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万見
- PDB-3fym: The 1A structure of YmfM, a putative DNA-binding membrane protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fym
タイトルThe 1A structure of YmfM, a putative DNA-binding membrane protein from Staphylococcus aureus
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HTH DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / DNA binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH cro/C1-type domain-containing protein / HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Xu, L. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1A structure of YmfM, a putative DNA-binding membrane protein from Staphylococcus aureus
著者: Xu, L. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1962
ポリマ－15,1311
非ポリマー651
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.456, 45.456, 72.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3041-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / hypothetical protein YmfM


分子量: 15130.502 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal soluble domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pETBLUE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99UJ0, UniProt: A0A0H3JZ73*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH6.5, 0.01M Zinc Sulphate, 25% PEG 550MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 2.07 Å
検出器日付: 2006年2月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→20 Å / Num. all: 38933 / Num. obs: 38933 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1→20 Å / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
SHELXL精密化
精密化解像度: 1→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14 14 5 %RANDOM
Rwork0.11 ---
obs0.11 38933 --
all-38933 --
原子変位パラメータBiso max: 55.31 Å2 / Biso mean: 16.077 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数700 0 1 145 846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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