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万見
- PDB-1igt: STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igt
タイトルSTRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN
要素(IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / INTACT IMMUNOGLOBULIN V REGION C REGION
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig gamma-2A chain C region, A allele
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Harris, L.J. / Larson, S.B. / Hasel, K.W. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody.
著者: Harris, L.J. / Larson, S.B. / Hasel, K.W. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of an Intact Monoclonal Antibody for Canine Lymphoma
著者: Harris, L.J. / Larson, S.B. / Hasel, K.W. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
履歴
登録1996年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231
B: IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231
C: IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231
D: IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6826
ポリマ－145,4314
非ポリマー3,2512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16590 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area64330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.820, 76.770, 100.640
Angle α, β, γ (deg.)88.05, 92.35, 97.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THERE IS ONE ENTIRE ANTIBODY MOLECULE PER ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: 抗体 IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231


分子量: 23420.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 IGG2A INTACT ANTIBODY - MAB231


分子量: 49294.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01863
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY
配列の詳細THE INTACT ANTIBODY IS NUMBERED ACCORDING TO THE CONVENTION OF E. KABAT [KABAT ET AL. (1991) ...THE INTACT ANTIBODY IS NUMBERED ACCORDING TO THE CONVENTION OF E. KABAT [KABAT ET AL. (1991) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD].

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
解説: THE MULTIWIRE AND SYNCHROTRON DATA SETS WERE CUT AT F > 4SIGMA, AND THEN MERGED TO YIELD THE FINAL REDUCED DATA SET OF 41371 UNIQUE REFLECTIONS AT 2.8-20 A; RMERGE = 6.7%. THIS COMBINED DATA ...解説: THE MULTIWIRE AND SYNCHROTRON DATA SETS WERE CUT AT F > 4SIGMA, AND THEN MERGED TO YIELD THE FINAL REDUCED DATA SET OF 41371 UNIQUE REFLECTIONS AT 2.8-20 A; RMERGE = 6.7%. THIS COMBINED DATA WAS USED FOR REFINEMENT.
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: 7 MICROLITERS OF 4.3 MG/ML MAB231, 3 MICROLITERS 50 MILLIMOLAR TRIS PH 8.0, AND 7 MICROLITERS 4% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 25 ML RESERVOIRS OF 4% PEG 3350, AT 18 DEGREE CELSIUS (SANDWICH ...詳細: 7 MICROLITERS OF 4.3 MG/ML MAB231, 3 MICROLITERS 50 MILLIMOLAR TRIS PH 8.0, AND 7 MICROLITERS 4% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 25 ML RESERVOIRS OF 4% PEG 3350, AT 18 DEGREE CELSIUS (SANDWICH PLATE)., temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Larson, S., (1991) J. Mol. Biol., 222, 17. / PH range low: 8.2 / PH range high: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.1 mg/mlprotein1drop
20.01 MTris-HCl1drop
31.8 %PEG33501drop
44 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年11月1日
放射モノクロメーター: SUPPER GRAPHITE CRYSTAL ASYMMETRIC CUT TRIANGULAR BENT CRYSTAL (SI-111)
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→76.1 Å / Num. obs: 47595 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 200000 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HOWARDデータ収集
NIELSENデータ収集
HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGEN(HOWARDデータ削減
XUONG)データ削減
XENGEN(HOWARDデータスケーリング
NIELSENデータスケーリング
XUONG)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: VL:VH DOMAIN PAIR OF PDB ENTRY 1MCP, CL:CH1 DOMAIN PAIR OF ENTRY 2HFL, FC FRAGMENT OF ENTRY 1FC1

1mcp

2hfl
PDB 未公開エントリ

1fc1


解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 POSITIONAL (CL) (A) : 0.05 ; 200 GROUP 2 POSITIONAL (CH1) (A) : 0.05 ; 200 GROUP 3 POSITIONAL (CH2) (A) : 0.06 ; 200 GROUP 4 POSITIONAL (CH3) (A) : 0.05 ; 200 ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 POSITIONAL (CL) (A) : 0.05 ; 200 GROUP 2 POSITIONAL (CH1) (A) : 0.05 ; 200 GROUP 3 POSITIONAL (CH2) (A) : 0.06 ; 200 GROUP 4 POSITIONAL (CH3) (A) : 0.05 ; 200 BACKBONE ATOMS ONLY WERE RESTRAINED BY NCS AND RESIDUES INVOLVED IN PACKING WERE NOT RESTRAINED. NCS B-FACTOR RESTRAINTS WERE NOT EMPLOYED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 4149 10 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.209 41371 86.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10214 0 220 0 10434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.91.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it11.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 487 9.8 %
Rwork0.322 4482 -
obs--62 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD2.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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