PDB-3fn0: Crystal structure of HIV-1 neutralizing human Fab Z13e1 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fn0

タイトル

Crystal structure of HIV-1 neutralizing human Fab Z13e1 in complex with a 12-residue peptide containing the Z13e1 epitope on gp41

要素

(Fab Z13e1) x 2
Envelope polyprotein gp160

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Z13e1 / Z13 / HIV / ENV / GP41

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pejchal, R. / Wilson, I.A. / Zwick, M.B.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: A conformational switch in human immunodeficiency virus gp41 revealed by the structures of overlapping epitopes recognized by neutralizing antibodies.
著者: Pejchal, R. / Gach, J.S. / Brunel, F.M. / Cardoso, R.M. / Stanfield, R.L. / Dawson, P.E. / Burton, D.R. / Zwick, M.B. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fn0.cif.gz	185.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fn0.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nxyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2a6d-1 2aj3-1 3nab-d 3ifo-1 4onf-d 5ywf-1 6btj-2 2a6k-3 4hh9-1 6d0x-d 4wht-7 2iqa-1 4h20-d 6mee-1 4xxd-2 4kmt-d 4kka-2 1ad9-2 2y6s-2 6vor-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab Z13e1

H: Fab Z13e1

P: Envelope polyprotein gp160

49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.940, 106.940, 88.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-340- HOH

#1: 抗体	Fab Z13e1 分子量: 23096.691 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab Z13e1 分子量: 24753.883 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	Envelope polyprotein gp160 分子量: 1224.343 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane glycoprotein / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 21% PEG 3350, 0.2M potassium fluoride, 0.1M sodium chloride, 10mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.99996 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月17日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.7 Å / Num. all: 48242 / Num. obs: 48156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 33.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 3528 / R_sym value: 0.481 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
EPMR		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NXY

2nxy

解像度: 1.8→29.66 Å / SU ML: 0.04 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2523	2408	5 %	RANDOM
R_work	0.2098	-	-	-
obs	0.212	48152	99.85 %	-
all	-	48242	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.447 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8897 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8897 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.7795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	0	230	3523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8368	0.3371	139	0.2878	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8368-1.8767	0.2924	140	0.2696	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8767-1.9203	0.3396	139	0.2607	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9203-1.9684	0.2985	140	0.2704	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9684-2.0216	0.3289	140	0.2583	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0216-2.081	0.2868	140	0.2441	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.081-2.1482	0.2882	139	0.2455	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1482-2.2249	0.2902	142	0.2268	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2249-2.314	0.23	140	0.2174	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.314-2.4193	0.2436	140	0.2097	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4193-2.5467	0.274	143	0.209	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5467-2.7062	0.2704	140	0.2177	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7062-2.915	0.263	143	0.2213	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.915-3.208	0.2612	142	0.2184	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.208-3.6715	0.2569	144	0.202	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6715-4.6229	0.1994	146	0.1596	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6229-29.6638	0.1924	151	0.1558	2854	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4326	0.7271	-2.3821	1.0042	0.7204	2.2195	-0.5735	0.2662	-0.7883	0.1032	0.3154	-0.2935	0.5064	-0.0524	0.2454	0.2697	-0.0685	0.0776	0.1609	-0.084	0.3194	40.0542	22.8262	49.178
2	1.0395	0.647	-1.0763	0.582	0.5106	2.4421	-0.0346	0.2022	0.3534	-0.0008	0.1776	0.2657	-0.0793	-0.2448	-0.1719	0.1955	-0.0001	-0.021	0.1528	0.0675	0.2865	18.6521	43.934	68.0509
3	4.4839	0.5298	-3.4803	0.6386	0.1154	3.286	0.0257	-0.9255	-0.0397	0.0227	0.1251	-0.2254	0.0344	0.9064	-0.1502	0.083	-0.0049	-0.0272	0.432	-0.1411	0.258	56.0783	37.6225	53.1092
4	2.5201	-0.4511	-0.8487	3.0973	1.5636	3.1516	-0.1598	-0.6784	0.2682	0.2566	0.5536	-0.1277	0.2241	0.4809	-0.2888	0.1822	0.0687	-0.0337	0.3135	-0.082	0.156	31.0646	42.1125	78.411
5	-4.8409	1.844	-6.1033	0.6211	1.3777	7.852	-0.2637	-0.4132	-0.3872	-0.4439	0.2483	-0.1403	0.1839	0.7583	-0.1378	0.1656	0.0456	0.0133	0.4014	-0.1501	0.4174	65.0371	31.2751	39.9106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 3:108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 109:211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resid 1:113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resid 114:227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain P and resid 670:678

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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