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- PDB-3fku: Crystal structure of influenza hemagglutinin (H5) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fku
タイトルCrystal structure of influenza hemagglutinin (H5) in complex with a broadly neutralizing antibody F10
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Neutralizing antibody F10
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza / hemagglutinin / neutralizing antibody / scFv / H5 / F10 / Cell membrane / Envelope protein / Fusion protein / Membrane / Transmembrane / Virion / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Lipoprotein / Palmitate / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hwang, W.C. / Santelli, E. / Stec, B. / Wei, G. / Cadwell, G. / Bankston, L.A. / Sui, J. / Perez, S. / Aird, D. / Chen, L.M. ...Hwang, W.C. / Santelli, E. / Stec, B. / Wei, G. / Cadwell, G. / Bankston, L.A. / Sui, J. / Perez, S. / Aird, D. / Chen, L.M. / Ali, M. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N. / Donis, R.O. / Liddington, R.C. / Marasco, W.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional bases for broad-spectrum neutralization of avian and human influenza A viruses.
著者: Sui, J. / Hwang, W.C. / Perez, S. / Wei, G. / Aird, D. / Chen, L.M. / Santelli, E. / Stec, B. / Cadwell, G. / Ali, M. / Wan, H. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N.J. / ...著者: Sui, J. / Hwang, W.C. / Perez, S. / Wei, G. / Aird, D. / Chen, L.M. / Santelli, E. / Stec, B. / Cadwell, G. / Ali, M. / Wan, H. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N.J. / Bankston, L.A. / Donis, R.O. / Liddington, R.C. / Marasco, W.A.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
X: Neutralizing antibody F10
Y: Neutralizing antibody F10
Z: Neutralizing antibody F10
S: Neutralizing antibody F10
T: Neutralizing antibody F10
U: Neutralizing antibody F10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,42830
ポリマ－532,36218
非ポリマー6,06612
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
X: Neutralizing antibody F10
Y: Neutralizing antibody F10
Z: Neutralizing antibody F10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,21415
ポリマ－266,1819
非ポリマー3,0336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36400 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area92700 Å2
2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
S: Neutralizing antibody F10
T: Neutralizing antibody F10
U: Neutralizing antibody F10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,21415
ポリマ－266,1819
非ポリマー3,0336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31770 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area95840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)205.300, 118.500, 338.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Two biological assemblies are present in the asymmetric unit. Chains A, B, C, D, E, F, X, Y, Z constitute one assembly. Chains G, H, I, J, K, L, S, T, U constitute the other assembly.

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin / Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 38466.625 Da / 分子数: 6 / 断片: HA1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H5N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q6DQ33, UniProt: Q6J8F6*PLUS
#2: タンパク質
Hemagglutinin / Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20980.234 Da / 分子数: 6 / 断片: HA2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H5N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q2F4V2, UniProt: Q6J8F6*PLUS
#3: 抗体
Neutralizing antibody F10


分子量: 29280.178 Da / 分子数: 6 / 断片: Single chain antibody / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSyn I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
配列の詳細HA (CHAINS A B C D E F G H I J K L) RESIDUE NUMBERS IN THE PRIMARY CITATION DIFFER FROM THE ...HA (CHAINS A B C D E F G H I J K L) RESIDUE NUMBERS IN THE PRIMARY CITATION DIFFER FROM THE NUMBERING IN THIS ENTRY AND FOLLOW THAT IN PDB ENTRY 2FK0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% PEG 1K, 25% ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. all: 132456 / Num. obs: 112570 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 54.186 / SU ML: 0.409 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28623 5676 5 %RANDOM
Rwork0.23186 ---
obs0.23461 106885 85.01 %-
all-132456 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20.14 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34573 0 402 0 34975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02235823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0224140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.95348613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9013.00458667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.64154383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39124.8151701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.373155942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.55315183
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.25306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0239828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.28102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.225480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.216992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.220210
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.030.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.465228089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.36728969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.353335238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.507416365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.731613375
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 346 -
Rwork0.317 6225 -
obs--68.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4170.0547-0.68530.5916-0.66074.7115-0.0230.2580.175-0.3901-0.04390.0845-0.2881-0.3740.0669-0.0952-0.0277-0.0757-0.27420.0869-0.24828.6807-24.1326-73.9895
20.63250.34030.46741.02481.647910.56370.02830.02740.07120.0835-0.03750.0337-0.06950.00850.0092-0.54580.088-0.0328-0.5393-0.038-0.437330.8224-32.7922-19.4521
30.7740.0892-0.00520.44051.12624.8296-0.07540.3977-0.0732-0.2861-0.0036-0.1924-0.13340.54120.079-0.14870.09140.1321-0.27620.0399-0.24754.0374-49.3112-73.9528
40.4996-0.13950.83410.7145-0.68059.7861-0.08090.00540.00240.12350.0247-0.01210.15050.02490.0561-0.5028-0.0232-0.0356-0.50310.0748-0.432945.586-46.6971-19.4757
50.42110.00781.09010.4316-0.38394.3746-0.06260.2545-0.1362-0.2943-0.03090.13050.425-0.10620.0934-0.2352-0.0567-0.0009-0.1008-0.1268-0.225519.4741-58.6273-73.9596
60.7926-0.0265-1.09710.63910.11118.1892-0.0381-0.0647-0.10250.0126-0.0840.0292-0.0956-0.2240.1222-0.4623-0.01840.0445-0.5206-0.0003-0.39826.1761-52.496-19.4207
70.7460.1237-0.18851.1488-0.99733.17450.0489-0.0316-0.0937-0.05630.06120.09720.2112-0.4557-0.11-0.253-0.04130.0692-0.28280.0567-0.107251.1973.203-98.5565
81.21520.77011.80231.51021.867513.3861-0.05330.5831-0.1302-0.58950.2730.01950.44020.4626-0.21970.11370.08580.04750.0655-0.008-0.021258.66777.1539-151.4976
90.7106-0.06480.82990.82750.66913.7363-0.00830.0063-0.1581-0.0641-0.0013-0.27570.27650.35890.0096-0.3190.03320.0388-0.0818-0.0704-0.008687.14286.5301-98.5204
101.80350.129-2.27120.82010.39649.55030.01930.6178-0.0638-0.52560.1436-0.21370.00890.2084-0.16290.0950.05630.19030.0796-0.10780.066179.873510.8217-151.4003
110.7994-0.0302-0.88560.86470.12284.57850.07650.02970.2564-0.0480.035-0.2046-0.35150.0382-0.1115-0.14180.06950.0923-0.3093-0.0556-0.105966.380835.9407-98.5436
120.6571-0.48090.23661.8286-3.217212.03660.05720.3910.1552-0.64270.0386-0.0430.0622-0.5208-0.09580.1084-0.06530.14660.09180.0541-0.018466.128327.4716-151.493
131.42730.47590.65521.78230.13110.7265-0.08550.3017-0.01520.1089-0.0264-0.1344-0.01930.07450.1119-0.00490.0290.1180.0536-0.0305-0.0043108.562717.559-146.2323
143.2212-0.55320.73931.64660.23820.25560.1586-0.06370.032-0.1745-0.21390.15630.0287-0.00720.05530.07720.06090.1009-0.03870.08050.000745.878349.0562-146.0646
150.5411-0.8634-0.30413.37390.23320.4844-0.15650.0002-0.1347-0.4030.144-0.0651-0.11220.01030.01250.0743-0.13050.0329-0.0007-0.06260.001350.0482-20.9434-145.9264
162.0039-0.6302-0.4590.9928-0.0450.5395-0.05880.0021-0.1841-0.09610.05790.0047-0.0357-0.17120.0009-0.0004-0.0610.03360.0686-0.04170.0269-3.7101-60.655-26.2533
172.0830.80480.40431.42140.44720.1557-0.01950.01060.1643-0.109-0.01690.1803-0.12020.10160.03640.1446-0.0008-0.0664-0.0349-0.0001-0.019738.5938-2.8655-26.2977
180.5687-0.4779-0.01652.3151-0.30110.2532-0.01790.08060.0204-0.0571-0.0521-0.22120.12240.0630.070.01620.0560.00930.07750.03950.005767.6477-68.4718-26.3428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 326
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 326
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9I4 - 326
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11K4 - 326
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 172
13X-RAY DIFFRACTION13S1 - 249
14X-RAY DIFFRACTION14T1 - 249
15X-RAY DIFFRACTION15U1 - 249
16X-RAY DIFFRACTION16X1 - 249
17X-RAY DIFFRACTION17Y1 - 249
18X-RAY DIFFRACTION18Z1 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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