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- PDB-3ifp: X-ray structure of amyloid beta peptide:antibody (Abeta1-7:12B4) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ifp
タイトルX-ray structure of amyloid beta peptide:antibody (Abeta1-7:12B4) complex
要素
  • 12B4 FAB antibody heavy chain
  • 12B4 FAB antibody light chain
  • Amyloid beta A4 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / amyloid beta peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / intracellular copper ion homeostasis / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / forebrain development / Notch signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / neuron projection maintenance / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / adult locomotory behavior / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / locomotory behavior / endosome lumen / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / synapse organization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to amyloid-beta / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Weis, W.I. / Feinberg, H. / Basi, G.S. / Schenk, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural correlates of antibodies associated with acute reversal of amyloid beta-related behavioral deficits in a mouse model of Alzheimer disease.
著者: Basi, G.S. / Feinberg, H. / Oshidari, F. / Anderson, J. / Barbour, R. / Baker, J. / Comery, T.A. / Diep, L. / Gill, D. / Johnson-Wood, K. / Goel, A. / Grantcharova, K. / Lee, M. / Li, J. / ...著者: Basi, G.S. / Feinberg, H. / Oshidari, F. / Anderson, J. / Barbour, R. / Baker, J. / Comery, T.A. / Diep, L. / Gill, D. / Johnson-Wood, K. / Goel, A. / Grantcharova, K. / Lee, M. / Li, J. / Partridge, A. / Griswold-Prenner, I. / Piot, N. / Walker, D. / Widom, A. / Pangalos, M.N. / Seubert, P. / Jacobsen, J.S. / Schenk, D. / Weis, W.I.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年9月25日Group: Derived calculations

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 12B4 FAB antibody heavy chain
L: 12B4 FAB antibody light chain
P: Amyloid beta A4 protein
A: 12B4 FAB antibody heavy chain
B: 12B4 FAB antibody light chain
Q: Amyloid beta A4 protein
C: 12B4 FAB antibody heavy chain
D: 12B4 FAB antibody light chain
R: Amyloid beta A4 protein
E: 12B4 FAB antibody heavy chain
F: 12B4 FAB antibody light chain
S: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,62112
ポリマ－198,62112
非ポリマー00
水00
1
H: 12B4 FAB antibody heavy chain
L: 12B4 FAB antibody light chain
P: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6553
ポリマ－49,6553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
2
A: 12B4 FAB antibody heavy chain
B: 12B4 FAB antibody light chain
Q: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6553
ポリマ－49,6553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
3
C: 12B4 FAB antibody heavy chain
D: 12B4 FAB antibody light chain
R: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6553
ポリマ－49,6553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
4
E: 12B4 FAB antibody heavy chain
F: 12B4 FAB antibody light chain
S: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6553
ポリマ－49,6553
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.86, 79.24, 94.10
Angle α, β, γ (deg.)68.66, 65.28, 78.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21L
31P
41A
51B
61Q
71C
81D
91R
101E
111F
121S
12H
22L
32A
42B
52C
62D
72E
82F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain H and resid 1-123) or (chain L and resid 1-112) or (chain P and resid 1-7)H1 - 123
211(chain H and resid 1-123) or (chain L and resid 1-112) or (chain P and resid 1-7)L1 - 123
311(chain H and resid 1-123) or (chain L and resid 1-112) or (chain P and resid 1-7)P1 - 123
411(chain A and resid 1-123) or (chain B and resid 1-112) or (chain Q and resid 1-7)A1 - 123
511(chain A and resid 1-123) or (chain B and resid 1-112) or (chain Q and resid 1-7)B1 - 123
611(chain A and resid 1-123) or (chain B and resid 1-112) or (chain Q and resid 1-7)Q1 - 123
711(chain C and resid 1-123) or (chain D and resid 1-112) or (chain R and resid 1-7)C1 - 123
811(chain C and resid 1-123) or (chain D and resid 1-112) or (chain R and resid 1-7)D1 - 123
911(chain C and resid 1-123) or (chain D and resid 1-112) or (chain R and resid 1-7)R1 - 123
1011(chain E and resid 1-123) or (chain F and resid 1-112) or (chain S and resid 1-7)E1 - 123
1111(chain E and resid 1-123) or (chain F and resid 1-112) or (chain S and resid 1-7)F1 - 123
1211(chain E and resid 1-123) or (chain F and resid 1-112) or (chain S and resid 1-7)S1 - 123
112(chain H and resid 124-225) or (chain L and resid 113-219)H124 - 225
212(chain H and resid 124-225) or (chain L and resid 113-219)L124 - 225
312(chain A and resid 124-225) or (chain B and resid 113-219)A124 - 225
412(chain A and resid 124-225) or (chain B and resid 113-219)B124 - 225
512(chain C and resid 124-225) or (chain D and resid 113-219)C124 - 225
612(chain C and resid 124-225) or (chain D and resid 113-219)D124 - 225
712(chain E and resid 124-225) or (chain F and resid 113-219)E124 - 225
812(chain E and resid 124-225) or (chain F and resid 113-219)F124 - 225

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体
12B4 FAB antibody heavy chain


分子量: 24590.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: CET1018 / 細胞株 (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#2: 抗体
12B4 FAB antibody light chain


分子量: 24173.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: CET1018 / 細胞株 (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#3: タンパク質・ペプチド
Amyloid beta A4 protein


分子量: 890.897 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 672-678 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 4.1 mg/ml, 10 mM Hepes pH 7.5, 75 mM NaCl. Protein:peptide molar ratio: 1:1.8. Reservoir: 30%PEG8K, 0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→81.13 Å / Num. obs: 38904 / Rmerge(I) obs: 0.129

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→81.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 1945 5 %
Rwork0.2348 --
obs0.2365 38903 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.783 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.3 Å2 / Biso mean: 27.474 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.951 Å21.164 Å21.254 Å2
2---3.236 Å2-7.574 Å2
3---9.187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→81.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13667 0 0 0 13667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15719069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6814954
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11H1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
12L1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
13P1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
14A1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
15B1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
16Q1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
17C1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
18D1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
19R1886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
110E1877X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
111F1877X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
112S1877X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
21H1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
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23A1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
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25C1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
26D1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
27E1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
28F1523X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.02380.40611190.34472633X-RAY DIFFRACTION95
3.0238-3.10550.35211630.32462633X-RAY DIFFRACTION96
3.1055-3.19690.39181360.30122611X-RAY DIFFRACTION96
3.1969-3.30010.3131420.28782671X-RAY DIFFRACTION95
3.3001-3.41810.3431380.27862607X-RAY DIFFRACTION96
3.4181-3.55490.29131450.25842608X-RAY DIFFRACTION96
3.5549-3.71670.28021500.23382654X-RAY DIFFRACTION96
3.7167-3.91270.24321530.21682622X-RAY DIFFRACTION96
3.9127-4.15780.22431200.20852664X-RAY DIFFRACTION96
4.1578-4.47880.23641260.17952674X-RAY DIFFRACTION96
4.4788-4.92950.18221340.16432640X-RAY DIFFRACTION96
4.9295-5.64260.19371330.17032644X-RAY DIFFRACTION96
5.6426-7.10850.21571230.20982662X-RAY DIFFRACTION96
7.1085-81.16060.21291630.20182635X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5359-0.5338-0.16290.54080.03990.36350.0308-0.0569-0.1664-0.0097-0.02880.13110.02530.14140.02270.04820.03130.01330.1876-0.01960.234280.5562-0.18941.0577
20.9878-0.18380.75450.26950.03841.1184-0.1447-0.1468-0.1355-0.0293-0.10270.0295-0.159-0.14720.21140.08320.0258-0.00550.3422-0.12930.240378.908636.082434.2936
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61.20042.57271.6158-4.4509-2.82222.6521-0.04930.04260.02630.73250.3417-1.2401-0.6947-0.0146-0.2690.22180.0452-0.1362-0.0015-0.15030.6293114.394776.830870.1052
71.04050.59010.40760.91270.23570.3660.1883-0.31120.09980.0999-0.36790.12190.1873-0.44630.19970.1158-0.08440.05330.4766-0.18230.221477.422919.323181.9202
80.62550.730.30140.49170.23420.7892-0.18060.2203-0.04260.00670.0892-0.0625-0.13830.10370.07870.11210.0084-0.01390.4883-0.14750.226979.332555.467776.1029
90.90940.74040.69980.26280.04480.0379-0.07030.2571-0.1703-0.040.23790.41370.03940.0112-0.16230.2197-0.22240.09610.3383-0.13160.695883.5714.66182.696
100.5933-0.79360.11390.813-0.26380.46070.034-0.0190.0379-0.0309-0.1040.067-0.0246-0.08330.07650.05520.0137-0.02570.2368-0.08910.1416116.705743.122433.504
11-0.40020.12840.13370.54220.01770.7465-0.14340.1439-0.01770.01780.0641-0.08550.16920.07290.06450.0880.00650.0250.4389-0.13880.2375118.65287.073739.3511
12-0.8034-1.4472-2.6718-0.7523-0.42711.02420.0681-0.7210.6298-0.0107-0.00670.2179-0.09530.4419-0.0628-0.0498-0.1044-0.02550.5949-0.22970.5479123.430356.881632.9131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1-123) or (chain L and resid 1-112)H1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1-123) or (chain L and resid 1-112)L1 - 112
3X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 124-225) or (chain L and resid 113-219)H124 - 225
4X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 124-225) or (chain L and resid 113-219)L113 - 219
5X-RAY DIFFRACTION3chain P and resid 1-7P1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 1-123) or (chain B and resid 1-112)A1 - 123
7X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 1-123) or (chain B and resid 1-112)B1 - 112
8X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 124-225) or (chain B and resid 113-219)A124 - 225
9X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 124-225) or (chain B and resid 113-219)B113 - 219
10X-RAY DIFFRACTION6chain Q and resid 1-7Q1 - 7
11X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1-123) or (chain D and resid 1-112)C1 - 123
12X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1-123) or (chain D and resid 1-112)D1 - 112
13X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 124-225) or (chain D and resid 113-219)C124 - 225
14X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 124-225) or (chain D and resid 113-219)D113 - 219
15X-RAY DIFFRACTION9chain R and resid 1-7R1 - 7
16X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 1-123) or (chain F and resid 1-112)E1 - 123
17X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 1-123) or (chain F and resid 1-112)F1 - 112
18X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 124-225) or (chain F and resid 113-219)E124 - 225
19X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 124-225) or (chain F and resid 113-219)F113 - 219
20X-RAY DIFFRACTION12chain S and resid 1-7S1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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