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- PDB-3hi6: Crystal structure of intermediate affinity I domain of integrin L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hi6
タイトルCrystal structure of intermediate affinity I domain of integrin LFA-1 with the Fab fragment of its antibody AL-57
要素
  • Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
  • Integrin alpha-L
  • light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
キーワードcell adhesion/immune system / integrin / I domain / Fab / ligand mimetic antibody / cell adhesion / Alternative splicing / Calcium / Disulfide bond / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Polymorphism / Receptor / Transmembrane / cell adhesion-immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / phagocytosis / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. ...Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, H. / Wang, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis of activation-dependent binding of ligand-mimetic antibody AL-57 to integrin LFA-1.
著者: Zhang, H. / Liu, J.H. / Yang, W. / Springer, T. / Shimaoka, M. / Wang, J.H.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
B: Integrin alpha-L
H: Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
L: light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
X: Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
Y: light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,35914
ポリマ－134,6736
非ポリマー6868
水12,611700
1
B: Integrin alpha-L
X: Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
Y: light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6807
ポリマ－67,3363
非ポリマー3434
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26760 Å2
手法PISA
2
A: Integrin alpha-L
H: Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
L: light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6807
ポリマ－67,3363
非ポリマー3434
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12580 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area51720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.780, 133.780, 161.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain / CD11 antigen-like family member A


分子量: 20554.525 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 153-332 / 変異: L186C, F324C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD11A, ITGAL, LFA-1 / プラスミド: PET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20701

-
抗体 , 2種, 4分子 HXLY

#2: 抗体 Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain


分子量: 23765.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain


分子量: 23016.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 708分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M NaAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793688 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 70437 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.354.90.47437861.03178.8
2.35-2.415.30.4842471.03289.6
2.41-2.486.10.45347181.03198.4
2.48-2.557.30.43247891.03399.9
2.55-2.637.80.36447831.047100
2.63-2.7380.29948101.082100
2.73-2.8480.23447891.092100
2.84-2.9780.16448011.096100
2.97-3.1280.12347951.107100
3.12-3.3280.08948031.171100
3.32-3.577.90.07247801.301100
3.57-3.937.90.07448241.37100
3.93-4.57.70.06147921.362100
4.5-5.677.60.04748341.238100
5.67-507.80.03448861.11899.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.537 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3449 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.173 67977 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9365 0 32 700 10097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.95313048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8073.00315697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46351203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83424.529393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.058151600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0291532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.10836014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.20832445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8459723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29233598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.94853324
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 103 -
Rwork0.215 1716 -
all-1819 -
obs--34.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.15841.11143.55192.36982.36975.3379-0.165-0.35250.20090.0650.05530.0679-0.3449-0.32190.10960.09750.07260.0070.12240.00640.045449.741-32.16114.407
23.64592.45784.14233.95692.48496.5147-0.1329-0.30770.14330.1672-0.0391-0.1716-0.1720.21480.17210.08290.0596-0.05180.1877-0.0080.108257.787-35.62115.356
36.9078-1.7292.43634.78260.66811.2424-0.1953-0.27790.52820.09780.1819-0.1383-0.41170.1890.01350.0902-0.0128-0.03560.1194-0.03240.13961.581-27.90112.983
42.4444-0.53410.57782.01750.17414.0659-0.2264-0.1979-0.18410.13940.1336-0.13860.30210.27430.09290.13420.1080.02160.15330.03390.141754.811-43.8714.812
54.2204-2.11-0.91163.98651.0915.1362-0.1357-0.2963-0.2136-0.04140.13810.0243-0.0385-0.5471-0.00250.16560.10440.05660.22490.08160.087941.914-42.84620.641
69.986-7.71811.109763.9642-5.93812.78820.0358-1.1744-0.17210.0052-0.3265-0.6867-0.13910.91070.29080.31230.2950.04950.41750.05870.10652.429-39.24731.289
74.241.0786-2.2122.2716-1.48713.43220.2745-0.1850.07080.2001-0.14280.26530.0197-0.0668-0.13160.1392-0.0657-0.02290.1012-0.02540.13328.916-83.54215.616
810.16586.7046-7.972413.7777-7.570212.97350.07660.00290.05180.0130.20590.6750.9843-0.2827-0.28260.1682-0.0357-0.06310.1206-0.02190.27294.451-91.36311.937
93.29690.3853-1.10714.25210.19023.50830.3108-0.16280.380.2977-0.25130.5362-0.3063-0.0328-0.05950.1336-0.06230.06960.0568-0.05090.218210.542-72.77414.838
109.0211.8764-6.99681.8784.445528.83090.4147-0.98640.46430.01670.5292-0.554-1.05812.1401-0.94390.3363-0.16460.09790.2451-0.09040.382121.387-66.39218.523
115.3879-4.01692.620410.1601-5.45892.98920.1688-0.25960.22821.0636-0.1093-0.6112-0.20680.5709-0.05950.2612-0.15780.03410.2332-0.04660.188320.379-77.13825.348
124.6707-5.4527-2.557726.13383.12781.4016-0.1635-0.37370.06580.75270.2151-0.39940.2695-0.2339-0.05160.2571-0.0184-0.09290.4378-0.06550.082912.772-79.7731.426
134.2311-0.75183.58792.4803-1.42386.61840.39580.0414-0.9622-0.2813-0.03230.18210.6092-0.4443-0.36360.1352-0.13420.03370.28-0.09130.18722.613-51.423-12.187
145.2925-0.2540.45683.06550.10323.7998-0.1267-0.0289-0.03830.199-0.06450.10650.051-0.430.19130.093-0.06390.07040.2354-0.08740.116326.659-44.684-3.778
155.07740.96872.5530.25460.71563.2225-0.16550.26350.1010.0475-0.01290.0819-0.0764-0.4740.17850.0848-0.0230.06180.2977-0.06890.133525.24-42.706-10.194
160.4530.35470.75780.99930.23031.45040.0509-0.03070.0231-0.0447-0.0320.04940.2645-0.1809-0.0190.0928-0.01960.05920.3941-0.06210.217524.327-46.565-25.322
171.7652-0.3009-0.18861.91610.83764.44710.0982-0.30670.1729-0.16070.0128-0.1517-0.15450.2688-0.1110.0593-0.0789-0.00820.1909-0.03350.163223.66-49.748-42.162
186.14470.0637-8.51213.1004-0.761517.3881-0.14320.0427-0.4028-0.2482-0.08430.21520.6368-0.74260.22740.1487-0.0619-0.05870.2153-0.00350.228918.72-57.144-41.834
193.6264-1.8545-5.18652.49375.08313.37040.13840.38590.3147-0.17190.0699-0.0131-0.9035-0.1925-0.20830.169-0.0223-0.03380.13390.07580.131943.513-28.89-19.591
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2311.8631.42632.44290.85610.45210.8318-0.16-0.71531.3524-0.1214-0.13350.2166-0.215-0.02680.29350.1621-0.0641-0.00850.1698-0.09260.249125.117-32.227-45.827
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293.7278-2.23322.48642.798-2.59995.19210.0614-0.2106-0.03270.1328-0.0725-0.4492-0.33020.41150.011-0.06520.02810.04260.26520.0060.057841.946-71.257-38.449
307.25370.97264.936812.2488-3.449818.4834-0.66430.27241.0251.0179-0.5244-1.3657-2.64641.25821.1888-0.0421-0.04460.02210.23890.05570.191848.485-64.975-36.751
313.0079-1.74563.69833.2887-4.824412.64540.26270.2771-0.3117-0.2329-0.0527-0.08391.03830.0755-0.21010.15950.0366-0.01440.1663-0.07570.18421.112-91.492-19.061
323.4241-0.66552.12120.6513-0.4026.00810.0310.3513-0.12-0.08620.0519-0.00330.034-0.0315-0.0830.0503-0.0164-0.00290.12450.02250.096119.577-83.408-12.639
332.9660.36732.25061.7642-1.920514.4013-0.08390.5548-0.0412-0.04060.0034-0.14690.43030.76590.08040.02660.03140.0190.1948-0.01120.141126.576-85.804-14.4
345.46390.7706-2.10923.08420.13184.1080.21640.3724-0.1112-0.2122-0.0695-0.5640.03790.4073-0.14690.06260.10150.0270.42090.05620.093538.864-80.394-45.276
3516.953.5067-3.27413.0237-2.03361.4328-0.50290.0328-1.7476-0.31180.0189-0.7910.8280.49920.48410.22720.19870.13360.506-0.05870.476442.316-91.596-46.302
3626.8122-2.7937-7.98812.05840.94668.53580.08890.0775-0.6799-0.221-0.0594-0.49720.22760.3132-0.02960.14610.12230.02010.4110.00910.213840.8-82.541-41.787
3712.94964.58920.08794.0599-0.97553.5803-0.51090.5908-0.6853-0.84580.4014-0.6720.94061.15470.10960.54230.22750.21570.7761-0.14210.353739.387-87.546-53.488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A128 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2A161 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4A201 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5A264 - 297
6X-RAY DIFFRACTION6A298 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7B128 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8B189 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9B201 - 267
10X-RAY DIFFRACTION10B268 - 281
11X-RAY DIFFRACTION11B282 - 292
12X-RAY DIFFRACTION12B293 - 307
13X-RAY DIFFRACTION13H1 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14H25 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15H83 - 102
16X-RAY DIFFRACTION16H103 - 143
17X-RAY DIFFRACTION17H144 - 200
18X-RAY DIFFRACTION18H201 - 220
19X-RAY DIFFRACTION19L2 - 29
20X-RAY DIFFRACTION20L30 - 78
21X-RAY DIFFRACTION21L79 - 104
22X-RAY DIFFRACTION22L105 - 129
23X-RAY DIFFRACTION23L130 - 160
24X-RAY DIFFRACTION24L161 - 211
25X-RAY DIFFRACTION25X1 - 23
26X-RAY DIFFRACTION26X24 - 94
27X-RAY DIFFRACTION27X95 - 125
28X-RAY DIFFRACTION28X126 - 143
29X-RAY DIFFRACTION29X144 - 206
30X-RAY DIFFRACTION30X207 - 220
31X-RAY DIFFRACTION31Y2 - 24
32X-RAY DIFFRACTION32Y25 - 80
33X-RAY DIFFRACTION33Y81 - 104
34X-RAY DIFFRACTION34Y105 - 139
35X-RAY DIFFRACTION35Y140 - 159
36X-RAY DIFFRACTION36Y160 - 187
37X-RAY DIFFRACTION37Y188 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る