[日本語] English
万見
- PDB-1rwy: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT ALPHA-PARVALBUMIN AT 1.05 RESOLUTION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rwy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT ALPHA-PARVALBUMIN AT 1.05 RESOLUTION
要素PARVALBUMIN ALPHA
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / EF-HAND / CALCIUM-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibitory chemical synaptic transmission / cuticular plate / excitatory chemical synaptic transmission / stereocilium / cochlea development / terminal bouton / gene expression / axon / neuronal cell body / calcium ion binding ...inhibitory chemical synaptic transmission / cuticular plate / excitatory chemical synaptic transmission / stereocilium / cochlea development / terminal bouton / gene expression / axon / neuronal cell body / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / AMMONIUM ION / Parvalbumin alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Bottoms, C.A. / Schuermann, J.P. / Agah, S. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Rat Alpha-Parvalbumin at 1.05 Resolution
著者: Bottoms, C.A. / Schuermann, J.P. / Agah, S. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.
履歴
登録2003年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PARVALBUMIN ALPHA
B: PARVALBUMIN ALPHA
C: PARVALBUMIN ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33716
ポリマ－35,4403
非ポリマー89713
水6,720373
1
A: PARVALBUMIN ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0505
ポリマ－11,8131
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PARVALBUMIN ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1826
ポリマ－11,8131
非ポリマー3685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PARVALBUMIN ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1065
ポリマ－11,8131
非ポリマー2924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.838, 54.708, 153.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PARVALBUMIN ALPHA


分子量: 11813.341 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: FAST-TWITCH MUSCLE / 遺伝子: PVALB, PVA / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P02625

-
非ポリマー , 6種, 386分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.1 %
解説: CNS WAS USED TO REFINE THE STARTING MODEL WITH A 1.55 DATA. SET WAS COLLECTED AT HOME. SHELX WAS USED TO REFINE THE RESULTING MODEL WITH THE 1.05 A DATASET COLLECTED AT APS-ID.
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: PEG, ammonium sulfate, sodium acetate, temperature 298K, pH 4.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.94644
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月17日 / 詳細: APS 19-ID
放射モノクロメーター: APS 19-ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94644 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→25.1 Å / Num. obs: 132869 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SHELXモデル構築
HKL-2000データ収集
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
CNS位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTP

1rtp


解像度: 1.05→25.1 Å / Num. parameters: 26422 / Num. restraintsaints: 31383 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.024
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 6703 5.3 %RANDOM
all0.133 125945 --
obs0.133 125945 94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SWAT (BABINET'S PRINCIPLE) (MOEWS & KRETSINGER).
Refine analyzeNum. disordered residues: 11 / Occupancy sum hydrogen: 2371 / Occupancy sum non hydrogen: 2867.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→25.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 40 377 2932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.064

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る