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- PDB-3i0n: Structure of the S. pombe Nbs1 FHA/BRCT-repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i0n
タイトルStructure of the S. pombe Nbs1 FHA/BRCT-repeat domain
要素DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
キーワードCELL CYCLE / Nbs1 / FHA / BRCT-repeat / DNA-damage / Chromosomal protein / DNA damage / DNA repair / Nucleus / Phosphoprotein / Telomere / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / DNA double-strand break processing ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / phosphorylation-dependent protein binding / chromatin-protein adaptor activity / DNA double-strand break processing / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA duplex unwinding / protein localization to chromosome, telomeric region / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / DNA repair / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11080 / Nibrin-related / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily ...Rossmann fold - #11080 / Nibrin-related / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / BRCT domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain superfamily / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Clapperton, J.A. / Lloyd, J. / Chapman, J.R. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: A supramodular FHA/BRCT-repeat architecture mediates Nbs1 adaptor function in response to DNA damage
著者: Lloyd, J. / Chapman, J.R. / Clapperton, J.A. / Haire, L.F. / Hartsuiker, E. / Li, J. / Carr, A.M. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2009年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
B: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5844
ポリマ－74,3992
非ポリマー1842
水3,765209
1
A: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2922
ポリマ－37,2001
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2922
ポリマ－37,2001
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.189, 64.898, 106.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSER2AA1 - 2301 - 230
21METMETSERSER2BB1 - 2301 - 230
12CYSCYSALAALA5AA231 - 320231 - 320
22CYSCYSTYRTYR5BB231 - 319231 - 319

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 DNA repair and telomere maintenance protein nbs1 / Nbs1


分子量: 37199.727 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal FHA/BRCT-repeat domain, UNP residues 1-324
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: nbs1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43070
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3000, 0.1M sodium citrate, Protein reductively methylated/carboxypeptidase-treated, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9757 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月1日
放射モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 32600 / Num. obs: 30800 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.404

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I0M

3i0m


解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 16.891 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 1550 5.1 %RANDOM
Rwork0.21495 ---
obs0.21731 29067 94.64 %-
all-0 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.01 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5163 0 12 209 5384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1282.0237117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.745637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06725.221226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35715766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9791520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3981.53177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77525161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14732088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9184.51956
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A920tight positional0.010.05
11B926medium positional0.010.5
22A356medium positional0.250.5
22B376loose positional0.555
11A920tight thermal0.030.5
11B926medium thermal0.042
22A356medium thermal0.152
22B376loose thermal0.1610
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 82 -
Rwork0.24 1409 -
obs--64.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7030.1458-0.97832.12010.74567.85650.0339-0.5245-0.17060.3174-0.07930.04870.2223-0.12940.04550.0506-0.0198-0.00280.11610.03920.07629.903-15.16771.357
22.20970.01830.76981.33581.38386.3007-0.02080.21260.2443-0.177-0.0027-0.0503-0.43790.00540.02360.03940.0033-0.00810.0220.01690.099512.969-9.45343.837
34.6464-0.6174-0.92476.77322.09967.391-0.17040.9116-0.1511-0.65170.0524-0.44970.32750.14970.11790.2109-0.09050.05280.3746-0.0170.14188.136-20.42717.521
42.6386-0.13960.89822.30411.08478.07810.02230.51210.2466-0.3653-0.07320.0992-0.2-0.17790.0510.05820.0128-0.01270.11540.04780.083437.308-14.20831.162
51.9206-0.1725-0.87461.83781.74466.3162-0.0322-0.1656-0.17220.15370.0085-0.02570.4459-0.05810.02370.0339-0.00720.00840.01860.00860.092840.194-19.99358.6
64.7097-0.28741.07687.01922.14148.2675-0.1994-0.94930.21470.74470.0739-0.5296-0.32860.15770.12550.21450.0835-0.06570.3631-0.02120.121335.677-8.97885.244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 319
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5B115 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6B217 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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