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万見
- PDB-3flt: Crystal structure of PE-bound octameric SAP-like pentraxin from L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3flt
タイトルCrystal structure of PE-bound octameric SAP-like pentraxin from Limulus polyphemus
要素SAP-like pentraxin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PENTRAXIN FOLD / PHYSIOLOGICAL DOUBLY-STACKED OCTAMER / CYCLIC OCTAMER / INVERTEBRATE LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / Pentraxin family member
類似検索 - 構成要素
生物種Limulus polyphemus (カブトガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Armstrong, P.B.
引用
ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of Limulus SAP-like pentraxin reveal two molecular aggregations.
著者: Annette K Shrive / Ian Burns / Hui-Ting Chou / Henning Stahlberg / Peter B Armstrong / Trevor J Greenhough /
要旨: The serum-amyloid-P-component-like pentraxin from Limulus polyphemus, a recently discovered pentraxin species and important effector protein of the hemolymph immune system, displays two distinct ...The serum-amyloid-P-component-like pentraxin from Limulus polyphemus, a recently discovered pentraxin species and important effector protein of the hemolymph immune system, displays two distinct doubly stacked cyclic molecular aggregations, heptameric and octameric. The refined three-dimensional structures determined by X-ray crystallography, both based on the same cDNA sequence, show that each aggregate is constructed from a similar dimer of protomers, which is repeated to make up the ring structure. The native octameric form has been refined at a resolution of 3 A, the native heptameric form at 2.3 A, and the phosphoethanolamine (PE)-bound octameric form at 2.7 A. The existence of the hitherto undescribed heptameric form was confirmed by single-particle analysis using cryo-electron microscopy. In the native structures, the calcium-binding site is similar to that in human pentraxins, with two calcium ions bound in each subunit. Upon binding PE, however, each subunit binds a third calcium ion, with all three calcium ions contributing to the binding and orientation of the bound phosphate group within the ligand-binding pocket. While the phosphate is well-defined in the electron density, the ethanolamine group is poorly defined, suggesting structural and binding variabilities of this group. Although sequence homology with human serum amyloid P component is relatively low, structural homology is high, with very similar overall folds and a common affinity for PE. This is due, in part, to a "topological" equivalence of side-chain position. Identical side chains that are important in both function and fold, from different regions of the sequence in human and Limulus structures, occupy similar space within the overall subunit fold. Sequence and structure alignment, based on the refined three-dimensional structures presented here and the known horseshoe crab pentraxin sequences, suggest that adaptation and refinement of C-reactive-protein-mediated immune responses in these ancient creatures lacking antibody-based immunity are based on adaptation by gene duplication.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: C-reactive protein and SAP-like pentraxin are both present in Limulus polyphemus haemolymph: Crystal structure of Limulus SAP
著者: Shrive, A.K. / Metcalfe, A.M. / Cartwright, J.R. / Greenhough, T.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Complete cDNA sequence of SAP-like pentraxin from Limulus polyphemus: Implications for pentraxin evolution
著者: Tharia, H.A. / Shrive, A.K. / Mills, J.D. / Arme, C. / Williams, G.T. / Greenhough, T.J.
履歴
登録2008年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAP-like pentraxin
B: SAP-like pentraxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,14010
ポリマ－47,6182
非ポリマー5238
水00
1
A: SAP-like pentraxin
B: SAP-like pentraxin
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,12180
ポリマ－380,94016
非ポリマー4,18164
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area46850 Å2
ΔGint-677 kcal/mol
Surface area106050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.390, 172.390, 98.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細The biological assembly is a doubly-stacked octamer generated from the dimer in the asymmetric unit (Chains A and B)

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要素

#1: タンパク質 SAP-like pentraxin


分子量: 23808.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Haemolymph / 由来: (天然) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 参照: UniProt: Q8WQK3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン


分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H8NO4P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6000, CaCl2, MES, PE, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60.681 Å / Num. all: 20530 / Num. obs: 20530 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 4.975
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 11379 / Num. unique all: 2928 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.4データスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化開始モデル: Crystals were isomorphous to octameric native. Native structure, pdb code 3FLR, was used in rigid body refinement.

3flr


解像度: 2.7→60.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1040 5 %Random
Rwork0.21 ---
all0.243 20529 --
obs0.243 20529 99.4 %-
溶媒の処理Bsol: 20.309 Å2
原子変位パラメータBiso max: 59.73 Å2 / Biso mean: 28.337 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.271 Å20 Å20 Å2
2--1.271 Å20 Å2
3----2.542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→60.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 22 0 3358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.348 97
Rwork0.3045 -
obs-2012
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3poe_par.txt
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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