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万見
- PDB-3ns1: Crystal Structure of Bovine Xanthine Oxidase in Complex with 6-Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ns1
タイトルCrystal Structure of Bovine Xanthine Oxidase in Complex with 6-Mercaptopurine
要素(Xanthine dehydrogenase/oxidase) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / xanthine oxidase / hypoxanthine / substrate orientation / hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...xanthine dehydrogenase complex / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding ...Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / Beta-grasp domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Beta-grasp domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / 9H-purine-6-thiol / Xanthine dehydrogenase/oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cao, H. / Pauff, J.M. / Hille, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Substrate orientation and catalytic specificity in the action of xanthine oxidase: the sequential hydroxylation of hypoxanthine to uric acid.
著者: Cao, H. / Pauff, J.M. / Hille, R.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine dehydrogenase/oxidase
B: Xanthine dehydrogenase/oxidase
C: Xanthine dehydrogenase/oxidase
J: Xanthine dehydrogenase/oxidase
K: Xanthine dehydrogenase/oxidase
L: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,67918
ポリマ－269,9876
非ポリマー3,69112
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30360 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area83560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.636, 73.928, 140.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21J
12B
22K
13C
23L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA2 - 1651 - 164
21THRTHRLYSLYSJD2 - 1651 - 164
12PROPROGLYGLYBB224 - 5281 - 305
22PROPROGLYGLYKE224 - 5281 - 305
13ASPASPTHRTHRCC571 - 13151 - 745
23ASPASPTHRTHRLF571 - 13151 - 745

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AJBKCL

#1: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase / Xanthine dehydrogenase / XD / Xanthine oxidase / XO / Xanthine oxidoreductase


分子量: 18002.881 Da / 分子数: 2 / 断片: iron-sulfur binding domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P80457, xanthine dehydrogenase, xanthine oxidase
#2: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase / Xanthine dehydrogenase / XD / Xanthine oxidase / XO / Xanthine oxidoreductase


分子量: 34024.590 Da / 分子数: 2 / 断片: flavin binding domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P80457, xanthine dehydrogenase, xanthine oxidase
#3: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase / Xanthine dehydrogenase / XD / Xanthine oxidase / XO / Xanthine oxidoreductase


分子量: 82966.203 Da / 分子数: 2 / 断片: molybdenum binding domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: milk / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P80457, xanthine dehydrogenase, xanthine oxidase

-
非ポリマー , 6種, 299分子

#4: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#7: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#8: 化合物 ChemComp-PM6 / 9H-purine-6-thiol / 6-Mercaptopurine / 6-メルカプトプリン


分子量: 152.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4S / コメント: 薬剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting batch / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, pH 7.0, sitting batch, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.5 Å / Num. all: 84753 / Num. obs: 78350 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREPCCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.285 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 3922 5 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2195 78350 92.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.58 Å2 / Biso mean: 27.0715 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å2-0.19 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18872 0 198 287 19357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02219481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.97426371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70852432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49323.791815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.837153337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.57815118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.27350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.213012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3850.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.512500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.174219520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82738070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9364.56843
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1255TIGHT POSITIONAL0.060.05
1A1255TIGHT THERMAL0.150.5
2B2389TIGHT POSITIONAL0.070.05
2B2389TIGHT THERMAL0.130.5
3C5761TIGHT POSITIONAL0.070.05
3C5761TIGHT THERMAL0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 285 -
Rwork0.312 5410 -
all-5695 -
obs--92.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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