[日本語] English
万見
- PDB-3etr: Crystal structure of xanthine oxidase in complex with lumazine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3etr
タイトルCrystal structure of xanthine oxidase in complex with lumazine
要素(Xanthine dehydrogenase/oxidase) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-ligand complex / enzyme catalysis / substrate orientation / FAD / Flavoprotein / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Molybdenum / NAD / Peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding ...Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / pteridine-2,4(1H,3H)-dione / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / Xanthine dehydrogenase/oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pauff, J.M. / Cao, H. / Hille, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Substrate Orientation and Catalysis at the Molybdenum Site in Xanthine Oxidase: CRYSTAL STRUCTURES IN COMPLEX WITH XANTHINE AND LUMAZINE.
著者: Pauff, J.M. / Cao, H. / Hille, R.
履歴
登録2008年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Xanthine dehydrogenase/oxidase
B: Xanthine dehydrogenase/oxidase
C: Xanthine dehydrogenase/oxidase
L: Xanthine dehydrogenase/oxidase
M: Xanthine dehydrogenase/oxidase
N: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,74319
ポリマ－269,9876
非ポリマー3,75513
水22,1941232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24080 Å2
ΔGint-83.2 kcal/mol
Surface area81930 Å2
手法PISA
2
A: Xanthine dehydrogenase/oxidase
B: Xanthine dehydrogenase/oxidase
C: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,89110
ポリマ－134,9943
非ポリマー1,8987
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
3
L: Xanthine dehydrogenase/oxidase
M: Xanthine dehydrogenase/oxidase
N: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8519
ポリマ－134,9943
非ポリマー1,8586
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-38.6 kcal/mol
Surface area44050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.190, 73.491, 146.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細BIOLOGICAL UNIT IS THE SAME AS ASYMMETRIC UNIT.

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ALBMCN

#1: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase / [Includes: Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4) (XD) / and Xanthine oxidase (EC 1.17.3.2) (XO) ...[Includes: Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4) (XD) / and Xanthine oxidase (EC 1.17.3.2) (XO) (Xanthine oxidoreductase)]


分子量: 18002.881 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-165 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Animal Milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80457
#2: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase


分子量: 34024.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-528 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Animal Milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80457
#3: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase


分子量: 82966.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 571-1325 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Animal Milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80457

-
非ポリマー , 7種, 1245分子

#4: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#7: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#8: 化合物 ChemComp-LUZ / pteridine-2,4(1H,3H)-dione / Lumazine / 2,4-dihydroxypteridine / 2,4-pteridinediol / ルマジン


分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N4O2
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 8000, pH 7.2, BATCH, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日 / 詳細: APS BEAMLINE SGX PHARMACEUTICALS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 140747 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rsym value: 0.197 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / % possible obs: 96.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.11 Å26.42 Å
Translation2.11 Å26.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FIQ

1fiq


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.283 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 6.927 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / SU Rfree: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 7052 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.201 140747 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.91 Å2 / Biso mean: 29.464 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å20 Å21.16 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18872 0 203 1232 20307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02219485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.97426377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.96752432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12123.791815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.192153337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.31815118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.22953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.29387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.213095
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.6110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.290.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0011.512489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.609219520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66438105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0074.56849
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 496 -
Rwork0.236 9645 -
all-10141 -
obs--96.11 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る