PDB-3f2o: Crystal Structure of human splA/ryanodine receptor domain and SOC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f2o

タイトル

Crystal Structure of human splA/ryanodine receptor domain and SOCS box containing 1 (SPSB1) in complex with a 20-residue VASA peptide

要素

20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa
SPRY domain-containing SOCS box protein 1

キーワード

APOPTOSIS/HYDROLASE / apoptosis / nucleus / transcription regulation / SGC / Structural Genomics Consortium / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway / ATP-binding / Developmental protein / Differentiation / Helicase / Hydrolase / Nucleotide-binding / Oogenesis / APOPTOSIS-HYDROLASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

posterior cell cortex / secondary piRNA processing / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / SCF ubiquitin ligase complex / oogenesis / germ cell development / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Sharpe, T. / Keates, T. / Murray, J.W. / Savitsky, P. / Roos, A. / Pike, A.C.W. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for Par-4 recognition by the SPRY domain- and SOCS box-containing proteins SPSB1, SPSB2, and SPSB4.
著者: Filippakopoulos, P. / Low, A. / Sharpe, T.D. / Uppenberg, J. / Yao, S. / Kuang, Z. / Savitsky, P. / Lewis, R.S. / Nicholson, S.E. / Norton, R.S. / Bullock, A.N.

履歴

登録	2008年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f2o.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f2o.ent.gz	82.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f2o_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f2o_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	3f2o_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3f2o_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/3f2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/3f2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jk9SC 2v24C 3emwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ha5-2 2zbj-d 6h1z-2 3ldy-d 2ltn-3 4knl-3 4jto-d 4h55-d 2jhm-d 4xfa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6)

登録構造単位

A: SPRY domain-containing SOCS box protein 1

B: SPRY domain-containing SOCS box protein 1

C: 20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa

D: 20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa

58.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPRY domain-containing SOCS box protein 1

C: 20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SPRY domain-containing SOCS box protein 1

D: 20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.665, 80.654, 86.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	SPRY domain-containing SOCS box protein 1 / SSB-1 分子量: 26530.922 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB1, SSB1 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q96BD6
#2: タンパク質・ペプチド	20-mer peptide from ATP-dependent RNA helicase vasa 分子量: 2497.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Drosophila melanogaster (Fruit fly) 参照: UniProt: P09052, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M NaCl, 0.1M BisTris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→38.24 Å / Num. obs: 34014 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4899 / R_sym value: 0.649 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0036	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JK9

2jk9

解像度: 2.05→38.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.495 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23198	1722	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17954	-	-	-
all	0.18215	32301	-	-
obs	0.18215	32246	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3487	0	0	287	3774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.932	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	5746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.414	23.523	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.623	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.536	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.399	3	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.503	3	888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.541	5	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.001	8	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.586	11	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1189	medium positional	0.21	0.5
1	1	A	1512	loose positional	0.38	0.05
2	2	C	190	loose positional	0.07	0.05
1	1	A	1189	medium thermal	1.43	2
1	1	A	1512	loose thermal	1.46	10
2	2	D	190	loose thermal	4.11	10

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	108	-
R_work	0.238	2374	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9989	-0.3122	-0.3128	1.4157	0.2126	1.2023	0.0264	0.0149	0.0193	-0.1747	-0.0384	-0.085	0.004	-0.0119	0.012	0.141	-0.0013	0.034	0.1012	-0.0252	0.2032	-1.416	7.376	23.345
2	1.2823	0.1067	-0.4715	1.4602	0.5837	1.3661	0.0006	0.0513	0.0223	-0.2391	0.0514	-0.2178	-0.0555	0.0798	-0.0519	0.1549	-0.0052	0.0487	0.1072	-0.0147	0.22	5.544	4.457	18.212
3	3.1416	0.527	-0.6134	0.6124	0.0345	0.2476	-0.0116	-0.2263	0.1725	0.0161	0.016	0.0253	-0.0168	0.0496	-0.0044	0.1164	0	-0.0047	0.2195	-0.0339	0.1509	-3.034	22.281	55.123
4	1.4449	0.1532	-0.6453	0.8936	0.3747	0.9332	-0.0944	-0.283	-0.0863	0.1577	-0.0056	0.0358	0.1668	0.1113	0.1	0.1551	0.0093	0.03	0.2265	0.0314	0.1609	-5.102	12.119	56.424
5	6.2669	-4.2502	-1.8176	3.6354	-0.1826	3.2086	-0.4875	-0.0647	-0.3639	0.1687	0.182	0.1324	0.5346	-0.1745	0.3055	0.3104	-0.0244	0.042	0.1896	-0.0008	0.2199	-5.224	-2.063	42.622
6	2.278	0.212	-1.3611	8.1553	-0.2687	8.9286	-0.2839	0.3718	-0.888	-0.2849	-0.4183	-0.0342	0.8085	-0.816	0.7022	0.1129	-0.1202	0.1265	0.3211	-0.1237	0.3693	-16.432	-3.523	32.943
7	8.8898	-0.1008	2.1265	0.2176	-0.0396	0.5161	-0.2388	-0.3433	-0.2421	-0.19	0.1648	-0.016	-0.0649	-0.0635	0.074	0.186	-0.043	0.0296	0.288	0.0379	0.2851	18.882	22.989	51.097
8	18.122	7.5442	-8.4774	7.9043	-5.7761	5.0405	0.3591	-1.3415	0.6226	0.5132	-0.3663	-0.1939	-0.2907	0.5404	0.0072	0.2126	-0.0394	0.041	0.3297	-0.1205	0.28	15.07	31.18	60.915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	30 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	140 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	184 - 193
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	194 - 201
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	184 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	193 - 198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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