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- PDB-3i32: Dimeric structure of a Hera helicase fragment including the C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i32
タイトルDimeric structure of a Hera helicase fragment including the C-terminal RecA domain, the dimerization domain, and the RNA binding domain
要素Heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hydrolase / RNA helicase / ATPase / Dimer / RNA recognition motif / ATP-binding / Helicase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: The Thermus thermophilus DEAD box helicase Hera contains a modified RNA recognition motif domain loosely connected to the helicase core.
著者: Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5823
ポリマ－33,4221
非ポリマー1602
水00
1
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子

A: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1646
ポリマ－66,8452
非ポリマー3204
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.960, 64.960, 153.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Heat resistant RNA dependent ATPase


分子量: 33422.383 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 218-517 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_C1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72GF3
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.5, 15-18% ethylene glycol, 0.3-0.5 M NaCl, 3-6% PEG 20 000, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.42 Å / Num. obs: 12078 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 50 % / Biso Wilson estimate: 100 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 51.6 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 679 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Hera RBD and 2eaq

2eaq


解像度: 2.8→39.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.83 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2925 732 4.83 %random
Rwork0.2533 ---
obs0.2553 12022 98.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.992 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 211.75 Å2 / Biso mean: 118.83 Å2 / Biso min: 50.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.252 Å2-0 Å20 Å2
2---16.252 Å20 Å2
3---15.365 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 2 0 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1552977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.369840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.01630.35861260.32792766X-RAY DIFFRACTION94
3.0163-3.31970.37711520.30142875X-RAY DIFFRACTION98
3.3197-3.79970.37061500.29592923X-RAY DIFFRACTION100
3.7997-4.78590.31451320.23982962X-RAY DIFFRACTION100
4.7859-39.42230.23391720.22592910X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76250.70362.12283.09190.48784.1976-0.0979-1.29680.1136-0.0056-0.18180.2432-0.2836-1.39350.32960.5880.0703-0.03741.0363-0.22660.5508-19.6212-28.8579-16.0788
20.68050.570.46612.06791.44372.58210.07680.101-0.1361-0.23660.1515-0.1547-0.1604-0.0203-0.22920.60030.02330.00390.675-0.22180.802-8.4478-20.4417-13.4835
31.4461-1.01520.26262.74010.34882.22650.03640.08931.8468-0.6554-0.7972-1.8408-0.17130.55640.76260.85010.08490.38110.7923-0.04531.310913.3789-38.7199-10.6465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 211:318)A211 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 319:424)A319 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 425:491)A425 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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