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- PDB-3ie5: Crystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ie5
タイトルCrystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St John's wort) involved in hypericin biosynthesis
要素Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
キーワードPlant Protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN / hypericin / St John's wort / depression / allergy / PR-10 protein / cytokinin / plant hormones / polyethylene glycol / PEG / Pathogenesis-related protein / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phenolic oxidative coupling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.688 Å
データ登録者Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Hyp-1, a St. John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin
著者: Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of Hyp-1, a St John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin
著者: Fernandes, H. / Konieczna, M. / Kolodziejczyk, R. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#7: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
B: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,10013
ポリマ－36,9902
非ポリマー2,11011
水4,648258
1
A: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6347
ポリマ－18,4951
非ポリマー1,1396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4666
ポリマ－18,4951
非ポリマー9715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.538, 76.713, 119.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1


分子量: 18495.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypericum perforatum (セイヨウオトギリ)
遺伝子: hyp-1 / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H1L1

-
非ポリマー , 7種, 269分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIALLY. RESIDUE NUMBER ZERO IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING, ...THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIALLY. RESIDUE NUMBER ZERO IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING, TO SEPARATE THE HIS-TAG SEQUENCE FROM THE GENUINE PROTEIN SEQUENCE. THE AMINO ACID SEQUENCE OF THE PRESENT PROTEIN DIFFERS FROM THE DEPOSITED SEQUENCE Q8H1L1 POSSIBLY BECAUSE OF GENETIC VARIABILITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4M NaCl, 0.1M Tris/HCl, 30% (w/v) PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.688→30 Å / Num. all: 39813 / Num. obs: 39813 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.688→1.75 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3912 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1XDF+2QIM+2FLH+1TW0+2BK0

1xdf

2qim

2flh

1tw0

2bk0


解像度: 1.688→27.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.42 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1590 4 %random
Rwork0.17 38152 --
all0.172 39742 --
obs0.172 39742 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.754 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.59 Å2 / Biso mean: 27.532 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8754 Å20 Å20 Å2
2--4.6346 Å20 Å2
3----9.51 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.688→27.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 0 140 258 3135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5253966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8461159
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6883-1.74860.25161580.22723715404999
1.7486-1.81860.21611650.20137713867100
1.8186-1.90140.20271390.173337643849100
1.9014-2.00160.19831700.162137533815100
2.0016-2.1270.20591400.15437943775100
2.127-2.29110.21881780.150137753794100
2.2911-2.52160.20821600.154938153753100
2.5216-2.88610.18811540.167338493764100
2.8861-3.63490.21071480.16838673771100
3.6349-27.66640.19241780.167640493715100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61310.49790.21311.00061.55172.23680.21290.0564-0.19210.5288-0.1032-0.66070.5951-0.1796-0.16410.183-0.01420.00030.05390.01140.2728-1.8774-6.2398.2202
20.8137-0.0327-0.41670.4426-0.4131.2131-0.12720.12930.14010.06140.04030.1774-0.1646-0.0660.09350.0249-0.02730.01110.0762-0.01860.2041-1.675813.15498.7553
30.80860.8143-0.31540.9875-0.36990.0557-0.08180.1088-0.0503-0.06960.16090.01550.08680.0143-0.04670.067-0.00540.02730.2006-0.06150.21699.078311.63593.239
40.82060.6319-0.05290.62980.21141.1404-0.01550.1276-0.01750.04060.0201-0.11070.0158-0.025-0.00580.00330.0140.00130.02540.0070.19343.09342.1975-1.8765
5-0.071-1.0278-0.01173.77121.42181.196-0.04670.0336-0.045-0.03150.3383-0.08790.05240.3429-0.26170.05680.010.00050.1211-0.040.26757.38763.849210.218
60.57440.09770.0771-1.0020.2483.1623-0.25290.09320.0571-0.0107-0.12250.1708-0.089-0.38210.28930.27660.0073-0.05450.10370.00930.2656-4.1822-4.768616.4997
71.31580.77240.9980.64720.03121.3395-0.18990.08050.0922-0.03190.1403-0.1147-0.14690.11010.08040.0556-0.0035-0.01920.0387-0.00490.22874.3662-5.78336.8853
81.2340.3751-0.38850.8917-0.42390.5407-0.09130.003-0.0914-0.11590.118-0.0620.0531-0.0253-0.01670.10140.002-0.00670.12960.02450.2634-5.015-14.849536.86
90.6572-0.30820.20070.42770.14091.6178-0.1455-0.026-0.0648-0.23010.0819-0.10070.0329-0.05370.04360.0759-0.00120.00650.03080.01150.2029-0.9334-16.257825.991
101.1781-0.31681.10070.6751-0.1561.4880.0526-0.1776-0.0803-0.1013-0.01750.12720.0253-0.302-0.04310.06040.0187-0.04730.04130.00620.1815-7.3384-5.582531.5234
116.0777-2.14812.09674.29313.0755.0151-0.1010.8733-0.08013.79141.02170.9914-3.0574-0.719-0.99060.8733-0.3214-0.0840.60590.00280.62021.6944-1.112.1332
123.18082.81376.94142.7542.03373.35140.5205-0.6189-1.25720.32120.02653.61170.1123-0.2836-0.50310.3374-0.23790.24410.3766-0.04470.92728.5848-1.00522.2495
134.77055.91080.389225.55710.2018-0.38-0.1704-0.05120.0684-0.1535-0.11240.0487-0.17540.45450.58390.0681-0.02670.41810.0110.3231-2.1781-6.190328.3178
143.2606-0.534-4.52547.9993-2.6175.1729-0.3359-0.3075-0.15690.0528-0.08520.4580.12010.67650.37640.3808-0.0071-0.00550.42120.41370.9736-10.7087-14.931724.8922
158.2988-2.5733.67745.42987.85865.8069-0.5452-1.0641-1.2665-0.4322-0.1169-0.33340.19150.42410.63921.1551-0.3152-0.27660.35320.23690.4673-9.5849-12.012629.6493
168.4589-2.13093.58964.93770.94892.3907-0.1650.5337-1.0407-0.0439-0.49140.08360.4701-0.16340.52550.4228-0.04470.07110.3943-0.14290.6291-2.7911-11.621342.4693
17-0.75460.4944-0.2974-0.101-0.5925-0.16060.18520.01240.114-0.11280.1731-0.0465-0.02550.0776-0.31150.5271-0.098-0.01010.636-0.08820.834211.460720.04553.7307
186.6445-2.5852-1.44023.8004-4.21373.88990.11840.154-0.04680.0137-0.0471-0.12020.03350.0974-0.02420.52660.1721-0.08420.4733-0.14920.4853-1.26483.796-13.7189
195.78544.04972.0012.0099-0.94521.9911-0.11910.00480.0313-0.84950.130.01921.0888-0.1455-0.01710.85560.0980.31940.6323-0.11141.55482.6034-20.479414.5714
201.88550.0511-0.05260.42080.43121.0541-0.1011-0.00230.1974-0.0358-0.18470.32640.0282-0.26580.24560.5487-0.31510.00131.2418-0.22780.722-4.2664-6.4365-9.1377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi -1:13A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 14:24A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 25:37A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resi 38:127A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resi 128:159A0
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7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resi 14:24B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resi 25:37B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resi 38:127B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resi 128:159B0
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12X-RAY DIFFRACTION12chain A and resi 502A - E0
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and resi 503B - F0
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and resi 504B - G0
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and resi 505B - H0
16X-RAY DIFFRACTION16chain B and resi 506B - I0
17X-RAY DIFFRACTION17chain A and resi 507A - J0
18X-RAY DIFFRACTION18chain A and resi 508A - K0
19X-RAY DIFFRACTION19chain A and resi 509B - L0
20X-RAY DIFFRACTION20chain B and resi 510A - M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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