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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i6m | |||||||||
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タイトル | 3D Structure of Torpedo californica acetylcholinesterase complexed with N-piperidinopropyl-galanthamine | |||||||||
![]() | Acetylcholinesterase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Serine hydrolase / Cholinesterase / Neurotransmitter degradation / Alzheimer's disease / Bis-functional galanthamine derivative / Alternative splicing / Cell junction / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Serine esterase / Synapse | |||||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lamba, D. / Bartolucci, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing Torpedo californica acetylcholinesterase catalytic gorge with two novel bis-functional galanthamine derivatives. 著者: Bartolucci, C. / Haller, L.A. / Jordis, U. / Fels, G. / Lamba, D. #1: ![]() タイトル: The complex of a bivalent derivative of galanthamine with Torpedo acetylcholinesterase displays drastic deformation of the active-site gorge: implications for structure-based drug design 著者: Greenblatt, H.M. / Guillou, C. / Guenard, D. / Argaman, A. / Botti, S. / Badet, B. / Thal, C. / Silman, I. / Sussman, J.L. #2: ![]() タイトル: Structure of acetylcholinesterase complexed with (-)-galanthamine at 2.3A resolution 著者: Greenblatt, H.M. / Kryger, G. / Lewis, T. / Silman, I. / Sussman, J.L. #3: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of a complex of galanthamine (Nivalin) with acetylcholinesterase from Torpedo californica: implications for the design of new anti-Alzheimer drugs 著者: Bartolucci, C. / Perola, E. / Pilger, C. / Fels, G. / Lamba, D. #4: ジャーナル: J.MOL.GRAPH.MODEL. / 年: 2001 タイトル: Accurate prediction of the bound conformation of galanthamine in the active site of Torpedo californica acetylcholinesterase using molecular docking 著者: Pilger, C. / Bartolucci, C. / Lamba, D. / Tropsha, A. / Fels, G. #5: ジャーナル: J.Mol.Model. / 年: 2002 タイトル: Galanthamine as bis-functional ligand for the acetylcholinesterase. 著者: Luttmann, E. / Linnemann, E. / Fels, G. #6: ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2006 タイトル: A QXP-based multistep docking procedure for accurate prediction of protein-ligand complexes 著者: Alisaraie, L. / Fels, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60447.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-556 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 化合物 | ChemComp-G3X / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 42% PEG200, 100mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月1日 / 詳細: Three-segment Pt-coated toroidal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→19.82 Å / Num. all: 47210 / Num. obs: 46878 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.28 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 957 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EA5 解像度: 2.26→19.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1997132.14 / Isotropic thermal model: Restrained individual isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.8 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→19.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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