PDB-3k7f: Crystal Structure Analysis of a Phenhexyl/Oxazole/Carboxypyridine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k7f

タイトル

Crystal Structure Analysis of a Phenhexyl/Oxazole/Carboxypyridine alpha-Ketoheterocycle Inhibitor Bound to a Humanized Variant of Fatty Acid Amide Hydrolase'

要素

Fatty-acid amide hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / protein-inhibitor complex / FAAH / oxazole / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Arachidonate metabolism / fatty acid amide hydrolase / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / monoacylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mileni, M. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystallographic analysis of alpha-ketoheterocycle inhibitors bound to a humanized variant of fatty acid amide hydrolase.
著者: Mileni, M. / Garfunkle, J. / Ezzili, C. / Kimball, F.S. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. / Boger, D.L.

履歴

登録	2009年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3k7f.ent.gz	363.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3k7f_full_validation.pdf.gz	916 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	3k83C 3k84C 2wj1S 2wj2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qkv-d 3lj7-d 2wap-d 3k84-d 2wj2-d 4do3-d 3lj6-d 3k83-d 3ppm-d 3qj8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase 1

B: Fatty-acid amide hydrolase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.870, 103.870, 255.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase 1 / Oleamide hydrolase 1 / Anandamide amidohydrolase 1 分子量: 63111.664 Da / 分子数: 2 / 断片: deltaTM-FAAH / 変異: L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Faah, faah-1, Faah1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P97612, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-F2C / 6-[2-(7-phenylheptanoyl)-1,3-oxazol-5-yl]pyridine-2-carboxylic acid / 6-(2-(7-phenylheptanoyl)oxazol-5-yl)picolinate 分子量: 378.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG400, 100mM TrisHCl, 100mM sodium chloride, 100mM lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→38.477 Å / Num. all: 117077 / Num. obs: 115337 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ1

2wj1

解像度: 1.95→38.477 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	5770	5.04 %
R_work	0.1545	-	-
obs	0.1562	114378	97.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.02 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8431	0	58	1100	9589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.254	11795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5	3246
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.2648	188	0.2271	3482	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9722-1.9954	0.2446	177	0.2162	3583	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9954-2.0197	0.2482	185	0.2053	3459	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0197-2.0453	0.2267	175	0.1949	3582	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0453-2.0722	0.2547	188	0.1974	3553	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0722-2.1006	0.2484	194	0.1911	3548	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1006-2.1306	0.2319	181	0.1812	3577	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1306-2.1624	0.2161	190	0.173	3589	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1624-2.1962	0.207	193	0.1699	3554	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1962-2.2322	0.2265	205	0.169	3571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2322-2.2706	0.2199	193	0.1602	3594	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2706-2.3119	0.1825	180	0.1557	3642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3119-2.3564	0.1966	195	0.1535	3610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3564-2.4045	0.2003	195	0.1508	3592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4045-2.4568	0.1873	225	0.1526	3596	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4568-2.5139	0.1974	181	0.1503	3640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5139-2.5768	0.1892	184	0.1507	3636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5768-2.6464	0.2089	212	0.1531	3620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6464-2.7243	0.1816	196	0.1494	3655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7243-2.8122	0.1808	175	0.1493	3680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8122-2.9126	0.1835	198	0.1477	3610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9126-3.0292	0.1962	177	0.1542	3682	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0292-3.167	0.1829	220	0.1447	3639	X-RAY DIFFRACTION	98
3.167-3.3339	0.1684	188	0.1471	3670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3339-3.5426	0.1696	193	0.1377	3656	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5426-3.816	0.1477	193	0.1247	3693	X-RAY DIFFRACTION	98
3.816-4.1995	0.1536	198	0.1316	3642	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1995-4.8062	0.1327	177	0.1192	3707	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8062-6.0516	0.1726	211	0.1425	3720	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0516-38.4849	0.1747	203	0.1658	3826	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6077	0.0571	-0.2701	0.5852	-0.1521	0.4932	-0.0234	0.3533	-0.02	-0.4283	-0.0434	-0.2776	0.0828	0.119	0.0633	0.196	0.0186	0.069	0.3001	-0.0272	0.1197	-23.1716	33.8058	-14.2565
2	0.5551	-0.3874	-0.0094	1.315	0.3891	0.2248	-0.0221	0.1282	0.0004	-0.1859	0.0394	-0.2314	0.1854	0.1349	-0.0296	0.1544	0.0413	0.0439	0.219	-0.0518	0.1398	-24.9094	19.2218	-5.0266
3	0.3123	-0.2465	0.2344	1.329	-0.2554	0.2939	0.0796	0.2062	0.0406	-0.0322	-0.1487	-0.2266	-0.0299	0.2122	0.0682	0.0893	0.0037	0.0171	0.2098	0.0066	0.1327	-23.1718	36.9328	0.6327
4	0.275	-0.0606	-0.2053	0.4241	-0.1441	0.3844	0.0015	0.123	0.0001	-0.0685	0.0215	-0.0207	0.035	0.0611	-0.0218	0.0943	0.0045	-0.0049	0.1526	-0.0108	0.0739	-33.9853	33.6622	2.8539
5	0.6696	0.2468	0.4078	0.0147	0.1198	1.314	0.0181	0.1119	-0.005	0.0675	-0.0274	-0.0208	0.1737	0.1722	-0.0106	0.1277	0.0217	-0.0094	0.1356	-0.0299	0.1024	-29.4471	24.1978	14.3171
6	0.3868	0.2232	-0.0082	0.6484	-0.0642	0.754	0.0226	0.0609	0.0558	-0.0025	-0.0083	0.1198	0.0097	-0.129	-0.0063	0.0212	0.0032	-0.0139	0.1004	-0.0113	0.056	-48.4202	35.179	11.0563
7	0.7304	-0.3632	0.5144	0.5176	-0.353	0.8777	-0.021	-0.0925	0.0605	0.0134	-0.051	0.0424	-0.1781	-0.2535	0.0544	0.1108	0.0558	-0.0232	0.134	-0.0176	0.1232	-48.3922	54.8924	16.4055
8	0.4376	-0.0267	0.0863	0.4073	0.1558	0.7805	0.0074	0.0539	-0.0201	-0.0422	-0.0206	0.0506	0.0162	-0.0845	0.0159	0.0736	-0.0035	-0.0167	0.1281	-0.0083	0.072	-50.697	30.7798	8.9516
9	0.2857	0.1517	-0.3621	0.193	0.0122	0.8101	0.0201	-0.1118	0.0705	0.0889	-0.1589	-0.0683	0.0964	-0.0105	0.0932	0.1255	-0.0146	0.0211	0.2158	-0.0095	0.1161	-40.9348	38.3022	64.5513
10	0.6423	0.1899	-0.1239	1.1318	-0.2246	0.716	-0.0441	-0.1411	-0.0816	0.1629	0.0198	0.1156	0.1838	-0.051	0.0238	0.1221	-0.0279	0.0082	0.1236	0.029	0.1072	-34.0275	24.3798	58.0798
11	0.0107	0.1214	0.0532	1.2597	0.1802	0.5377	0.0293	-0.072	0.0497	0.0991	-0.0714	0.1336	0.0514	-0.0467	0.0419	0.0904	-0.0213	0.0108	0.1374	-0.0106	0.1228	-41.7919	38.8179	49.1058
12	0.1511	-0.102	-0.1004	0.2584	0.2325	0.3677	-0.0106	-0.0078	0.0349	-0.0033	0.0118	-0.0005	0.0058	0.0218	0.0014	0.0519	-0.0107	-0.0078	0.0966	-0.0035	0.0782	-30.4236	39.165	47.2153
13	0.3228	0.102	-0.2291	0.1853	0.15	0.5896	0.0302	-0.0264	-0.033	0.0358	-0.0484	-0.0036	0.1598	-0.0061	0.0224	0.1217	-0.0106	-0.006	0.1145	-0.0085	0.0863	-30.865	26.5489	38.0356
14	0.3929	-0.0558	0.0648	0.4503	0.0336	0.5114	-0.008	0.0573	0.0307	0.0091	0.0257	-0.0853	-0.0291	0.1505	-0.0152	0.0532	-0.0229	-0.0103	0.1143	0.0019	0.077	-17.3818	44.2253	38.2355
15	0.7443	-0.2138	0.4345	0.065	0.0917	0.3555	-0.1384	0.5449	0.2093	-0.1553	0.0307	0.0236	-0.3534	0.2407	0.0954	0.1178	-0.1089	-0.0451	-0.016	0.1261	0.0852	-24.3277	61.0069	28.8349
16	0.6992	0.0395	0.047	0.5699	0.1528	0.6082	-0.0064	0.0117	0.0022	-0.0023	0.0133	-0.0204	0.0134	0.1207	-0.0069	0.0331	-0.0002	-0.0114	0.11	-0.0032	0.0648	-13.7677	40.9868	41.3946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 32:70)	A	32 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 71:134)	A	71 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 135:165)	A	135 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:276)	A	166 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 277:315)	A	277 - 315
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 316:410)	A	316 - 410
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 411:451)	A	411 - 451
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 452:577)	A	452 - 577
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 32:70)	B	32 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 71:134)	B	71 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 135:165)	B	135 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 166:276)	B	166 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 277:315)	B	277 - 315
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 316:410)	B	316 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 411:451)	B	411 - 451
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 452:577)	B	452 - 577

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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