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- PDB-3hfo: Crystal Structure of an Hfq protein from Synechocystis sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfo
タイトルCrystal Structure of an Hfq protein from Synechocystis sp.
要素Ssr3341 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HFQ / SM / RNA-BINDING PROTEIN / SRNA / TRANSLATIONAL REGULATION
機能・相同性: / Hfq related / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / Ssr3341 protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Boggild, A. / Overgaard, M. / Valentin-Hansen, P. / Brodersen, D.E.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cyanobacteria contain a structural homologue of the Hfq protein with altered RNA-binding properties.
著者: Boggild, A. / Overgaard, M. / Valentin-Hansen, P. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2009年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ssr3341 protein
B: Ssr3341 protein
C: Ssr3341 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5203
ポリマ－23,5203
非ポリマー00
水4,900272
1
A: Ssr3341 protein
B: Ssr3341 protein
C: Ssr3341 protein

A: Ssr3341 protein
B: Ssr3341 protein
C: Ssr3341 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0406
ポリマ－47,0406
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.470, 86.160, 103.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-89-

HOH

21B-95-

HOH

31B-252-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ssr3341 protein


分子量: 7839.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codons optimised for E. coli expression
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC6803 / 遺伝子: ssr3341 / プラスミド: pTYP11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P74112
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月19日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→26.2 Å / Num. obs: 52709 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 16.864 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.21-1.250.9021.411448318079.2
1.25-1.280.8011.916912375696.5
1.28-1.320.6642.518324371197.2
1.32-1.360.5812.817555355897.4
1.36-1.40.4353.617421351697.8
1.4-1.450.3444.716745338097.8
1.45-1.510.2496.416350329898.3
1.51-1.570.1977.915711317598.3
1.57-1.640.15310.115132304298.5
1.64-1.720.11213.314405290798.7
1.72-1.810.07918.313893279398.8
1.81-1.920.05326.513171265099
1.92-2.050.0434.312350250199.4
2.05-2.220.0345.111436230898.9
2.22-2.430.02651.710516212898.7
2.43-2.720.02554.49649196098.7
2.72-3.140.0265.78368169497.8
3.14-3.840.01677.77109143797.2
3.84-5.430.01481.65477112595.9
5.430.01577.2273359087.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.73
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.2 Å
Translation2.5 Å26.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.3位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HK9

1hk9


解像度: 1.3→26.199 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.891 / SU ML: 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1652 3.78 %
Rwork0.152 --
obs0.154 43747 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.911 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.74 Å2 / Biso mean: 17.734 Å2 / Biso min: 5.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.009 Å20 Å2-0 Å2
2--1.237 Å2-0 Å2
3----1.229 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 0 272 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7982294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.115663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.3380.2531290.1893480360997
1.338-1.3810.2351320.1713441357398
1.381-1.4310.2291510.1593461361298
1.431-1.4880.2251310.1423491362298
1.488-1.5560.2231370.1323473361098
1.556-1.6380.1911460.1223508365499
1.638-1.740.1691370.1193498363599
1.74-1.8750.1791380.1153547368599
1.875-2.0630.1811430.1263518366199
2.063-2.3620.1551330.1273570370399
2.362-2.9750.2051370.1543563370099
2.975-26.2040.21380.1713545368395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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