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Yorodumi- PDB-3fku: Crystal structure of influenza hemagglutinin (H5) in complex with... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3fku | |||||||||
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| Title | Crystal structure of influenza hemagglutinin (H5) in complex with a broadly neutralizing antibody F10 | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza / hemagglutinin / neutralizing antibody / scFv / H5 / F10 / Cell membrane / Envelope protein / Fusion protein / Membrane / Transmembrane / Virion / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Lipoprotein / Palmitate / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | |||||||||
Authors | Hwang, W.C. / Santelli, E. / Stec, B. / Wei, G. / Cadwell, G. / Bankston, L.A. / Sui, J. / Perez, S. / Aird, D. / Chen, L.M. ...Hwang, W.C. / Santelli, E. / Stec, B. / Wei, G. / Cadwell, G. / Bankston, L.A. / Sui, J. / Perez, S. / Aird, D. / Chen, L.M. / Ali, M. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N. / Donis, R.O. / Liddington, R.C. / Marasco, W.A. | |||||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2009Title: Structural and functional bases for broad-spectrum neutralization of avian and human influenza A viruses. Authors: Sui, J. / Hwang, W.C. / Perez, S. / Wei, G. / Aird, D. / Chen, L.M. / Santelli, E. / Stec, B. / Cadwell, G. / Ali, M. / Wan, H. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N.J. / ...Authors: Sui, J. / Hwang, W.C. / Perez, S. / Wei, G. / Aird, D. / Chen, L.M. / Santelli, E. / Stec, B. / Cadwell, G. / Ali, M. / Wan, H. / Murakami, A. / Yammanuru, A. / Han, T. / Cox, N.J. / Bankston, L.A. / Donis, R.O. / Liddington, R.C. / Marasco, W.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3fku.cif.gz | 854.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3fku.ent.gz | 708.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3fku.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3fku_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3fku_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
| Data in XML | 3fku_validation.xml.gz | 172.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 3fku_validation.cif.gz | 222.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fku | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | Two biological assemblies are present in the asymmetric unit. Chains A, B, C, D, E, F, X, Y, Z constitute one assembly. Chains G, H, I, J, K, L, S, T, U constitute the other assembly. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38466.625 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: HA1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))Strain: H5N1 / Gene: HA / Plasmid: pAcGP67A / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 20980.234 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: HA2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))Strain: H5N1 / Gene: HA / Plasmid: pAcGP67A / Production host: ![]() #3: Antibody | Mass: 29280.178 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: Single chain antibody Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pSyn I / Production host: ![]() #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source Has protein modification | Y | Sequence details | HA (CHAINS A B C D E F G H I J K L) RESIDUE NUMBERS IN THE PRIMARY CITATION DIFFER FROM THE ...HA (CHAINS A B C D E F G H I J K L) RESIDUE NUMBERS IN THE PRIMARY CITATION DIFFER FROM THE NUMBERING IN THIS ENTRY AND FOLLOW THAT IN PDB ENTRY 2FK0 | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.82 Å3/Da / Density % sol: 67.78 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 12.5% PEG 1K, 25% ethylene glycol, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2008 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.2→100 Å / Num. all: 132456 / Num. obs: 112570 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 |
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.28 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 68.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 54.186 / SU ML: 0.409 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.563 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 75.629 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Influenza A virus
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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