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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3gea | ||||||
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Title | Donor strand complemented FaeG monomer of F4 variant ad | ||||||
![]() | K88 fimbrial protein AD | ||||||
![]() | CELL ADHESION / immunoglobulin like fold / Fimbrium | ||||||
Function / homology | pilus / K88 fimbrial protein AD![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and thermodynamic characterization of pre- and postpolymerization states in the F4 fimbrial subunit FaeG Authors: Van Molle, I. / Moonens, K. / Garcia-Pino, A. / Buts, L. / De Kerpel, M. / Wyns, L. / Bouckaert, J. / De Greve, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 480.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gewC ![]() 3gfuC ![]() 3gghC ![]() 3hlrC ![]() 2j6gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28796.998 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP ...THE CONFLICT BASED ON REFERENCE 2 OF DATABASE FAEG3_ECOLX (UNIPROTKB/SWISS-PROT P14191). N27S (UNP RESIDUE 59) IS CONFLICT OF FAEG3_ECOLX. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 9, 2008 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.699→28.677 Å / Num. all: 93586 / Num. obs: 93586 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 14.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.699→1.79 Å / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.698 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2J6G Resolution: 1.699→28.677 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.41 / Phase error: 15.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.919 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.097 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.699→28.677 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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