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万見
- PDB-3grw: FGFR3 in complex with a Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3grw
タイトルFGFR3 in complex with a Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / FGFR3 / Fab / protein-protein complex / receptor tyrosine kinase / ATP-binding / Immunoglobulin domain / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Receptor / Transferase / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fibroblast growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2009
タイトル: Antibody-based targeting of FGFR3 in bladder carcinoma and t(4;14)-positive multiple myeloma in mice.
著者: Qing, J. / Du, X. / Chen, Y. / Chan, P. / Li, H. / Wu, P. / Marsters, S. / Stawicki, S. / Tien, J. / Totpal, K. / Ross, S. / Stinson, S. / Dornan, D. / French, D. / Wang, Q.R. / Stephan, J.P. ...著者: Qing, J. / Du, X. / Chen, Y. / Chan, P. / Li, H. / Wu, P. / Marsters, S. / Stawicki, S. / Tien, J. / Totpal, K. / Ross, S. / Stinson, S. / Dornan, D. / French, D. / Wang, Q.R. / Stephan, J.P. / Wu, Y. / Wiesmann, C. / Ashkenazi, A.
履歴
登録2009年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4365
ポリマ－75,1193
非ポリマー3172
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.049, 99.329, 143.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23287.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Protein selected by phage display / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24992.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Protein selected by phage display / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 3


分子量: 26838.121 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 2 and 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NI16
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 275分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月21日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 49851 / Num. obs: 49786 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.29 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22846 2499 5.1 %RANDOM
Rwork0.18933 ---
obs0.19134 46714 99.94 %-
all-46744 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4981 0 19 274 5274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9566986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9213.0038383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7955647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08523.768207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76615811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6321528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.23250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22829
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3062.54141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6332.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.75255244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1062.52251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.37851742
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.143 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 132 -
Rwork0.243 2715 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.8768 Å / Origin y: 2.9451 Å / Origin z: -26.265 Å
111213212223313233
T-0.0303 Å20.0189 Å20.0329 Å2--0.0295 Å20.0075 Å2---0.0179 Å2
L0.51 °20.2441 °2-0.0799 °2-0.2455 °20.0152 °2--0.0789 °2
S0.0267 Å °-0.0301 Å °-0.0226 Å °0.0277 Å °-0.0064 Å °-0.0028 Å °0.0126 Å °0.0148 Å °-0.0203 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L215 - 311
2X-RAY DIFFRACTION1H223 - 339
3X-RAY DIFFRACTION1A2 - 410
4X-RAY DIFFRACTION1H222
5X-RAY DIFFRACTION1A1
6X-RAY DIFFRACTION1L1 - 214
7X-RAY DIFFRACTION1H1 - 216
8X-RAY DIFFRACTION1A150 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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