PDB-3ggh: Donor strand complemented FaeG of F4ad fimbriae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ggh

タイトル

Donor strand complemented FaeG of F4ad fimbriae

要素

K88 fimbrial protein AD

キーワード

CELL ADHESION / immunoglobulin like fold / Fimbrium

機能・相同性

pilus / K88 fimbrial protein AD

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.639 Å

データ登録者

Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of pre- and postpolymerization states in the F4 fimbrial subunit FaeG
著者: Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / De Kerpel, M. / Wyns, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H.

履歴

登録	2009年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ggh.cif.gz	217.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ggh.ent.gz	174.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ggh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ggh_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ggh_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	3ggh_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	3ggh_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/3ggh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3geaSC 3gewC 3gfuC 3hlrC 2j6g 2j6r 3f65 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uav-d 3aot-d 6oml-d 6amk-d 4ldf-3 6lm3-d 2yn7-1 1ox9-2 5xe7-1 3m7h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: K88 fimbrial protein AD

B: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: K88 fimbrial protein AD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.029, 125.029, 96.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	K88 fimbrial protein AD / K88 pilin / K88 antigen 分子量: 28928.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 2 to 21 have been replaced by a 6xHis-tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: C1360-79 / 遺伝子: faeG / プラスミド: pEXP167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P14191
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP ...THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP RESIDUE 59) IS CONFLICT OF FAEG3_ECOLX.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9834 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9834 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.639→44.1081 Å / Num. all: 106726 / Num. obs: 106726 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17 % / B_iso Wilson estimate: 19.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.865 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique all: 15433 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GEA

3gea

解像度: 1.639→44.103 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.841 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	5040	5.01 %	random
R_work	0.196	-	-	-
all	0.2	106726	-	-
obs	0.197	100656	94.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.684 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.82 Å² / B_iso mean: 31.825 Å² / B_iso min: 8.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.559 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.639→44.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3869	0	35	498	4402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.517	5420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.826	1328

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.639-1.658	0.424	87	0.377	1386	1473	41
1.658-1.677	0.4	112	0.382	1799	1911	54
1.677-1.698	0.411	111	0.365	2325	2436	69
1.698-1.719	0.364	140	0.356	2751	2891	82
1.719-1.742	0.336	158	0.332	3058	3216	92
1.742-1.766	0.351	158	0.324	3222	3380	96
1.766-1.791	0.319	153	0.314	3295	3448	97
1.791-1.817	0.32	177	0.317	3301	3478	99
1.817-1.846	0.341	182	0.302	3305	3487	99
1.846-1.876	0.303	173	0.288	3341	3514	99
1.876-1.908	0.294	172	0.276	3355	3527	100
1.908-1.943	0.279	203	0.255	3330	3533	100
1.943-1.981	0.281	180	0.228	3362	3542	100
1.981-2.021	0.252	174	0.211	3358	3532	100
2.021-2.065	0.233	179	0.206	3359	3538	100
2.065-2.113	0.255	182	0.195	3372	3554	100
2.113-2.166	0.198	150	0.184	3414	3564	100
2.166-2.224	0.207	190	0.177	3342	3532	100
2.224-2.29	0.192	172	0.18	3374	3546	100
2.29-2.364	0.197	202	0.175	3353	3555	100
2.364-2.448	0.22	185	0.174	3374	3559	100
2.448-2.546	0.199	196	0.172	3381	3577	100
2.546-2.662	0.221	180	0.176	3354	3534	100
2.662-2.803	0.227	155	0.18	3404	3559	100
2.803-2.978	0.24	175	0.178	3418	3593	100
2.978-3.208	0.197	184	0.173	3397	3581	100
3.208-3.531	0.189	163	0.154	3426	3589	100
3.531-4.041	0.168	176	0.139	3449	3625	100
4.041-5.09	0.139	187	0.129	3447	3634	100
5.09-44.119	0.199	184	0.19	3564	3748	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5067	0.1485	0.2538	0.5167	0.2055	1.0882	0.0443	-0.0368	-0.0012	-0.0164	-0.0386	-0.0023	0.0493	0.0056	-0.0044	0.07	-0.0164	0.0083	0.1016	-0.0163	0.0675	9.1883	-62.0671	-14.9709
2	3.8982	-0.6772	0.0445	0.7605	-0.0275	0.9456	0.1461	0.2426	1.0077	-0.0435	-0.171	-0.1734	-0.1204	-0.0344	0.0094	0.09	0.0029	0.0434	0.1316	0.0611	0.3874	35.7796	-34.5038	-10.6219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	0 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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