PDB-3g7x: Female-specific histamine-binding protein 2, D24R mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g7x

タイトル

Female-specific histamine-binding protein 2, D24R mutant

要素

Female-specific histamine-binding protein 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / lipocalin / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

amine binding / symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Dennis, C.A. / Homans, S.W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Entropic contributions to binding in a 'Hydrophilic' Ligand-Protein Interaction
著者: Syme, N.R. / Dennis, C.A. / Bronowska, A. / Paesen, G. / Homans, S.W.

履歴

登録	2009年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g7x.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g7x.ent.gz	131.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g7x_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g7x_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	3g7x_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	3g7x_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gaqC 1qftS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yxh-1 1qfv-2 4n7c-d 1cm0-1 6x4m-d 1q21-d 1dy1-d 2ks4-d 3sea-2 1lhw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Female-specific histamine-binding protein 2

B: Female-specific histamine-binding protein 2

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Female-specific histamine-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Female-specific histamine-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.225, 78.728, 77.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Female-specific histamine-binding protein 2 / FS-HBP2 分子量: 19526.152 Da / 分子数: 2 / 変異: D24R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ) プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O77421
#2: 化合物	ChemComp-HSM / HISTAMINE / ヒスタミン分子量: 111.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉N₃ / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: protein at 10 mg/ml containing 2 mM Histamine, Reservoir contained 2.6 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bicine, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日
放射	モノクロメーター: Si111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→55.3 Å / Num. all: 65264 / Num. obs: 65264 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / B_iso Wilson estimate: 21.068 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 9456 / R_sym value: 0.544 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0035	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1QFT

1qft

解像度: 1.55→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.905 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2143	3003	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17946	-	-	-
all	0.2	65231	-	-
obs	0.18123	55092	86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2811	0	34	437	3282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.922	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.855	3.004	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.907	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.538	25.882	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.696	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.889	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.032	1.5	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.427	1.5	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.64	2	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.214	3	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.779	4.5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.487	3	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.072	3	449
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.66	3	4714

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	249	-
R_work	0.268	4174	-
obs	-	9456	89.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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