[日本語] English
万見
- PDB-3bkm: Structure of anti-amyloid-beta Fab WO2 (Form A, P212121) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkm
タイトルStructure of anti-amyloid-beta Fab WO2 (Form A, P212121)
要素
  • WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain
  • WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa
キーワードIMMUNE SYSTEM / Abeta / amyloid beta peptide / Fab / WO2 / alzheimer's disease / immunotherapies / APP
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig heavy chain Mem5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M. / Galatis, D. / Bageley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. ...Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M. / Galatis, D. / Bageley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. / Barnham, K.J. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Amyloid-beta-anti-amyloid-beta complex structure reveals an extended conformation in the immunodominant B-cell epitope.
著者: Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M.T. / Galatis, D. / Bagley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. / Barnham, K.J. / Parker, M.W.
履歴
登録2007年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa
H: WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3625
ポリマ－52,2512
非ポリマー1113
水8,683482
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-64.7 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.447, 90.496, 123.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa


分子量: 27817.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: balb/c / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain


分子量: 24433.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: balb/c / 参照: UniProt: P84751*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100mM MES, 10mM ZnSO4, 20% (v/v)PEG 550 monoethylether, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月6日
詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating); bent cylindrical Ge(111) monochromator
放射モノクロメーター: bent cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.94 Å / Num. all: 76778 / Num. obs: 76623 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 16.6 / Num. unique all: 5010 / % possible all: 88.08

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1PLG

1plg


解像度: 1.6→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 7623 9.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.22 69155 --
obs0.205 68579 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.181 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 3 482 3900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9524771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8863.0035743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5055440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13623.478138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18415567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1141519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.22495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21927
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0710.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3590.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5050.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined1.6070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8111.52202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2071.5888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57223587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45331359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7014.51184
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 513 -
Rwork0.281 4497 -
all-5010 -
obs-5010 88.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る