl-4-yl)propanoyl)oxazol-5-yl)picolinate 分子量: 398.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₈N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-1DO / 1-DODECANOL / 1-ドデカノ-ル分子量: 186.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 100mM Hepes, 100mM NaCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03312 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03312 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 78344 / Num. obs: 75832 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wj1

2wj1

解像度: 2.251→29.88 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: isotropic + 16-group TLS / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 18.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	3587	5.07 %
R_work	0.1439	-	-
obs	0.1466	70775	93.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.404 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8457	0	74	794	9325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	8733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.306	11854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.7	3254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2511-2.2807	0.2568	134	0.1765	2459	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2807-2.3119	0.2262	115	0.1709	2567	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3119-2.345	0.2463	147	0.162	2539	X-RAY DIFFRACTION	94
2.345-2.38	0.2192	139	0.1567	2530	X-RAY DIFFRACTION	94
2.38-2.4171	0.2119	139	0.1578	2561	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4171-2.4567	0.2429	151	0.1608	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4567-2.4991	0.2392	125	0.1562	2571	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4991-2.5445	0.2402	131	0.1563	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5445-2.5934	0.2179	147	0.1467	2634	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5934-2.6463	0.21	138	0.1436	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6463-2.7038	0.199	149	0.1405	2587	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7038-2.7667	0.2217	138	0.1427	2605	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7667-2.8358	0.2078	132	0.1488	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8358-2.9124	0.2194	154	0.1448	2587	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9124-2.998	0.2205	130	0.1525	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
2.998-3.0947	0.1932	157	0.1461	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0947-3.2052	0.2162	141	0.1455	2601	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2052-3.3334	0.1912	133	0.1447	2612	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3334-3.4849	0.1776	137	0.137	2578	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4849-3.6683	0.1806	147	0.1306	2585	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6683-3.8977	0.1686	113	0.1221	2622	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8977-4.1979	0.1764	143	0.1259	2563	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1979-4.6189	0.1545	127	0.1175	2601	X-RAY DIFFRACTION	92
4.6189-5.2841	0.1644	151	0.1148	2571	X-RAY DIFFRACTION	92
5.2841-6.6453	0.1978	136	0.1456	2583	X-RAY DIFFRACTION	91
6.6453-29.8828	0.1493	133	0.1419	2659	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3116	0.0655	0.0027	0.2418	-0.0048	0.0024	-0.0821	-0.2006	0.0449	0.3115	-0.0063	0.037	0.0779	-0.037	0.0617	0.2689	0.0121	0.066	0.1873	-0.0491	0.0752	40.0024	-3.2704	14.3515
2	0.7293	-0.1903	-0.8198	0.3537	0.1916	0.9172	-0.026	0.0431	-0.0139	0.1167	-0.0204	0.0636	-0.0034	-0.1762	0.0329	0.0995	0.0214	0.0336	0.1271	0.0009	0.0839	28.9414	-11.843	5.1329
3	1.8186	-0.4795	0.6887	0.1871	-0.0842	0.4241	-0.15	-0.0931	0.0719	-0.0172	0.0516	-0.0763	-0.1662	-0.0661	0.0988	0.1095	0.0402	0.0026	0.0744	-0.0019	0.0645	43.3633	-1.5021	-0.5936
4	0.1439	-0.0353	0.0326	0.2233	0.0374	0.0146	-0.0052	-0.0431	0.031	0.1179	0.0354	0.0188	-0.0255	-0.033	-0.0224	0.037	0.0196	-0.0015	0.025	0.0056	-0.0038	45.944	-12.4811	-2.7943
5	0.1242	-0.1162	0.097	0.1937	-0.2731	0.6029	-0.0767	0.0144	-0.002	0.0349	0.0826	0.0377	-0.0587	-0.1838	-0.0217	0.0562	0.0146	0.0062	0.1084	0.013	0.0545	35.4549	-13.3076	-14.1926
6	0.198	0.0179	0.0018	0.0287	-0.1081	0.5754	-0.0269	-0.034	-0.0475	-0.0138	0.0175	-0.0207	0.0564	0.0402	0.0171	0.0589	0.032	0.0013	0.0262	0.0141	0.0302	54.5094	-24.21	-10.9975
7	0.0211	-0.1581	0.0486	1.1675	-0.419	0.3835	-0.0266	0.0394	0.032	-0.0764	-0.0845	-0.1834	0.0642	0.2746	0.1141	0.0595	0.0275	0.0049	0.179	0.0366	0.0915	71.4442	-14.3107	-16.444
8	0.3371	-0.0323	-0.0148	0.2339	-0.0415	0.0026	-0.035	0.0427	-0.0292	-0.0159	0.0194	-0.0033	0.0603	-0.0006	0.0157	0.092	0.0175	-0.0019	0.0684	0.0123	0.0247	51.2706	-28.5303	-8.6577
9	0.7194	0.005	-0.3964	0.1526	-0.0352	0.2338	-0.0214	-0.072	0.0153	-0.1514	-0.0846	0.0033	0.113	-0.0836	0.0922	0.1603	0.0284	0.0143	0.1213	-0.0236	0.0734	53.3002	-16.1564	-64.3902
10	0.6633	0.5528	0.4612	0.4877	0.4364	0.5118	-0.0107	0.0811	-0.0784	-0.0597	-0.0299	-0.0288	0.0844	-0.0676	0.0227	0.1022	-0.0121	-0.0122	0.0636	-0.0245	0.0515	37.8011	-17.0814	-57.9001
11	1.1139	0.0021	-0.045	0.0012	-0.0229	0.2328	-0.0297	0.019	-0.1059	-0.0083	0.0427	0.002	0.143	0.0245	-0.0049	0.0805	0.0041	0.0009	0.0288	-0.006	0.062	54.2069	-16.6174	-48.9676
12	0.1355	0.0134	-0.114	0.0079	0.0377	0.2942	-0.0233	0.0555	-0.064	-0.0281	-0.0536	-0.0169	0.0943	-0.0871	0.015	0.0316	0.0283	-0.0158	-0.0491	0.0609	-0.0238	48.8226	-6.6371	-47.0651
13	0.1734	0.0396	0.4336	0.6226	-0.5736	1.8307	-0.0936	-0.0661	0.0057	-0.1277	0.0513	-0.0267	0.0833	-0.2925	0.0293	0.056	-0.0024	0.0186	0.0742	0.0009	0.0258	38.0987	-13.318	-37.8989
14	0.6356	-0.0747	0.1738	0.0467	-0.1306	0.2659	-0.0249	0.0193	0.0774	0.0072	0.0748	-0.056	-0.2076	0.0944	0.0215	-0	0.0688	-0.0414	-0.091	0.0335	-0.0014	46.7148	7.1327	-38.0842
15	0.1627	0.0406	0.1473	0.0107	0.0399	0.2704	-0.0305	-0.0128	0.0143	0.0819	0.0148	-0.0237	-0.1287	0.0443	0.045	0.1015	-0.0252	-0.0618	0.0462	0.0092	0.0723	64.7042	9.4621	-28.7542
16	0.0765	-0.1095	0.0503	0.3224	-0.0752	0.1587	-0.0098	-0.0062	0.0103	0.0217	0.0178	0.0115	-0.0826	-0.0376	-0.0009	0.0515	0.0176	-0.0004	0.0248	0.0119	0.021	42.0992	8.6476	-41.2148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:70)	A	32 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 71:134)	A	71 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 135:165)	A	135 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:276)	A	166 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 277:315)	A	277 - 315
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 316:410)	A	316 - 410
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 411:451)	A	411 - 451
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 452:577)	A	452 - 577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 32:70)	B	32 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 71:134)	B	71 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 135:165)	B	135 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 166:276)	B	166 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 277:315)	B	277 - 315
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 316:410)	B	316 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 411:451)	B	411 - 451
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 452:577)	B	452 - 577

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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