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- PDB-3ie5: Crystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ie5
タイトルCrystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St John's wort) involved in hypericin biosynthesis
要素Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
キーワードPlant Protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN / hypericin / St John's wort / depression / allergy / PR-10 protein / cytokinin / plant hormones / polyethylene glycol / PEG / Pathogenesis-related protein / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phenolic oxidative coupling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.688 Å
データ登録者Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Hyp-1, a St. John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin
著者: Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of Hyp-1, a St John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin
著者: Fernandes, H. / Konieczna, M. / Kolodziejczyk, R. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#7: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
B: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,10013
ポリマ－36,9902
非ポリマー2,11011
水4,648258
1
A: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6347
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4666
ポリマ－18,4951
非ポリマー9715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.538, 76.713, 119.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1


分子量: 18495.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
遺伝子: hyp-1 / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H1L1

-
非ポリマー , 7種, 269分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIALLY. RESIDUE NUMBER ZERO IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING, ...THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIALLY. RESIDUE NUMBER ZERO IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING, TO SEPARATE THE HIS-TAG SEQUENCE FROM THE GENUINE PROTEIN SEQUENCE. THE AMINO ACID SEQUENCE OF THE PRESENT PROTEIN DIFFERS FROM THE DEPOSITED SEQUENCE Q8H1L1 POSSIBLY BECAUSE OF GENETIC VARIABILITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4M NaCl, 0.1M Tris/HCl, 30% (w/v) PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.688→30 Å / Num. all: 39813 / Num. obs: 39813 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.688→1.75 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3912 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1XDF+2QIM+2FLH+1TW0+2BK0

1xdf