PDB-3jvh: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jvh

タイトル

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with FOL fragment 8395

要素

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

キーワード

LYASE / NIAID / SSGCID / Seattle Dtructural Genomics Center for Infectious Disease / fragment crystallography / Fragments of Life / zinc-binding fragment / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.

履歴

登録	2009年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Database references / Version format compliance
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jvh.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jvh.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jvh_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jvh_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	3jvh_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	3jvh_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/3jvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0dSC 3f0eC 3f0gC 3ieqC 3iewC 3ikeC 3ikfC 3k14C 3k2xC 3mbmC 3p0zC 3p10C 3qhdC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q8h-d 5l12-d 3f0d-1 3qhd-d 3iew-d 3k2x-d 3ieq-d 6mwf-d 6mwj-d 3k14-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.00122.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

ヘテロ分子

59.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.120, 67.650, 60.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.320, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-186- HOH

#1: タンパク質	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase 分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-HHV / 5-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]-1H-pyrazole-4-carboxamide 分子量: 217.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁N₅O
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate, 34.4 mg/mL protein, 0.4/0.4 uL drops, 20 mM fragment 8395, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 50817 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.268 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 26.57
反射シェル	解像度: 1.69→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 6211 / Num. unique all: 3188 / Num. unique obs: 3188 / % possible all: 82.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3F0D

3f0d

解像度: 1.69→19.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.155 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.883 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.099 / SU R_free: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	2590	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	50816	97.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.46 Å² / B_iso mean: 14.092 Å² / B_iso min: 3.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→19.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	57	321	3784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.985	4841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.011	5	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.087	22.81	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.765	15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.681	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.581	1.5	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.028	2	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.544	3	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.511	4.5	1194

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	157	-
R_work	0.286	2984	-
all	-	3141	-
obs	-	-	82.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3367	0.3774	0.3569	0.4967	0.3922	1.1811	-0.0153	0.0505	0.2087	-0.0119	-0.0118	0.0672	-0.0669	-0.0279	0.0271	0.0415	0.0016	0.0045	0.007	0.0122	0.0515	9.5049	-31.9234	-10.1214
2	10.0941	-4.5914	-3.993	2.2717	6.1301	9.9152	0.4732	0.5823	1.4177	-0.5466	-0.3831	-0.4723	-1.077	-0.4805	-0.0901	0.211	0.0518	0.0333	0.0919	0.0837	0.2097	0.9124	-29.2848	-20.5123
3	0.9379	0.2931	0.1512	1.1451	0.4146	1.1705	0.0656	0.1191	0.0162	-0.0359	0.0094	-0.0057	0.0461	-0.2236	-0.075	0.0417	-0.0113	-0.0039	0.0724	0.0201	0.0192	-0.14	-40.8122	-13.6767
4	1.3403	0.3531	0.1087	0.7707	-0.1942	0.8228	0.0149	-0.0814	-0.0025	0.0644	-0.0149	-0.0571	0.003	0.0461	0	0.0435	0.006	-0.0036	0.0122	-0.0013	0.038	14.5277	-37.3693	-4.4522
5	1.6228	0.4228	0.5864	3.2031	-0.2172	1.0335	-0.1021	0.5555	0.0916	0.0397	0.0373	-0.381	-0.0941	0.271	0.0648	0.0188	-0.0292	0.0326	0.2023	0.0574	0.0512	23.5211	-33.7241	-28.0396
6	1.7362	-0.952	0.488	3.0675	-1.53	0.5092	-0.1267	0.7206	0.0209	-0.1612	0.0772	-0.2886	0.1671	0.0789	0.0495	0.0629	-0.0199	0.0255	0.3771	-0.0339	0.0547	27.4278	-38.7046	-27.9817
7	3.2502	-0.9118	0.8188	4.967	-1.329	1.7573	-0.202	0.9845	-0.3144	-0.1131	0.0338	-0.563	0.0716	0.1636	0.1682	0.083	-0.011	0.0982	0.3231	-0.1473	0.0668	27.9555	-47.8649	-32.5566
8	1.2502	0.1713	0.4566	1.3441	0.2908	0.8152	-0.0387	0.3425	0.1451	-0.039	0.0001	0.0481	-0.0352	0.1271	0.0386	0.0211	-0.0096	0.0059	0.1027	0.0358	0.0136	16.3169	-35.6977	-25.9638
9	2.3344	1.2424	-0.0468	2.7479	0.1731	0.3277	0.078	-0.14	0.0864	0.1054	-0.1046	-0.2534	0.0516	0.1273	0.0266	0.0529	0.0171	-0.0214	0.0619	0.0155	0.0661	34.7358	-39.264	-6.2538
10	5.3582	0.1573	-0.4518	0.5919	-0.2854	1.0011	0.0111	-0.3477	-0.0454	0.1712	0.019	-0.1067	0.0236	0.0705	-0.0301	0.0885	0.038	-0.0334	0.039	-0.0001	0.0656	26.4741	-45.6539	-0.5021
11	1.4391	0.1925	0.2044	1.5087	-0.2101	0.6444	-0.031	0.0532	-0.1615	-0.1027	-0.0134	-0.212	0.1732	0.1543	0.0444	0.0579	0.0585	0.0057	0.0412	-0.0001	0.0726	32.0388	-48.9994	-9.1557
12	1.0082	0.3999	0.1271	1.7956	-0.1706	0.8149	-0.014	0.1932	-0.0382	-0.0231	0.0428	-0.0794	0.0696	0.2119	-0.0288	0.0283	0.021	0.001	0.0683	-0.0096	0.0651	30.0398	-42.7597	-13.6621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	95 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	59 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	94 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	41 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	76 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	121 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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