PDB-3k4w: CRYSTAL STRUCTURE OF Uncharacterized Tim-Barrel Protein Bb4693 Fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4w

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF Uncharacterized Tim-Barrel Protein Bb4693 From Bordetella Bronchiseptica

要素

uncharacterized protein Bb4693

キーワード

structural genomics / unknown function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / HYDROLASE / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF Uncharacterized Tim-Barrel Protein Bb4693 From Bordetella Bronchiseptica
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3k4w.ent.gz	565.9 KB	表示	PDB形式
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3irs
類似構造データ	3irs-d 3d1v-1 1td1-d 3scz-2 1pbn-1 1hkh-1 4nfz-d 3hi4-2 1a9q-1 6xs3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-10053j

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: uncharacterized protein Bb4693

B: uncharacterized protein Bb4693

C: uncharacterized protein Bb4693

D: uncharacterized protein Bb4693

E: uncharacterized protein Bb4693

F: uncharacterized protein Bb4693

G: uncharacterized protein Bb4693

H: uncharacterized protein Bb4693

I: uncharacterized protein Bb4693

J: uncharacterized protein Bb4693

K: uncharacterized protein Bb4693

L: uncharacterized protein Bb4693

393 kDa, 12 ポリマー
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1

A: uncharacterized protein Bb4693

B: uncharacterized protein Bb4693

C: uncharacterized protein Bb4693

ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 3 ポリマー
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2

D: uncharacterized protein Bb4693

E: uncharacterized protein Bb4693

F: uncharacterized protein Bb4693

ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 3 ポリマー
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3

G: uncharacterized protein Bb4693

H: uncharacterized protein Bb4693

I: uncharacterized protein Bb4693

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4

J: uncharacterized protein Bb4693

K: uncharacterized protein Bb4693

L: uncharacterized protein Bb4693

ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.923, 248.768, 90.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	uncharacterized protein Bb4693 分子量: 32717.412 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB50 / 遺伝子: BB4693 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q7WEE2, UniProt: A0A0H3M034*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

uncharacterized protein Bb4693

分子量: 32717.412 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
株: RB50 / 遺伝子: BB4693 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q7WEE2, UniProt: A0A0H3M034*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1903 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Na-citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→25.977 Å / Num. obs: 270144 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.201 / R_sym value: 0.201 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / R_sym value: 2.044 / % possible all: 94.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 40.2 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	25.98 Å
Translation	2.5 Å	25.98 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→25.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.5 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	13295	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.194	262839	95.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→25.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26544	0	0	1903	28447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	27434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.936	1.964	37367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.591	5	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.771	23.429	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.547	15	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.709	15	218
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	21400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	1.5	16986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.834	2	27444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.292	3	10448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.048	4.5	9889
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	784	-
R_work	0.341	14112	-
obs	-	-	73.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8504	0.029	-0.1838	0.4897	0.0183	0.2223	-0.024	0.0799	-0.0388	-0.0792	0.0098	-0.0157	0.0149	-0.0443	0.0142	0.0175	-0.0052	-0.0022	0.02	0.0109	0.0464	5.5673	-64.2162	32.336
2	1.1227	0.0476	-0.0329	0.3002	0.0713	0.4857	0.0399	-0.1184	-0.0612	0.0848	-0.0478	-0.017	0.0049	-0.0158	0.008	0.0314	-0.02	-0.0114	0.0222	0.0075	0.033	2.7577	-35.8455	57.0957
3	0.6082	-0.0178	0.1078	0.5403	-0.0808	0.188	-0.0021	0.0848	0.0184	-0.0279	-0.0169	-0.071	-0.0225	0.0043	0.019	0.0177	0.0085	0.0163	0.0184	0.013	0.0278	6.1075	-28.6133	19.8692
4	1.3753	-0.3764	0.2148	0.4585	-0.1588	0.3908	-0.0613	-0.1998	-0.0481	0.0842	0.0654	-0.0102	-0.025	-0.0352	-0.0041	0.0187	0.0089	0.0028	0.0308	0.0045	0.0263	-36.7228	-57.9711	50.0326
5	0.697	0.2405	-0.1014	0.3988	0.0203	0.3495	-0.052	0.1227	-0.0128	-0.075	0.0185	-0.0036	0.0206	-0.005	0.0335	0.034	0.0096	-0.0003	0.0392	-0.0053	0.0048	-34.1665	-50.9751	12.6583
6	0.5768	-0.0039	0.104	0.6444	-0.0301	0.2933	0.0188	-0.0346	0.0412	-0.0218	-0.0136	0.0415	-0.0452	0.0135	-0.0052	0.0189	-0.0015	0.0073	0.0066	-0.0111	0.0439	-37.2697	-22.3072	37.977
7	0.5215	0.0982	0.331	0.3164	0.0038	0.9597	0.0381	0.0211	-0.0936	0.0058	0.0286	0.022	0.0861	-0.0863	-0.0666	0.0925	-0.0057	-0.0209	0.0242	-0.0134	0.042	-63.8028	-4.1371	72.9971
8	0.5948	-0.0963	0.1598	0.3862	0.1098	0.7512	0.0668	0.1132	-0.0212	0.0011	-0.0271	-0.033	0.0562	0.1642	-0.0396	0.0551	0.0272	0.0039	0.1068	-0.0144	0.0078	-31.349	14.2725	66.5691
9	0.5697	-0.1414	-0.1411	0.3775	-0.0335	0.288	0.0217	0.0936	0.0873	-0.0103	0.0093	-0.017	0.0136	-0.0566	-0.031	0.042	0.0098	0.0043	0.0486	0.0171	0.0139	-64.9885	32.2419	63.967
10	0.5055	-0.1963	0.0157	0.4066	0.1253	0.3817	0.0043	0.0062	0.0048	-0.0279	0.0361	-0.0357	-0.0096	0.0562	-0.0405	0.0487	-0.0004	0.011	0.0097	-0.0068	0.0072	-16.5599	5.331	23.8733
11	0.6205	0.0996	-0.0392	0.3549	-0.1257	0.6795	0.0306	-0.0336	0.0372	0.0238	0.0098	0.0395	-0.0273	-0.0671	-0.0404	0.0585	0.0195	0.0159	0.0248	0.0007	0.0117	-50.1393	23.1426	21.0458
12	0.38	-0.1224	0.0594	0.4766	0.2192	0.4265	-0.005	0.0189	0.0851	0.0171	0.033	-0.0409	-0.067	0.0337	-0.028	0.0809	-0.0197	0.0168	0.0184	-0.0126	0.0415	-17.5653	42.263	15.0959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 281
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	290 - 2087
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	290 - 2072
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 281
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	290 - 2063
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 281
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	290 - 2066
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 281
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	290 - 2086
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 281
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	290 - 2084
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 281
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	290 - 2048
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 281
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	290 - 2079
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 281
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	290 - 2026
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 281
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	290 - 2083
21	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 281
22	X-RAY DIFFRACTION	11	K	290 - 2081
23	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 281
24	X-RAY DIFFRACTION	12	L	290 - 2078

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