PDB-3gsg: AmpC beta-lactamase in complex with Fragment-based Inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gsg

タイトル

AmpC beta-lactamase in complex with Fragment-based Inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Antibiotic resistance / Periplasm / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Teotico, D.T. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Docking for fragment inhibitors of AmpC beta-lactamase
著者: Teotico, D.G. / Babaoglu, K. / Rocklin, G.J. / Ferreira, R.S. / Giannetti, A.M. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gsg.cif.gz	172 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gsg.ent.gz	135.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gsg_validation.pdf.gz	483 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gsg_full_validation.pdf.gz	503.7 KB	表示
XML形式データ	3gsg_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	3gsg_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gqzC 3gr2C 3grjC 3gtcC 3gv9C 3gvbC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1iem-1 3gr2-1 4e3m-2 4kzb-2 1my8-2 1zc2-1 3nfw-2 4kg5-4 1fco-2 6lc9-1 3grj-2 3nfw-1 6yeo-2 1i5q-2 4kg6-4 2ffy-1 2pu2-2 2zj9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.594, 75.930, 97.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.370, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GF1 / (2S)-2-[(3aR,4R,7S,7aS)-1,3-dioxooctahydro-2H-4,7-methanoisoindol-2-yl]propanoic acid 分子量: 237.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8.7 詳細: 1.7M potassium phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.3 Å / Num. obs: 52364 / % possible obs: 99.7 %
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.26 Å
Translation	2.5 Å	45.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KE4

1ke4

解像度: 2.1→45.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.515 / SU ML: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	2263	5 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.194	45418	99.9 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5792	0	104	652	6548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.96	8240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.262	5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.954	24.778	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.538	15	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.715	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.291	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.333	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.606	1.5	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.794	2	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.187	3	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.644	4.5	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	156	-
R_work	0.23	3173	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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