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- PDB-4h55: Crystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h55
タイトルCrystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) in complex with beta-d-ribofuranose
要素Concanavalin-Br
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Sugar-binding protein / beta-sandwich / Sugar recognition / Carbohydrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-ribofuranose / D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / : / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia brasiliensis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Salviano, E. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S. / Delatorre, P. / Santi-Gadelha, T. / Gadelha, C.A.A. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Farias, D.L.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Canavalia brasiliensis seed lectin (ConBr) in complex with beta-d-ribofuranose
著者: Salviano, E. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S. / Delatorre, P. / Santi-Gadelha, T. / Gadelha, C.A.A. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Farias, D.L.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年10月31日ID: 4DPS
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9415
ポリマ－25,5921
非ポリマー3484
水1,44180
1
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,76320
ポリマ－102,3704
非ポリマー1,39316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.240, 70.430, 97.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin-Br / Con Br


分子量: 25592.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia brasiliensis (マメ科) / 参照: UniProt: P55915
#4: 糖 ChemComp-BDR / beta-D-ribofuranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / BETA-D-RIBOFURANOSYL / β-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 83分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-DBB / D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / (R)-2-アミノ酪酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.428 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月25日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.428 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.939
11K, H, -L20.061
反射解像度: 2.15→27.68 Å / Num. all: 135906 / Num. obs: 12586 / % possible obs: 90.75 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→24.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.353 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22657 594 4.6 %RANDOM
Rwork0.18331 ---
obs0.18528 11606 87.79 %-
all-12200 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→24.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1775 0 19 80 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1421.9532492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.945231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77224.53375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35115285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.463157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3041.51162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12621879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0343669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5024.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.96731831
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.049383
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.12231792
LS精密化 シェル解像度: 2.066→2.119 Å / Num. reflection Rfree: 0 / Num. reflection Rwork: 0 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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