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万見
- PDB-3ffd: Structure of parathyroid hormone-related protein complexed to a n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffd
タイトルStructure of parathyroid hormone-related protein complexed to a neutralizing monoclonal antibody
要素
  • Monoclonal antibody, heavy chain, Fab fragment
  • Monoclonal antibody, light chain, Fab fragment
  • Parathyroid hormone-related protein
キーワードIMMUNE SYSTEM/HORMONE / pthrp complexed to fab / Cleavage on pair of basic residues / Hormone / Nucleus / Secreted / IMMUNE SYSTEM-HORMONE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of chondrocyte differentiation / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / cAMP metabolic process / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of chondrocyte differentiation / osteoblast development / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / epidermis development / skeletal system development / female pregnancy / hormone activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling / regulation of gene expression / G alpha (s) signalling events / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mckinstry, W.J. / Polekhina, G. / Diefenbach-Jagger, H. / Ho, P.W.M. / Sato, K. / Onuma, E. / Gillespie, M.T. / Martin, T.J. / Parker, M.W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for antibody discrimination between two hormones that recognize the parathyroid hormone receptor
著者: McKinstry, W.J. / Polekhina, G. / Diefenbach-Jagger, H. / Ho, P.W.M. / Sato, K. / Onuma, E. / Gillespie, M.T. / Martin, T.J. / Parker, M.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Multiple sites of contact between the carboxyl-terminal binding domain of PTHrP-(1--36) analogs and the amino-terminal extracellular domain of the PTH/PTHrP receptor identified by ...タイトル: Multiple sites of contact between the carboxyl-terminal binding domain of PTHrP-(1--36) analogs and the amino-terminal extracellular domain of the PTH/PTHrP receptor identified by photoaffinity cross-linking
著者: Gensure, R.C. / Gardella, T.J. / Juppner, H.
#2: ジャーナル: Trends Endocrinol.Metab. / 年: 2001
タイトル: Molecular properties of the PTH/PTHrP receptor
著者: Gardella, T.J. / Juppner, H.
履歴
登録2008年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoclonal antibody, heavy chain, Fab fragment
B: Monoclonal antibody, light chain, Fab fragment
P: Parathyroid hormone-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6893
ポリマ－59,6893
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.613, 96.285, 88.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 Monoclonal antibody, heavy chain, Fab fragment


分子量: 23340.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell
細胞内の位置 (発現宿主): abdominal cavity of balb/c
発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Monoclonal antibody, light chain, Fab fragment


分子量: 23751.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell
細胞内の位置 (発現宿主): abdominal cavity of balb/c
発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Parathyroid hormone-related protein / PTH-rP / PTHrP


分子量: 12597.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12272
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 400, TRIS, pH 8.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.999881
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 42014 / Num. obs: 42012 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 29.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 4138 / Rsym value: 0.696 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IGT AND 1IGC

1igt

1igc


解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 4235 -RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 42012 99.2 %-
all-42012 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3391 0 0 204 3595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 631 -
Rwork0.332 --
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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