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- PDB-1qtj: CRYSTAL STRUCTURE OF LIMULUS POLYPHEMUS SAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qtj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LIMULUS POLYPHEMUS SAP
要素PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PENTRAXIN FOLD / PHYSIOLOGICAL DOUBLY-STACKED OCTAMER / CYCLIC OCTAMER / INVERTEBRATE LECTIN
生物種Limulus polyphemus (カブトガニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shrive, A.K. / Metcalfe, A.M. / Cartwright, J.R. / Greenhough, T.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: C-reactive protein and SAP-like pentraxin are both present in Limulus polyphemus haemolymph: crystal structure of Limulus SAP.
著者: Shrive, A.K. / Metcalfe, A.M. / Cartwright, J.R. / Greenhough, T.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Three Dimensional Structure of Human C-reactive Protein
著者: Shrive, A.K. / Cheetham, G.M.T. / Holden, D. / Myles, D.A.A. / Turnell, W.G. / Volanakis, J.E. / Pepys, M.B. / Bloomer, A.C. / Greenhough, T.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of C-reactive Protein from Limulus Polyphemus
著者: Myles, D.A.A. / Bailey, S. / Rule, S.A. / Jones, G.R. / Greenhough, T.J.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A Cytolytic Function for a Sialic Acid-Binding Lectin That is a Member of the Pentraxin Family of Proteins
著者: Armstrong, P.B. / Swarnakar, S. / Srimal, S. / Misquith, S. / Hahn, E.A. / Aimes, R.T. / Quigley, J.P.
履歴
登録1999年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT)
B: PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9712
ポリマ－36,9712
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT)
B: PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT)
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,77216
ポリマ－295,77216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.330, 173.330, 98.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological assembly is a hexadecamer constructed of two cyclic octamers. This is generated by application of space group symmetry to the dimer ( protomers A and B) in the crystallographic asymmetric unit. THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HEXADECAMER CONSTRUCTED OF TWO CYCLIC OCTAMERS.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SERUM AMYLOID P COMPONENT) / SAP


分子量: 18485.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 組織: HAEMOLYMPH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 %PEG60001reservoir
210 mM1reservoirCaCl2
3MES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: CEA / 検出器: FILM / 日付: 1989年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→60 Å / Num. all: 13666 / Num. obs: 13666 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.117
反射 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / % possible all: 55.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 47412
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
TFFCモデル構築
Oモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
TFFC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN C-REACTIVE PROTEIN PROTOMER (1GNH)

1gnh


解像度: 3→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0
詳細: The polyalanine structure is a final fine-tune O fitting of the X-PLOR refined polyalanine chains A and B to the subsequently modified and averaged difference density. The NCS correlation in ...詳細: The polyalanine structure is a final fine-tune O fitting of the X-PLOR refined polyalanine chains A and B to the subsequently modified and averaged difference density. The NCS correlation in DM between the two independent protomers was 0.938.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 665 5 %
Rwork0.397 --
obs-13429 87 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 0 0 2170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDWeight position
11PROTOMER CHAIN A. GROUP 1 ALL MAIN CHAIN FOR CHAINS A AND B. GROUP 2 ALL SIDE CHAINS FOR CHAINS A AND B. NCS RESTRAINTS (X-PLOR).X-RAY DIFFRACTION500
22X-RAY DIFFRACTION300
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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