PDB-3g5z: Antibodies Specifically Targeting a Locally Misfolded Region of T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g5z

タイトル

Antibodies Specifically Targeting a Locally Misfolded Region of Tumor Associated EGFR

要素

175 heavy chain
175 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Garrett, T.P.J. / Burgess, A.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Antibodies specifically targeting a locally misfolded region of tumor associated EGFR
著者: Garrett, T.P.J. / Burgess, A.W. / Gan, H.K. / Luwor, R.B. / Cartwright, G. / Walker, F. / Orchard, S.G. / Clayton, A.H.A. / Nice, E.C. / Rothacker, J. / Catimel, B. / Cavenee, W.K. / Old, L.J. ...

履歴

登録	2009年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年10月12日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g5z.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g5z.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g5vC 3g5xC 3g5yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wuv-d 7jwp-4 4odw-2 5opy-d 7jwq-1 6azx-2 4o51-1 2v7h-1 5ds8-1 6x1v-d 6dwi-5 5fgb-2 5d1z-3 1ejo-d 6dwi-4 3qnz-d 3qeh-3 1mfd-d 5eoq-d 6o26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 175 light chain

B: 175 heavy chain

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.370, 94.800, 108.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	175 light chain 分子量: 23229.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	175 heavy chain 分子量: 23347.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9 詳細: 0.2M NH4 acetate, 24% PEG6K, 0.1M Bis-tris propane, pH9.0, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9171 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.14
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / R_merge(I) obs: 0.332 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→35.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.825 / SU B: 32.739 / SU ML: 0.332 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30121	534	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2179	9171	92.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3276	0	0	39	3315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.945	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.586	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.564	24.47	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.104	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.689	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.095	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.427	3	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.597	5	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.677	7	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.306	10	1109

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	24	-
R_work	0.318	486	-
obs	-	-	59.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2638	-0.2911	-0.0936	0.422	0.3558	0.8805	-0.0189	0.0248	0.0127	0.0429	0.037	-0.0152	-0.0627	-0.0028	-0.0182	0.0258	-0.0204	-0.0046	0.0035	-0.0063	0.0293	40.3916	73.8519	40.6357
2	0.1755	-0.0394	0.0227	1.3545	0.4925	0.4665	-0.0142	-0.0119	-0.0615	0.0925	0.0444	-0.0621	-0.0067	-0.0225	-0.0303	0.0253	0.0053	0.0197	0.0214	0.0115	0.0042	25.8806	40.6417	53.3726
3	0.0596	0.193	-0.1026	0.6642	-0.5135	1.0161	-0.0052	-0.0011	0.0096	-0.0297	-0.0212	-0.0048	0.0704	-0.0296	0.0263	0.0196	0.0094	0.001	0.0077	0.0105	0.0398	35.9318	65.1641	21.4559
4	1.3736	0.1857	-1.1263	1.7023	0.1863	0.9919	-0.0118	0.0628	0.1206	-0.0456	0.047	0.1834	0.0025	-0.0207	-0.0351	-0.0054	0.0168	-0.0144	-0.0117	0.026	0.0508	16.784	47.388	42.1465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	120 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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