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- PDB-3gx6: Crystal structure of the T. tengcongensis SAM-I riboswitch varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gx6
タイトルCrystal structure of the T. tengcongensis SAM-I riboswitch variant U34C/A94G bound with SAM in manganese chloride
要素RNA (94-MER)
キーワードRNA / kink-turn / four-way junction / pseudoknot / riboswitch
機能・相同性: / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Montange, R.K. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Discrimination between Closely Related Cellular Metabolites by the SAM-I Riboswitch.
著者: Montange, R.K. / Mondragon, E. / van Tyne, D. / Garst, A.D. / Ceres, P. / Batey, R.T.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (94-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2417
ポリマ－30,5681
非ポリマー6736
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.390, 62.390, 157.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (94-MER)


分子量: 30568.338 Da / 分子数: 1 / 変異: U34C, A94G / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from a naturally occurring sequence found in T. tengcongensis
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mM manganese chloride, 80 mM potassium chloride, 12 mM spermine-HCl, 40 mM cacodylate, 10% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1manganese chloride11
2potassium chloride11
3spermine-HCl11
4cacodylate11
5MPD11
6manganese chloride12
7potassium chloride12
8spermine-HCl12
9cacodylate12
10MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月13日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 7215 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GIS

2gis


解像度: 2.8→18.473 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3272 707 10.05 %random
Rwork0.2595 ---
obs0.2664 7036 85.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1.83 Å2 / ksol: 0.212 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2030 32 0 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.01540.43091450.41861297X-RAY DIFFRACTION91
3.0154-3.31730.3281450.29781301X-RAY DIFFRACTION90
3.3173-3.79370.43741310.29591169X-RAY DIFFRACTION81
3.7937-4.7660.29971430.22891279X-RAY DIFFRACTION86
4.766-18.47380.26721430.20351283X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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