PDB-3fs7: Crystal structure of Gallus gallus beta-parvalbumin (avian thymic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fs7

タイトル

Crystal structure of Gallus gallus beta-parvalbumin (avian thymic hormone)

要素

Parvalbumin, thymic

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN / EF-HAND / parvalbumin / Acetylation / Calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9539 Å

データ登録者

Schuermann, J.P. / Tanner, J.J. / Henzl, M.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of avian thymic hormone, a high-affinity avian beta-parvalbumin, in the Ca2+-free and Ca2+-bound states.
著者: Schuermann, J.P. / Tan, A. / Tanner, J.J. / Henzl, M.T.

履歴

登録	2009年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fs7.cif.gz	339.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fs7.ent.gz	275.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fs7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fs7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kqyC 1rwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d6i-1 1b8l-d 3m9j-1 2hxk-2 1b9a-d 6q6u-2 2h70-1 6i19-1 1xw9-1 2vlt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Parvalbumin, thymic

B: Parvalbumin, thymic

C: Parvalbumin, thymic

D: Parvalbumin, thymic

E: Parvalbumin, thymic

F: Parvalbumin, thymic

G: Parvalbumin, thymic

H: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

95.2 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

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11.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Parvalbumin, thymic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.644, 51.560, 67.633
Angle α, β, γ (deg.)	87.42, 85.42, 87.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Parvalbumin, thymic / Avian thymic hormone / ATH / Thymus-specific antigen T1 分子量: 11737.092 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19753
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: The reservoir contained 70% saturated ammonium sulfate, 100 micromolar calcium ion, 10 millimolar MES buffer. The volume of the hanging drop was 80 microliters. , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: The reservoir contained 70% saturated ammonium sulfate, 100 micromolar calcium ion, 10 millimolar MES buffer. The volume of the hanging drop was 80 microliters. , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.13 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: The reservoir contained 70% saturated ammonium sulfate, 100 micromolar calcium ion, 10 millimolar MES buffer. The volume of the hanging drop was 80 microliters. , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: MD2 micro-diffractometer with 20 micron aperature
放射	モノクロメーター: single crystal side-bounce 220 silicon monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 45451 / Num. obs: 45451 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4474 / R_sym value: 0.42 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RWY

1rwy

解像度: 1.9539→35.632 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS performed using each chain as a separate TLS group

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2206	2288	5.04 %	Random
R_work	0.1635	-	-	-
obs	0.1663	45426	97.87 %	-
all	-	45451	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.674 Å² / k_sol: 0.401 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.47 Å² / B_iso mean: 21.218 Å² / B_iso min: 4.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.534 Å²	0.82 Å²	4.831 Å²
2-	-	-2.294 Å²	3.079 Å²
3-	-	-	-0.241 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9539→35.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6480	0	54	449	6983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	0.715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9539-1.9964	0.2831	137	0.2058	2654	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9964-2.0428	0.2203	144	0.1853	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0428-2.0939	0.2562	139	0.1732	2683	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0939-2.1505	0.2599	144	0.1712	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1505-2.2138	0.2497	136	0.1688	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2138-2.2852	0.2288	147	0.1631	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2852-2.3669	0.2531	144	0.156	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3669-2.4616	0.2459	146	0.1706	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4616-2.5736	0.2174	128	0.173	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5736-2.7093	0.2614	151	0.1693	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7093-2.879	0.2396	139	0.1755	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.879-3.1011	0.2476	161	0.1686	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1011-3.413	0.1885	134	0.1603	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.413-3.9063	0.1724	140	0.1407	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9063-4.9195	0.1718	156	0.1316	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9195-35.6376	0.2081	142	0.1712	2742	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4889	-0.1536	0.2956	0.0525	0.1252	0.3097	0.0157	-0.0756	-0.0576	-0.005	0.0192	0.0064	-0.0148	-0.0542	-0.0158	0.0571	0.0026	0.0106	0.0878	0.0192	0.0698	6.4196	1.8562	65.6915
2	0.6348	0.4531	-0.2392	0.0915	0.2119	0.8223	0.1718	-0.0423	-0.0331	0.0374	-0.024	-0.0622	-0.0989	-0.0974	-0.0715	0.0903	0.0019	0.0063	0.0666	0.0092	0.0792	18.7508	31.1284	61.4432
3	0.5661	0.0179	0.1016	0.7457	0.1652	0.2699	0.0161	-0.0104	-0.0074	-0.0573	-0.0012	0.0092	-0.022	0.0249	-0.002	0.0578	-0.0081	0.0184	0.0458	-0.0132	0.0553	30.4008	12.8436	53.4697
4	0.4524	0.0701	0.3486	0.6092	0.2694	0.2703	-0.0265	0.0201	0.0033	-0.0231	0.0089	-0.0915	-0.0282	0.0109	0.0132	0.0521	-0.0014	0.0049	0.0286	0.0008	0.0623	37.8895	42.5635	43.1775
5	0.4423	-0.2263	-0.0717	0.303	0.1863	0.7505	0.0437	-0.0125	-0.0069	-0.0415	-0.0116	0.0223	-0.1093	0.0674	-0.0125	0.0843	-0.0163	-0.0204	0.0699	-0.0099	0.0582	25.6283	3.0101	17.0598
6	0.4538	-0.2629	-0.0128	0.1263	0.7955	0.6386	0.0249	0.0208	0.0155	0.0324	-0.0805	-0.0092	0.039	-0.0703	0.0181	0.0459	0.0092	0.0032	0.0461	-0.0006	0.0365	6.6562	16.222	34.8764
7	0.6828	-0.5673	0.4749	0.4004	-0.4931	0.6386	0.0255	0.126	0.1283	-0.0059	-0.121	-0.0432	0.0926	0.1391	0.0519	0.0698	0.0016	-0.0055	0.0942	0.0082	0.0721	37.239	24.902	13.036
8	0.4185	-0.2525	0.0082	0.346	-0.0184	0.5975	0.0012	-0.0817	-0.1063	0.0217	0.1727	0.1853	-0.012	-0.1494	-0.0912	0.0487	0.0045	-0.0019	0.0876	0.0632	0.11	14.9179	37.5206	26.0354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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