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- PDB-4knl: Crystal structure of Staphylococcus aureus hydrolase AmiA in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knl
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus hydrolase AmiA in complex with its ligand
要素
  • Bifunctional autolysin
  • Muramyl tetrapeptide
キーワードHYDROLASE/SUBSTRATE / peptidoglycan / ligand complex / autolysin / amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / HYDROLASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / GW domain / GW domain superfamily / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 ...Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / GW domain / GW domain superfamily / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muramyl tetrapeptide / FORMIC ACID / IMIDAZOLE / N-acetyl-alpha-muramic acid / OXAMIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / Bifunctional autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Buettner, F.M. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-function analysis of Staphylococcus aureus amidase reveals the determinants of peptidoglycan recognition and cleavage.
著者: Buttner, F.M. / Zoll, S. / Nega, M. / Gotz, F. / Stehle, T.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年3月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional autolysin
B: Bifunctional autolysin
C: Bifunctional autolysin
D: Bifunctional autolysin
F: Muramyl tetrapeptide
G: Muramyl tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,47325
ポリマ－101,9766
非ポリマー1,49619
水11,349630
1
A: Bifunctional autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4275
ポリマ－25,2661
非ポリマー1614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5166
ポリマ－25,2661
非ポリマー2505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bifunctional autolysin
F: Muramyl tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3998
ポリマ－25,7222
非ポリマー6776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
4
D: Bifunctional autolysin
G: Muramyl tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1316
ポリマ－25,7222
非ポリマー4084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.810, 82.830, 77.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 8分子 ABCDFG

#1: タンパク質
Bifunctional autolysin


分子量: 25265.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 198-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: atl, nag, SAOUHSC_00994 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2FZK7, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: タンパク質・ペプチド Muramyl tetrapeptide


タイプ: Peptide-like / クラス: Unknown / 分子量: 456.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Muramyl tetrapeptide
#9: 糖 ChemComp-MUB / N-acetyl-alpha-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / N-ACETYLMURAMIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO8
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 647分子

#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M racemic sodium/potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 12.5% w/v PEG1000, 12.5% ...詳細: 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M racemic sodium/potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% w/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00605 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月16日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00605 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→48.21 Å / Num. obs: 122961 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 8927 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KNK

4knk


解像度: 1.55→48.209 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1981 6129 5 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1725 122657 99.48 %-
all-124130 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 58 630 7316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3829390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2292390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.56760.31291990.31133776X-RAY DIFFRACTION97
1.5676-1.5860.32192010.28153818X-RAY DIFFRACTION99
1.586-1.60540.31492030.26753845X-RAY DIFFRACTION99
1.6054-1.62570.27742040.25683890X-RAY DIFFRACTION99
1.6257-1.64710.25652040.23643872X-RAY DIFFRACTION99
1.6471-1.66960.27422040.23123871X-RAY DIFFRACTION100
1.6696-1.69350.25162060.22823907X-RAY DIFFRACTION100
1.6935-1.71880.25992030.23483860X-RAY DIFFRACTION100
1.7188-1.74560.27262040.22483880X-RAY DIFFRACTION100
1.7456-1.77430.25742040.21623865X-RAY DIFFRACTION100
1.7743-1.80480.24242040.20653883X-RAY DIFFRACTION100
1.8048-1.83770.23482030.19263873X-RAY DIFFRACTION100
1.8377-1.8730.2312040.18453881X-RAY DIFFRACTION100
1.873-1.91120.20532060.17113896X-RAY DIFFRACTION100
1.9112-1.95280.23752040.17593891X-RAY DIFFRACTION100
1.9528-1.99820.19052060.15993905X-RAY DIFFRACTION100
1.9982-2.04820.21252040.1623864X-RAY DIFFRACTION100
2.0482-2.10360.19852020.15543885X-RAY DIFFRACTION100
2.1036-2.16550.22050.15053900X-RAY DIFFRACTION100
2.1655-2.23540.17372060.15163901X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.31530.18882050.16113888X-RAY DIFFRACTION100
2.3153-2.4080.20182040.1573885X-RAY DIFFRACTION99
2.408-2.51760.21142050.16143911X-RAY DIFFRACTION100
2.5176-2.65030.17842040.15653875X-RAY DIFFRACTION100
2.6503-2.81630.17912040.15923901X-RAY DIFFRACTION100
2.8163-3.03370.17972060.16063896X-RAY DIFFRACTION100
3.0337-3.3390.15942060.1523913X-RAY DIFFRACTION100
3.339-3.82190.15852050.14483906X-RAY DIFFRACTION99
3.8219-4.81460.14982060.13833919X-RAY DIFFRACTION99
4.8146-48.23190.20342080.17983971X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8593-1.2048-0.90642.12930.86721.3590.09160.0956-0.08750.0582-0.041-1.11470.04370.6590.12310.21450.1309-0.06450.2696-0.06370.488738.05514.991582.9532
21.08620.55090.39690.53470.370.45970.0428-0.14860.12520.0636-0.06940.0555-0.0368-0.09780.03270.15020.00610.00970.1323-0.01680.223212.209312.263478.2249
30.90990.51330.37250.72730.27970.60390.0170.0323-0.0284-0.02280.0021-0.0167-0.02260.0462-0.01830.1607-0.00240.00320.1299-0.01070.227519.337311.984275.3694
41.60760.56020.31460.57710.09591.5950.01390.0351-0.0132-0.01140.0332-0.0335-0.02110.1331-0.03860.1261-0.0130.00440.105-0.01920.219126.22115.528577.1841
52.65871.4230.06712.0165-0.83212.14860.49680.0125-0.3036-0.2719-0.4180.72040.1714-0.4068-0.04440.2648-0.0132-0.05280.36760.04820.429-16.87043.802332.7878
65.2411-1.42540.91311.8961.17254.61370.28220.9866-0.38280.179-0.07510.05310.24380.0567-0.19220.3210.0939-0.05050.5314-0.02990.2246-6.28625.576424.2372
73.28221.0027-0.17412.74772.37023.5797-0.11430.46510.2034-0.16760.0328-0.0684-0.10680.35060.0660.19290.017-0.00780.29050.06120.300317.66677.127342.251
81.7941-0.44890.48441.36970.25730.1860.01160.50230.3469-0.2098-0.1141-0.1794-0.03340.14510.05390.17370.01670.00280.23450.07770.2615.478913.479943.5158
94.0836-0.86980.78781.1922-1.46952.7534-0.04240.92770.5376-0.0732-0.1975-0.5772-0.12770.40690.22290.2003-0.00460.05870.62550.24030.418817.343315.328433.1915
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191.58010.3414-0.56650.6659-0.59031.22630.0583-0.10530.07650.0459-0.0370.09230.0418-0.0456-0.02260.1519-0.01970.00640.1384-0.01780.18520.411-9.246676.0966
201.72821.2227-0.50055.9032-2.61342.6613-0.15020.26250.0682-0.27860.38470.47170.2205-0.2455-0.24240.1874-0.0495-0.00760.24840.00840.2482-12.5366-10.277767.7152
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222.9939-0.4752-0.46173.6219-0.26954.92410.0798-0.19670.23970.21050.03560.1265-0.3759-0.263-0.10450.14380.00350.03160.1948-0.01210.2176-12.6776-2.526479.8666
233.24272.4350.07062.1532-1.15864.54840.39640.784-0.17440.048-0.2424-0.2584-0.32750.0586-0.13560.269-0.01290.06370.5632-0.05860.624541.8892-5.86633.7311
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253.24450.0621-0.89081.6152-0.46623.05810.05040.42220.0608-0.07410.02580.02-0.0902-0.1227-0.08430.1850.01120.00190.2145-0.00510.20837.5497-6.253244.1145
263.0817-0.56460.67390.9271-0.47341.48020.06530.225-0.1906-0.05680.0397-0.19090.13440.1318-0.13370.1415-0.00130.00910.17280.01470.163219.8889-11.987846.2842
276.54221.2216-2.21055.2111-0.97473.85910.22780.1014-0.2937-0.1763-0.03730.07270.21320.0369-0.2280.2171-0.008-0.04210.2535-0.05090.23057.2012-16.195437.3761
282.82641.119-1.33215.2667-2.04394.53150.14050.395-0.0202-0.20830.02160.11170.08290.0438-0.14070.11120.0214-0.01420.1973-0.02780.122312.8576-12.284539.1404
292.1485-0.3948-0.15771.74370.35881.42550.07420.4204-0.0374-0.2202-0.0274-0.17040.0750.146-0.04380.16650.02640.00870.2407-0.00780.166620.7153-10.452940.2659
304.6988-3.77280.59468.5388-0.84372.4143-0.0915-0.10580.15160.2864-0.0841-1.07960.12430.34520.15790.16460.02710.00980.26080.01580.280833.5986-11.211148.7952
311.7388-0.45380.02461.91130.60045.73170.13170.3626-0.344-0.1481-0.0003-0.07460.4960.1891-0.10820.19310.0695-0.01240.2234-0.04450.272226.8562-21.23443.3858
321.99290.37060.6196.22431.46632.58760.01190.36790.2075-0.30180.129-0.8069-0.14910.288-0.12070.2110.00810.08560.37540.02240.310733.8877-4.819737.0267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 213 through 223 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 224 through 301 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 366 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 367 through 417 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 213 through 223 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 224 through 238 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 239 through 251 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 252 through 273 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 274 through 283 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 284 through 312 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 313 through 351 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 352 through 366 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 367 through 395 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 396 through 417 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 213 through 223 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 224 through 251 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 252 through 273 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 274 through 301 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 302 through 352 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 353 through 366 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 367 through 395 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 396 through 419 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 214 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 224 through 238 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 239 through 251 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 252 through 273 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 274 through 284 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 285 through 301 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 302 through 352 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 353 through 366 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 367 through 395 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 396 through 417 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る