PDB-3hc0: BHA10 IgG1 wild-type Fab - antibody directed at human LTBR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hc0

タイトル

BHA10 IgG1 wild-type Fab - antibody directed at human LTBR

要素

IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN
IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IGG1 FAB / BHA10

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Arndt, J.W. / Jordan, J.L. / Lugovskoy, A. / Wang, D.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Structural understanding of stabilization patterns in engineered bispecific Ig-like antibody molecules
著者: Jordan, J.L. / Arndt, J.W. / Hanf, K. / Li, G. / Hall, J. / Demarest, S. / Huang, F. / Wu, X. / Miller, B. / Glaser, S. / Fernandez, E.J. / Wang, D. / Lugovskoy, A.

履歴

登録	2009年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hc0.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hc0.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hc0_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hc0_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	3hc0_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	3hc0_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/3hc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hc3C 3hc4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hfw-2 3dro-d 5i8e-2 1rzi-3 4hij-2 5gis-d 6oed-2 1a6t-1 6wla-3 6wos-d 1uyw-1 4j8r-2 6bi0-2 1mim-d 6ug9-2 5nbw-1 2adi-d 6bpb-d 6dwi-6 7lk9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN

L: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN

A: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN

B: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

93.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN

L: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN

B: IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.157, 46.193, 150.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, LIGHT CHAIN 分子量: 23356.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: CHINESE HAMSTER OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	IMMUNOGLOBULIN IGG1 FAB, HEAVY CHAIN 分子量: 23262.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: CHINESE HAMSTER OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 22% PEG 4000, 100 mM calcium acetate and 100 mM Tris at pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 76203 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.064
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.373 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.552 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	3683	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	69586	96.2 %	-
all	-	76203	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6474	0	8	408	6890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.946	9125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3.002	10901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.971	5	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.062	24.487	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.861	15	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.874	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.307	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.401	1.5	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.182	1.5	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.404	2	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.386	3	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.335	4.5	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	238	-
R_work	0.21	4730	-
obs	-	-	88.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4974	0.4377	0.8864	0.9071	0.6683	1.4733	-0.0795	-0.0385	0.0594	-0.0099	0.0037	0.0637	-0.0585	-0.0777	0.0758	-0.0281	0.0006	-0.0249	-0.0159	-0.0023	-0.0366	-62.384	10.369	54.674
2	1.2086	-0.5225	-0.4798	2.4864	0.7663	1.667	-0.0308	-0.0508	0.0171	-0.0973	0.0776	-0.2163	-0.0075	0.1319	-0.0468	-0.063	-0.0288	-0.0068	-0.0246	0.005	-0.0117	-27.775	4.8	53.18
3	1.5754	-0.2251	0.956	0.7873	-0.309	3.0691	-0.0121	0.2681	-0.0599	-0.0835	-0.0049	-0.0898	0.0121	0.1713	0.0171	-0.063	0.0045	-0.0029	0.0806	-0.0394	-0.0935	-5.636	-24.81	16.652
4	3.2606	-0.9628	-1.9847	2.1179	1.0354	4.5126	0.2657	0.1345	0.4134	-0.0307	-0.0729	0.031	-0.5259	0.1458	-0.1928	0.0257	-0.0416	0.0205	-0.0796	0.0409	-0.0437	-31.308	-1.945	13.348
5	1.1047	-0.5127	-0.2707	0.8589	0.1733	0.4498	0.0291	-0.0075	-0.0543	0.0494	-0.027	0.0219	0.0461	-0.0158	-0.0021	-0.0257	-0.0099	-0.0148	-0.01	0.0046	-0.0285	-60.992	-10.954	49.221
6	0.9084	0.2275	0.7726	0.8435	0.4058	1.6502	-0.0107	-0.042	-0.0095	0.0356	0.0001	-0.0678	0.0085	0.0592	0.0107	-0.0376	0.0043	-0.0182	-0.0047	0.0116	-0.0336	-27.936	-7.885	63.053
7	2.2106	-0.7095	-0.1798	1.0093	0.355	1.0527	0.0757	0.0339	-0.1282	0.0029	-0.0293	0.0029	0.0384	-0.079	-0.0464	-0.0588	-0.0344	-0.0161	-0.0071	-0.0101	-0.0392	-18.56	-28.444	34.355
8	1.7118	-0.4754	0.9752	0.2025	-0.7767	4.1874	0.1006	0.1229	0.009	-0.0297	0.0083	0.0011	0.1408	-0.1573	-0.109	0.025	-0.0129	-0.0318	0.0206	0.0171	-0.1034	-44.78	-11.989	15.91

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	117 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	109 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	109 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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