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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jqg | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor 6-[(4-methoxybenzyl)sulfanyl]pyrimidine-2,4-diamine (AX6) | |||||||||
![]() | (Pteridine reductase 1) x 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / PTR1 / TRYPANOSOMA BRUCEI / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pteridine reductase / pteridine reductase activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tulloch, L.B. / Hunter, W.N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of pteridine reductase inhibitors targeting african sleeping sickness and the leishmaniases. 著者: Tulloch, L.B. / Martini, V.P. / Iulek, J. / Huggan, J.K. / Lee, J.H. / Gibson, C.L. / Smith, T.K. / Suckling, C.J. / Hunter, W.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 218.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3bmcC ![]() 3bmnC ![]() 3bmoC ![]() 3bmqC ![]() 3jq6C ![]() 3jq7C ![]() 3jq8C ![]() 3jq9C ![]() 3jqaC ![]() 3jqbC ![]() 3jqcC ![]() 3jqdC ![]() 3jqeC ![]() 3jqfC ![]() 2c7vS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30685.787 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 102-369 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PTR1, Tb927.8.2210 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 102-369 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PTR1, Tb927.8.2210 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-AX6 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 2-3M Sodium acetate, 10-100mM Sodium citrate, pH 4.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K PH範囲: 4.0-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日 詳細: Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→53.2 Å / Num. obs: 74417 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2C7V 解像度: 1.9→53.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.218 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 9.514 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.195 / SU Rfree: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.24 Å2 / Biso mean: 17.855 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.2 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1797 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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