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- PDB-3gt4: Structure of proteinase K with the magic triangle I3C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gt4
タイトルStructure of proteinase K with the magic triangle I3C
要素proteinase K
キーワードHYDROLASE / PHASING TOOL / 5-AMINO-2 / 4 / 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID / I3C / MAGIC TRIANGLE / 6-TRIBROMOISOPHTHALIC ACID / B3C / MAD TRIANGLE / Disulfide bond / Metal-binding / Protease / Serine protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Engyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Beck, T. / Gruene, T. / Sheldrick, G.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: The magic triangle goes MAD: experimental phasing with a bromine derivative
著者: Beck, T. / Gruene, T. / Sheldrick, G.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: A magic triangle for experimental phasing of macromolecules
著者: Beck, T. / Krasauskas, A. / Gruene, T. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7315
ポリマ－28,9591
非ポリマー1,7734
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.784, 67.784, 101.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-615-

HOH

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要素

#1: タンパク質 proteinase K / Tritirachium alkaline proteinase / Endopeptidase K


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE REFERENCE OF I3C IS ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION E(2008) E64, O1286 TITLE: 5-AMINO-2,4,6- ...THE REFERENCE OF I3C IS ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION E(2008) E64, O1286 TITLE: 5-AMINO-2,4,6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID MONOHYDRATE AUTHOR: T. BECK AND G.M. SHELDRICK

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M TRIS, 1.28M ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 106 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日 / 詳細: double crystal Si(111) fixed-exit monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) fixed-exit monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→47.9 Å / Num. all: 22828 / Num. obs: 22828 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.14 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 1.73 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 1.76→47.9 Å / Num. parameters: 9560 / Num. restraintsaints: 8581 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1137 -RANDOM
Rwork0.14 ---
all0.141 22770 --
obs0.14 22770 93.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 61.97 Å2 / Biso mean: 10.204 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1987 0 53 343 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.463
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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