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万見
- PDB-1ox9: Crystal structure of SspB-ssrA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ox9
タイトルCrystal structure of SspB-ssrA complex
要素
  • Stringent starvation protein B
  • ssrA
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / SspB-ssrA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / HslUV protease complex / positive regulation of ATP-dependent activity / positive regulation of protein catabolic process / ATPase binding / molecular adaptor activity / ribosome / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
SspB-like / Stringent starvation protein B / SspB-like superfamily / Stringent starvation protein B / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stringent starvation protein B / Stringent starvation protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song, H.K. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
著者: Song, H.K. / Eck, M.J.
履歴
登録2003年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stringent starvation protein B
I: ssrA
B: Stringent starvation protein B
J: ssrA
C: Stringent starvation protein B
K: ssrA
D: Stringent starvation protein B
L: ssrA
E: Stringent starvation protein B
M: ssrA
F: Stringent starvation protein B
N: ssrA
G: Stringent starvation protein B
O: ssrA
H: Stringent starvation protein B
P: ssrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,08416
ポリマ－103,08416
非ポリマー00
水00
1
A: Stringent starvation protein B
I: ssrA
B: Stringent starvation protein B
J: ssrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7714
ポリマ－25,7714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
2
C: Stringent starvation protein B
K: ssrA
D: Stringent starvation protein B
L: ssrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7714
ポリマ－25,7714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
3
E: Stringent starvation protein B
M: ssrA
F: Stringent starvation protein B
N: ssrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7714
ポリマ－25,7714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
4
G: Stringent starvation protein B
O: ssrA
H: Stringent starvation protein B
P: ssrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7714
ポリマ－25,7714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.513, 81.524, 131.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Stringent starvation protein B


分子量: 12018.668 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 4-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: SSPB OR B3228 OR Z4586 OR ECS4101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25663, UniProt: P0AFZ3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
ssrA


分子量: 866.830 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
詳細: This ssrA peptide is synthesized and occurs naturally in E. coli.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.7
3250 mM1dropNaCl
42 mMEDTA1drop
52 mMbeta-mercaptoethanol1drop
6100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
7200 mMmagnesium acetate1reservoir
815-18 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 34398 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / % possible all: 89.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 86232 / Rmerge(I) obs: 0.124
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.9 % / Rmerge(I) obs: 0.236

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.297 3411 RANDOM
Rwork0.243 --
obs0.245 30859 -
all-34270 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7280 0 0 0 7280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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