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- PDB-3fkv: AmpC K67R mutant complexed with benzo(b)thiophene-2-boronic acid (bzb) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fkv
タイトルAmpC K67R mutant complexed with benzo(b)thiophene-2-boronic acid (bzb)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / AmpC / K67R / beta-lactamase / general base / Antibiotic resistance / Periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Chen, Y. / McReynolds, A. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Re-examining the role of Lys67 in class C beta-lactamase catalysis.
著者: Chen, Y. / McReynolds, A. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7226
ポリマ－79,2322
非ポリマー4904
水12,070670
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8893
ポリマ－39,6161
非ポリマー2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8333
ポリマ－39,6161
非ポリマー2172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.043, 76.949, 97.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / E.C.3.5.2.6 / AmpC beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39615.938 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-377 / 変異: K67R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-BZB / BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID


分子量: 178.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7BO2S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: Potassium Phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.847→87.71 Å / Num. obs: 65459 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 15.086
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.847-1.922.20.49164971.11897.5
1.92-1.992.30.32465251.12697.6
1.99-2.082.30.22965631.14197.5
2.08-2.192.30.15865771.08697.9
2.19-2.332.30.13165501.07498
2.33-2.512.30.09966031.10198
2.51-2.762.30.07665731.08697.7
2.76-3.162.30.04865410.97997.4
3.16-3.992.30.02965570.96496.7
3.99-502.40.02664731.13194.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2位相決定
精密化開始モデル: PDB ID 1C3B

1c3b


解像度: 1.847→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.159 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / SU Rfree: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 3317 5.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 65459 97.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.18 Å2 / Biso mean: 19.288 Å2 / Biso min: 4.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.67 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5677 0 48 670 6395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9578084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62124.553257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59315942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8331528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24020
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.53605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44525834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40832335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.864.52236
LS精密化 シェル解像度: 1.847→1.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 229 -
Rwork0.229 4469 -
all-4698 -
obs--95.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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